Vienne, 1732. Le Saint Empire romain germanique attend avec de moins en moins d'espoir la naissance d'un héritier mâle au palais de la Hofburg. Même si en vertu de l'édit de la Pragmatique Sanction, la fille aînée de Charles VI, Marie-Thérèse, peut lui succéder sur le trône des Habsbourg, l'empereur veut croire, envers et contre tout, que son épouse vieillissante peut encore lui donner un fils. Turbulente et passionnée, la jolie archiduchesse de 15 ans se moque bien de ses chances d'exercer le pouvoir. Seul compte pour elle son mariage annoncé avec François Étienne de Lorraine, qu'elle aime depuis l'enfance. Mais un proche conseiller de l'empereur, Eugène de Savoie, juge ce dernier incapable de défendre l'empire contre les dangers qui le menacent. Il convainc Charles VI de rompre les fiançailles et de se concilier la Prusse en offrant à son prince héritier Frédéric la main de Marie-Thérèse. Révoltée, celle-ci sabote la négociation en dénigrant publiquement la belle-famille qu'on lui destine, en présence de l'ambassadeur prussien…

Florence, 1740. Près de cinq ans après leur mariage, Marie-Thérèse ("Rési") et François, qui ont fui l'atmosphère persifleuse de Vienne pour leur grand-duché de Toscane, élèvent deux petites filles et attendent un troisième enfant. Mais la mort soudaine de Charles VI, à la suite d'un accident de chasse suspect (on soupçonne un assassinat fomenté par Berlin), oblige le jeune couple à regagner l'Autriche pour s'y emparer d'un pouvoir que tous lui contestent. Tandis que François s'absorbe dans le commerce de la soie et flirte avec de charmantes intrigantes, sa jeune épouse affronte le dégoût à peine voilé de ses ministres, qui refusent de se plier à l'autorité d'une femme, qui plus est novice en politique. Alors que Carolina, leur dernière-née, a contracté la variole, la Prusse et la France, jugeant l'Autriche très affaiblie, attaquent l'empire en violation des traités…

Marie-Thérèse d’Autriche est attaquée de toutes parts, la Prusse, la Bavière, la France, la Saxe et l'Espagne contestant son droit à la succession. Frédéric II conquiert la riche Silésie et entraîne ses ennemis dans une guerre contre elle, alors qu’à la Hofburg à Vienne sa belle-mère, Mlle de Chartres, l’espionne pour le compte de Louis XV. De son côté, son mari François Étienne de Lorraine se lance dans un commerce lucratif – y compris avec ses ennemis –, et la catholique souveraine est ulcérée par les jeux d’argent qu’il encourage. Devant l’inexorable avancée des Français, l’impératrice se résout à faire appel au baron Franz de Trenck, redoutable et sanguinaire cheffe de guerre, qui lève pour elle un régiment de pandours.

Se posant en "mère bienveillante" de son peuple, la souveraine se fie à son instinct pour régner et asseoir son pouvoir, n’écoutant que son ancien précepteur, Emmanuel de Silva-Tarouca. Mais les infidélités de son époux François Étienne lui attirent les railleries de la cour. L’impératrice nomme le père Johannes, un jésuite, à la tête d'une inquisitrice commission de chasteté. Lequel s’en prend au volage mari, qu’il soupçonne en outre d’être franc-maçon. Les époux s’éloignent, Marie-Thérèse succombant à son tour au charme d’un officier...

Alors qu’elle-même a épousé par amour le futur empereur François Ier, Marie-Thérèse d’Autriche planifie désormais très stratégiquement les mariages de ses enfants, qui doivent garantir la stabilité des Habsbourg. Son fils aîné, le futur Joseph II, se voit ainsi unir à Isabelle de Parme, qui appartient à la maison des Bourbon. L’héritier au trône fait par ailleurs preuve d’un intérêt croissant pour la politique. Inspiré par les idées des Lumières, il s’oppose de plus en plus à sa mère, qui gère les affaires de l’État avec poigne. Quand son père meurt brusquement, Joseph devient corégent avec Marie-Thérèse d’Autriche. Profondément affectée par son veuvage, cette dernière doit néanmoins garder un œil sur le tempérament impulsif de son futur successeur...