En l'an 2552, les Humains de la planète Madrigal se battent pour devenir indépendants de la Terre, mais une rencontre fatale avec une race d'aliens appelés Covenants met fin à la rébellion de la planète. Le major « John » 117 et ses super-soldats Spartans viennent toutefois à bout des forces extraterrestres. Après la bataille, le major doit ramener au Grand Quartier général de l'UNSC, sur la planète Reach, l'unique survivante de Madrigal ainsi qu'un objet mystérieux appartenant aux Covenants découvert sur Madrigal. Jusqu'à ce qu'un ordre controversé amène John à s'interroger sur sa mission et sur lui-même...

John emmène Kwan chez un vieil ami et en apprend plus sur l'objet mystérieux, que le Covenant et Makee sont déterminés à voler. Avec la menace extraterrestre grandissante, le Dr Halsey a un plan pour faire face au comportement imprévisible de John.

John rencontre sa nouvelle partenaire et découvre des secrets cachés dans sa mémoire. Kwan veut retourner sur Madrigal pour poursuivre le combat pour l'indépendance de son peuple mais Soren a d'autres plans pour elle. Makee met son plan à exécution pour retrouver l'objet de Madrigal, avec de funestes conséquences.

Après avoir compris qu'il y a en fait deux artefacts, John perce peu à peu les mystères de ses souvenirs d'enfance. Il emmène le Dr Halsey sur la planète Eridanus II, l'une des installations de « Reach for life », une colonie autrefois dirigée par ses parents. Accompagnée de Soren, Kwan revient, elle, sur Madrigal. Elle veut lever une armée de rebelles.

Au pied du mur, Kwan et Soren doivent trouver une échappatoire, mais leurs différences de points de vue mènent à l’impasse. Avec sa capacité à pénétrer les esprits pour y trouver le mystérieux « Halo », John fait bientôt une effrayante découverte. Une guerre se profile qui menace d’être particulièrement meurtrière.

Au cours de la terrible attaque, les Covenants ont récupéré l'artefact et débarqué Makee qui prétend avoir été leur otage depuis son enfance. L'état de santé de John est préoccupant et Cortana le lui rappelle sans relâche. Makee accepte de donner des informations sur les Covenants mais exige de parler uniquement au major John-117.

Le voyage de Kwan pour découvrir le "véritable but" de sa famille l'emmène profondément dans les déserts de Madrigal. Søren est obsédé par les affaires inachevées.

Le Major sait qu’il possède un don rare, une connexion puissante avec le Halo. Il se livre à Makee, à laquelle il se sent relié, et cherche auprès d’elle des explications sur l’anneau. Le Major apprend alors que la planète Criterion vient d’être attaquée par les Covenants. Les dégâts sont considérables. John demande à Makee son aide pour combattre les extraterrestres.

Makee vole l’artefact et prend la fuite. Le major révèle à ses soldats les véritables intentions d’Halsey, puis les enjoint de rester unis pour retrouver l’artefact. Acculée, Halsey cherche à quitter Reach. John, de son côté, se lance à la recherche de la planète Covenante dans le système Aspero ; la prophétie annonce que le Halo se manifestera là où les astres brillent comme du cristal.

Une mission d'évacuation mortelle marque un tournant dans la guerre contre les Covenants. Fleetcom est entre de nouvelles mains. John sent la menace imminente.

John recherche des Spartans disparus avec la Silver Team. Kai s'inquiète de la stabilité mentale de John. Kwan se rend compte que les Décombres sont bien plus dangereux sans Soren. Halsey cherche à découvrir l'identité de son ravisseur.

La Silver Team se lance dans une mission non autorisée. Laera, Kwan et Kessler doivent échapper à l'équipage de Soren. Cortana donne des informations préoccupantes à Ackerson. La peur d'une attaque pousse Ackerson à prendre une décision irrévocable.

Les Covenants attaquent l'humanité. John, Perez et la Silver Team font face à une force ennemie écrasante. L'amiral Keyes rassemble les forces de l'UNSC pour faire front. Halsey et Soren doivent se faire confiance pour s'échapper.

Après la défaite, les survivants peinent à se remettre sur pied. Sur Aléria, John doit affronter un terrible deuil. Soren et Laera cherchent leur fils disparu. Makee avance avec prudence tandis que l'impatience de l'Arbiter grandit.

John cherche à se venger sur une planète secrète de l'ONI. Perez s'entraine pour devenir un nouveau genre de soldat. Kai est déchirée entre son honneur de Spartan et sa loyauté envers le Major. Makee demande de l'aide à Cortana pour trouver le Halo.

John-117 se retrouve face à face avec Makee. Une révélation amène Ackerson à remettre en question sa loyauté. La relation entre Soren et Laera commencent à se fracturer. Halsey, Kwan et Miranda travaillent à résoudre un mystère.

La bataille pour le Halo commence. John fait un choix fatidique. Soren et Kwan entreprennent une mission de sauvetage. Halsey et Miranda déchaînent une horreur ancienne.