En tant qu'éditeur du magazine « Modern Skeptic », Hank Galliston consacre sa vie à élucider des mythes et révéler au grand jour des complots. Mais lorsque Laila, son épouse, est kidnappée par White Vincent, un dangereux mercenaire, une véritable course poursuite s'engage. Une mystérieuse carte cachée dans une vieille horloge que sa femme venait d'acheter pourrait mener à une découverte cataclysmique. Avec l'aide de Rachel et Arron, ses assistants, et de Rebecca Riley, un agent du FBI, il se lance dans une course contre la montre pour retrouver sa femme et sauver l'humanité d'une gigantesque conspiration...

Rachel et Arron ont découvert que douze nouveaux apôtres ont été nommés pour protéger le secret de l'Apocalypse et sauver le monde. Une horloge a été fabriquée pour chacun d'entre eux. Au Canada, Hank et Rebecca tombent sur le cadavre du premier apôtre, Bartholomée. La confrontation avec White Vincent ne tourne pas à leur avantage et le mercenaire réussit à prendre la fuite. De retour aux États-Unis, Hank suit la piste d'une autre montre, qui pourrait les conduire à l'apôtre Thomas. Tandis que Rachel et Arron enquêtent sur l'expédition nazie « Zero Hour », Hank s'envole pour l'Inde afin de poursuivre sa quête…

La course contre la montre continue. Hank doit impérativement résoudre l'énigme des douze horloges s'il veut retrouver sa femme. Il sait qu'elle est toujours en vie car il l'a aperçue à l'arrière d'une voiture en Inde. De son côté, White Vincent demande à Laila de réparer le mécanisme de la troisième horloge. Elle obéit mais sème des indices pour que son mari puisse la localiser. Avec l'aide du FBI, Arron et Rachel découvrent que c'est Albert Einstein qui détient la clé de la prochaine horloge. Hank se retrouve de nouveau face à face avec White Vincent. Le mercenaire semble savoir des choses importantes à son sujet…

Grièvement blessé, Vincent retient toujours Laila captive. La jeune femme tente de profiter de sa vulnérabilité. Comprenant qu'il n'est pas en état de le faire lui-même, Vincent oblige Hank à lui apporter la prochaine horloge en le menaçant de tuer Laila s'il refuse. Hank part en Allemagne avec Rachel et Arron afin de retrouver l'apôtre Matthieu. Il risque sa vie en négligeant les sombres avertissements des membres de la secte des Bergers, chargés de protéger les horloges. Choqué par les révélations sur sa femme et sur Théo, le mari de Rebecca, Hank se rend compte que les gens ne sont pas toujours ce qu'ils ont l'air d'être…

Hank n'arrive pas accepter la trahison de Laila. Il se demande qui est vraiment la femme qu'il a épousée et quel rôle elle a joué avec lui. Il découvre qu'elle est à la recherche des horloges et qu'elle pourrait être complice des Bergers. Un nouvel indice envoie Hank et Rebecca à Asuncion, au Paraguay. Ils ne se doutent pas qu'ils sont suivis par Vincent. Le mercenaire détient des informations stupéfiantes sur le passé de Hank et sur les liens qu'ils ont pu avoir à une époque. Pendant ce temps, Arron et Rachel rencontrent Mélanie Lynch, présidente de la Fondation 41, pour l'interviewer. Mais ses réponses restent évasives…

Toujours en quête de réponses à propos de son passé, Hank interroge ses parents sur sa naissance et son enfance. Conscients qu'ils ne peuvent pas se taire plus longtemps, ils décident de passer aux aveux. Hank a pourtant l'impression que ses parents ne lui disent pas toute la vérité. De son côté, White Vincent se remémore son enfance et réfléchit aux destinées parallèles. La piste des horloges conduit Rebecca, Arron et Rachel à Istanbul, en Turquie. En cherchant à en savoir plus sur son « double », le commandant Korbin Sturm, Hank va rencontrer un homme qui détient plus d'informations qu'il n'aurait pu l'imaginer…

Hank accepte de revoir Laila afin d'obtenir des réponses. La jeune femme souhaite lui donner sa version des faits dans l'espoir d'obtenir son pardon mais Hank ne lui fait pas confiance. Les Bergers découvrent que Hank est en possession de toutes les horloges. Ils lui proposent de collaborer avec eux pour résoudre la dernière énigme et trouver la Vraie Croix avant les Pirates. Hank apprend qu'il est lié au projet « Zero Hour », un programme scientifique destiné à provoquer la fin du monde. Vincent fait appel aux services d'un traducteur en démotique pour décrypter le journal de bord d'un sous-marin nazi…

Hank et Laila s'envolent pour Strasbourg, déterminés à retrouver la Vraie Croix avant les Pirates. Mais le Golem, un redoutable tueur à la solde des Bergers, est chargé de les éliminer. Théo Riley rejoint White Vincent sur un bateau au large de l'Angleterre. Il lui fait part de ses recherches et lui donne le journal écrit par son « double », le capitaine Armin Dietrich. De retour au « Modern Skeptic », Arron et Rachel sont convaincus qu'une taupe a réussi à infiltrer le FBI. Ils rejoignent Hank et Laila à Strasbourg. Rebecca se pose de nombreuses questions au sujet de son mari disparu. Elle ne sait plus à qui faire confiance…

Hank, Rebecca et Laila poursuivent leur quête de la Vraie Croix sur les Îles Féroé. Rebecca a repris espoir en ce qui concerne son mari Théo, qui est peut-être encore en vie. Pendant ce temps, les parents de Hank prennent conscience que leur fils est en danger. Ils décident de lui dire toute la vérité à propos de son enfance. Monsieur Galliston se rend au siège du magazine « Modern Skeptic » et tombe sur Mélanie Lynch, directrice de la Fondation 41, qu'il semble connaitre. Laila et Rebecca parviennent à décrypter les indices à l'intérieur de la boule mystérieuse. La Passiflore va leur permettre de faire une découverte importante…

Prisonniers des Pirates, Hank, Rebecca et Laila ignorent ce qui les attend. Théo est chargé de les tuer mais il décide de leur laisser la vie sauve. De retour à New York, Hank découvre que son père travaille pour le Trust 41. Sa mère lui révèle alors un troublant secret enfoui depuis des années. Hank apprend qu'il est le résultat d'une expérience de clonage humain. Il comprend aussi que son père a risqué sa vie pour sauver la sienne. Pendant ce temps, Rachel et Arron enquêtent sur un mystérieux insecte qui pourrait permettre de reconstituer le code génétique de Jésus. Rebecca est prête à tout pour retrouver son mari…

Blessé et désorienté suite à son accident, Hank se réveille sur Plum Island. Il a été kidnappé par le Trust 41. Mélanie Lynch souhaite en effet poursuivre ses recherches sur le clonage humain en l'utilisant comme cobaye. James Galliston, le père de Hank, accepte de reprendre ses travaux pour gagner du temps et sauver une nouvelle fois la vie de son fils. Tandis que Rebecca tente de réunir une équipe pour retrouver Hank, Laila décide de partir de son côté. Dans le laboratoire de Plum Island, White Vincent conclut un marché avec le Dr. Galliston. Chacun se démène pour sauver Hank mais tous n'en réchapperont pas…

Les Pirates ont pris Rachel en otage. Tout le monde est en alerte mais les recherches pour la retrouver sont au point mort. Hank fait un rêve qui pourrait contenir des indices sur l'endroit où elle est retenue prisonnière et l'aider à contrecarrer le plan monstrueux de « Mère Mélanie » dans sa « Nouvelle Jérusalem ». Malgré leurs réticences, Théo et Vincent sont obligés de se soumettre et d'obéir aux ordres. Hank, Rebecca et Arron s'envolent pour le Tadjikistan avec le Père Mickle et les Bergers. Ils se retrouvent terrassés par ce qui les attend sur place. Mélanie Lynch va-t-elle parvenir à ses fins et déclencher l'Apocalypse ?

En arrivant devant la Nouvelle Jérusalem, Hank, Rebecca, Arron et les Bergers savent que c'est leur dernière chance de retrouver Rachel et d'arrêter le projet de Mélanie Lynch avant qu'il ne soit trop tard. Mais lorsqu'ils entrent, ce qu'ils découvrent dépasse l'entendement. Leur foi est mise à rude épreuve et le temps presse. Réussiront-ils à contrecarrer les plans de Lynch avant qu'il ne soit trop tard ? Ou est-ce la fin de l'humanité telle qu'on la connaît ? Tout repose sur les épaules de Hank Galliston. Il a la lourde tâche de sauver le monde…