Yukio et Riku vont goûter pour la première fois à un jeu très en vogue, Gunpla Battle Nexus Online, après être tombés sous son charme lors d'un match d’exhibition. Leurs premières rencontres dans cet univers seront assez déconcertantes.

Alors qu’ils discutent de leur première expérience dans GBN, Riku et Yukio croisent Momoka. Elle tente de les faire entrer au club de foot, sans succès, et les deux garçons retournent dans GBN. Là-bas, ils retrouvent Sarah et décident d’effectuer une mission de collecte, dont le but est de récupérer un objet bien précis.

Devant une vidéo du match du champion, Riku se jure encore une fois de devenir son égal. Alors que Yukio et lui s’apprêtent à tester leurs nouvelles armes, Momoka se décide à s’inscrire à GBN. Les trois amis se plongent dans Dimension, où un Diver répondant au nom de Kyôya souhaite les accompagner dans une mission dite « série de batailles ».

Riku réalise la différence de niveau entre lui et Kyôya Kujô, qui souhaite défendre le monde de GBN. Alors qu’il se demande comment il pourrait combler l’écart entre eux, Magee propose de le présenter à un ami Diver. Riku plonge dans le monde de la Zone d’Orientie, inspirée de la Chine, pour savoir quel chemin suivre. Il y sera accompagné par Yukio et Momoka, désormais officiellement inscrite.

Riku et ses amis se mettent en route pour Persia, une zone neutre où des Builders du monde entier se rassemblent et où il est interdit d’apporter son Gunpla sans permission préalable. Alors que les trois Divers traversent un immense désert, ils sont déconcertés par un mirage qui ne change jamais où qu’ils aillent. Là, une Diver nommée Ayame apparaît au volant d’une jeep.

Riku et ses amis fondent leur propre force. Certes excités de découvrir leur propre style de combat, ils ont du mal à recruter leur dernier membre. Shahryar les prévient que s’ils sont ambitieux, ils devraient chercher quelqu’un d’expérimenté, tel le Builder du sublime Kapool loué par Momoka.

Riku a enfin fondé sa propre force, Build Divers, et décide que sa première mission sera une bataille de forces. Tous les membres se préparent d'arrache-pied pour la bataille, qui aura lieu une semaine plus tard, et peaufinent leur Gunpla sous la houlette de Kôichi. Cependant, un imprévu survient...

Les performances des Build Divers lors de leur premier match impressionnent les autres forces, qui multiplient les demandes de batailles. Alors que Riku et ses amis choisissent leur prochain adversaire, Magee survient et leur montre que les forces servent à autre chose que livrer des combats.

Les Build Divers lancent une bataille aléatoire où, comme son nom l’indique, les équipes sont sélectionnées aléatoirement. Ils se retrouvent à affronter une force nommée Pandémonium, dont font partie Dôji, contre qui Riku a goûté à la victoire pour la première fois, et Ogre, qui lui a infligé sa première défaite. La joie de Riku redouble d’intensité à l’idée d’affronter Ogre avec plus d’expérience de jeu, mais Dôji, lui, se révèle obsédé par la vengeance…

Les nombreux Break Decals en circulation dans GBN, et les Mass-Divers qui les utilisent, constituent une menace croissante pour le jeu en ligne. Les Mass-Divers ont acquis assez de puissance pour défaire la force de Rommel. Devant la nécessité de protéger le monde qu’il chérit, Kyôya Kujô fait appel à des joueurs d’exception.

Alors que la bataille entre la Coalition des Volontaires et les Mass-Divers fait rage, Ayame empêche Riku d’avancer et révèle ce qui l’a amenée à rejoindre les Build Divers. Ce secret et son passé sont profondément liés…

Riku et Sarah atteignent enfin l’homme derrière les agissements des Mass-Divers. Malgré la haine de GBN qui coule dans ses veines, ils tentent de connaître ses motivations. Peu après, un énorme Mobile Armor apparaît au satellite minier où la Coalition lutte, augmentant encore la puissance des Mass-Divers.

La bataille du satellite minier est achevée, et grâce à la Coalition des Volontaires, les Break Decals ont disparu de GBN. Les combattants célèbrent leurs victoires au foyer de force d’Avalon, mais Riku et les membres de Build Divers ne sont pas à la fête…

Le 00 Diver Ace de Riku a été endommagé durant le GP Duel contre Tsukasa Shiba. Cela se traduit par une maquette en morceaux. Kôichi, inquiet pour Riku, tente de le réconforter, mais sa réaction va l'étonner.

Personne n'a jamais réussi le défi du Lotus, une mission consistant à prendre la forteresse du Lotus en un temps donné. Même Avalon, la force du champion, a échoué à la capturer, mais maintenant qu'ils possèdent le Gundam 00 Sky, les Build Divers décident de relever le défi.

Riku et sa force ont réussi le défi du Lotus, obtenant ainsi la plus grande récompense jamais attribuée sur GBN. Alors qu'ils se demandent comment la dépenser, Momo propose quelque chose encore plus grand que grand.

Les Build Divers profitent de leur nouveau foyer de force, qui rivalise avec celui des toutes meilleures équipes. L’admiration de Yukki pour Riku grandit d’autant, mais au fond de lui, un nouveau désir naît.

Riku s’améliore encore plus et fait un des dix meilleurs scores de GBN en contre-la-montre. Ses équipiers et autres amis en jeu le félicitent, mais Tigerwolf ne s’arrête pas là. L’ancien professeur de Riku, chef de la force Toraburyû, le voit désormais comme un rival et le provoque en duel.

Un événement réservé aux femmes, le Nadeshiko-athlon, aura lieu juste avant le raid. La gagnante jouera le rôle de mannequin pour la prochaine campagne publicitaire de GBN pour attirer plus de joueuses, et Nanami en a vent…

Le Nadeshiko-athlon a motivé Nami à rejoindre les Build Divers. Alors qu’avec son frère, elle continue ses préparatifs pour son premier combat de Gunpla, Nami propose quelque chose à ses nouveaux équipiers afin de s’amuser encore plus dans GBN.

L’administration de GBN traque Sarah, une forme de vie artificielle qu’ils appellent officiellement « El-Diver » et considèrent comme la cause des bugs se produisant dans le jeu. En parallèle, Riku et les Build Divers la cherchent de leur côté.

Les membres de Build Divers sont choqués de voir Sarah aux côtés de Kyôya Kujô dans une diffusion en direct transmise à tous les Divers. Le discours de Kyôya, dur dans sa forme, donne l’impression de voir un autre homme. Pour lever le voile sur les motivations de Sarah à quitter ses amis, Riku essaie de contacter Kyôya.

La Coalition des Volontaires, commandée par Kyôya Kujô, accepte de jouer le destin de Sarah sur la bataille de forces proposée par les Build Divers. Les joueurs entament la bataille décisive, animés par leurs convictions.

L’intensité de bataille contre la nouvelle Coalition des Volontaires a atteint son paroxysme. Riku se remémore la promesse échangée avec le champion et hésite, mais Kyôya lui rappelle froidement la situation dans laquelle il se trouve.

Les bugs détraquent le boss du raid et entraînent des anomalies dans tout GBN. Celle de la tour d’accueil de la base d’Extrême-Orient attaque violemment le système principal du jeu, le menaçant de destruction. Riku et ses équipiers, finalement rejoints par tous les Divers, unissent leur force pour venir à bout du raid.

Hiroto joue seul à un GBN mis à jour. Un jour, Kazami, un autre Diver, lui propose de faire équipe. Hiroto rejette son offre, mais Kazami tient absolument à ce qu'ils fassent une mission cachée ensemble.

Hiroto et ses camarades ont pris le nom Build Divers, une idée qui ne semble pas faire rêver Hiroto. Les quatre joueurs relancent la mission de Freddie, qui va les inviter dans son village.

Les Build Divers acceptent la mission de défense du village de Freddie, mais les répétitions avant le grand jour donnent des résultats médiocres. Leur travail d'équipe, trop mauvais, les pénalise. Hiroto va alors proposer un plan pour finir la mission sans dévaster le village.

Les quatre équipiers continuent ce qu'ils pensent être la mission de scénario récemment introduite dans GBN. La suite des événements implique une attaque conjointe avec la résistance, dont fait partie le frère de Freddie, contre une base des Cyclopes dans le désert.

Parviz arrive en retard, provoquant la frustration de Kazami. Ce dernier n'est pas au bout de ses peines, puisque Paru annonce au groupe qu'il souhaite quitter l'aventure. Alors que Kazami essaie de le convaincre de rester, May et Hiroto restent calmes et réalistes, mais la mission commence tout de même automatiquement.

La mission précédente a représenté une formidable occasion d'évoluer dans le jeu pour Parviz, mais Kazami enrage face à sa propre incompétence. En parallèle, les Build Divers se dirigent vers la base principale de la résistance.

Gojô demande à Hiroto de veiller sur Kazami, sans que le mercenaire en sache la raison. Kazami, lui, souffre silencieusement de ne pouvoir résorber le fossé entre lui et ses camarades. La mission d'escorte commence alors que leur équipe n'a jamais été moins soudée.

Hiroto et Kazami ont fait un petit pas l'un vers l'autre très important pour leur relation. Malheureusement, les attaques de Seltsam n'offrent aucun répit aux Build Divers et à la réisstance. Le pendentif de Muran est censé être la clé vers la victoire, mais comment s'en servir ? En parallèle, May apprend des choses au bar de Magee.

Parviz et Kazami comprennent que les Build Divers sont une équipe, mais Hiroto propose de s'occuper seul de la prochaine mission. May questionne le bien-fondé de sa décision, mais Hiroto ne réagit pas.

Le Wodom de May est détruit alors qu'elle protège Hiroto. Émerge alors la version Mobile Doll de May, qui est une El-Diver, une forme de vie électronique engendrée par GBN. Alors que les autres Build Divers sont stupéfaits, May engage le combat contre Seltsam.

Le Passage vers le ciel achevé, les Build Divers et la résistance se préparent pour la prochaine mission. Hiroto et ses compagnons ont trouvé comment ouvrir l'accès de l'ascenseur orbital, mais avant cela, ils effectuent diverses préparations au combat spatial qui devrait s'ensuivre pour leur dernière mission.

Au sortir d'une conversation frustrante avec l'entité Alus, les Build Divers repartent de la Lune, tout ça pour être accueillis par un nombre considérable de Cyclopes commandés par Seltsam, avant qu'un nouveau rebondissement n'horrifie les Builders.

Le canon satellite caché dans la Lune a frappé, laissant un cratère là où se trouvait la ville de Seguri. Ses effets ne se limitent cependant pas à Eldora et semblent s'étendre non seulement au reste de GBN, mais en plus au monde réel où vivent Hiroto et ses compagnons. Les diverses missions effectuées semblent avoir eu des conséquences bien tangibles, laissant les quatre joueurs estomaqués. La suite ne laisse aucun doute : les Build Divers doivent se rencontrer en vrai.

Freddie, habitant de la planète Eldora, découvre un temple abandonné au moyen d'un livre qu'il a découvert dans un débarras. Sa curiosité le conduit à rencontrer Hiroto et ses compagnons, les Build Divers, produisant des effets que personne n'aurait pu prédire…

Hiroto et les Build Divers retrouvent le sol d'Eldora. Ils sont de plus en plus convaincus que ce monde existe et n'est pas seulement un scénario quelconque de GBN. Cependant, un problème de taille survient par rapport à leurs Gunpla.

Parviz et Freddie vont à la rencontre de la bête sacrée Cuadorn en montant dans un ballon propulsé par les lanternes du Passage vers le ciel. Alors que de forts vents leur donnent de l'altitude, ils finissent dans un orage comme ils n'en ont jamais vu.

Hiroto et les Build Divers rencontrent Cuadorn, la bête sacrée, mais celle-ci décline leur aide. Ils expriment tout de même leur envie de défendre Eldora, et Cuadorn leur raconte alors comment tout a commencé.

Hiroto et les Build Divers ont réussi à transformer le foyer de la bête sacrée Cuadorn, le mont Milaag, en leur nouvelle base. Pendant une réunion stratégique sur la protection du peuple d'Eldora, des images du Gunpla de Hiroto et de l'Alus Earthree Gundam se superposent dans la tête du jeune Builder.

Hiroto et les Build Divers ont vaincu l'Alus Earthree Gundam. Devant sa carcasse se trouvent l'Earthree Gundam et le fusil de précision laser U7, planté dans le sol. Alors que Hiroto regarde ce fusil, semblable à une pierre tombale, d'anciens souvenirs remontent à la surface.

Eve est une fille que Hiroto a rencontrée dans GBN. Leurs souvenirs ensemble sont chers à son cœur, mais un funeste destin les attendait. Alors que Riku sauvait Sarah, une autre El-Diver, durant la bataille de la deuxième Coalition des Volontaires, une tragique vérité fut révélée.

Hiroto et les Build Divers se retrouvent IRL pour discuter de deux choses : l'amélioration de leurs Gunpla avant d'affronter Alus, et le sauvetage de Masaki Shidô. C'est alors que Parviz fait une suggestion étonnante.

Muran demande à Hiroto, Kazami et Mary de secourir Masaki Shidô. Ces derniers recherchent le Seltsam, mais ils détectent plusieurs MS à l'endroit où il devrait se trouver... De leur côté, à Milaag, Parviz et Freddie réparent l'aile de Cuadorn.

Grâce aux Build Divers de Hiroto, Masaki Shidô est sorti de l'hôpital. Hiroto, Kazami, Parviz et May se rendent au Gundam Base pour lui rendre visite. À cet instant précis, une moto vrombit et dévoile un pilote que personne n'aurait cru voir ici…

Pour préparer l'affrontement final contre Alus, Magee organise un entraînement en reprenant les codes d'une des épreuves les plus difficiles de GBN : le défi du Lotus. Hiroto et les Build Divers s'y frottent face aux joueurs les plus forts de GBN, notamment Riku et les Build Divers d'origine.

Après leur défi réussi avec brio, Hiroto et les Build Divers se préparent au mont Milaag. C'est alors que l'une des dalles d'invocation se met à briller et qu'un autre Diver apparaît.

Alus choisit d'envahir GBN pour exterminer le peuple du Gunpla, mais la troisième Coalition des Volontaires l'attend de pied ferme. La mission de Hiroto et des Build Divers, commencée sur la planète Eldora, touche à son terme.