D'étranges disparitions ont eu lieu dans le petit village de Cheddar depuis l'arrivée d'un nouveau prêtre. Un groupe d'intervention de la police est envoyé sur place mais il se fait massacrer. On fait alors appel à l'organisation secrète Hellsing, qui dépêche sur les lieux son arme ultime, Alucard...

Deux jeunes vampires se promènent dans le nord de l'Angleterre, semant mort et désolation sur leur passage, et Integra doit faire intervenir Alucard. Pendant ce temps, Victoria essaie de se faire à sa nouvelle condition ainsi qu'à son nouveau travail au sein de l'Organisation Hellsing...

L'Organisation Hellsing enquête sur une nouvelle sorte de vampires, des vampires créés artificiellement à l'aide de puces électroniques. De son côté, la Division Iscariote, qui dépend du Vatican, envoie l'un de de ses représentants à Londres pour s'occuper de l'affaire: le prêtre Alexander Anderson...

Une intervention des troupes de Hellsing est filmée en cachette et diffusée sur l'Internet et à la télévision. Bien décidée à garder le secret sur son organisation, Integra ordonne une intervention immédiate. De son côté, Victoria semble enfin assumer sa nouvelle condition...

Les frères Valentine, vampires puissants, décident de s'en prendre directement à l'Organisation Hellsing. Pour réussir cet exploit, ils vont utiliser toutes les ressources et les matières premières disponibles. Quoi de mieux pour lutter contre une armée que cette même armée mais transformée en goules. Un terrible combat se prépare entre Alucard et l'un des frères Valentine. L'Organisation Hellsing se doute-t-elle d'une attaque si soudaine alors que les grandes instances dirigeantes se réunissent au même moment ?

C'est le chaos complet au sein même de l'Organisation Hellsing ! Armés de leurs goules et d'une sérieuse envie de massacre, les frères Valentine avancent tranquillement dans le château. Alors que la situation semble hors de contrôle, Alucard, Celes et Walter décident de contre-attaquer. Alucard se laisse aller et montre son vrai visage à son adversaire terrifié. Celes deviendra, quant à elle, une véritable machine de guerre, aidée par Walter qui prouve qu'il n'est pas qu'un simple domestique.

Alors que l'Organisation Hellsing enquête sur la provenance des "freak chips" qui changent les humains en vampires, Integra reçoit des menaces en provenance du Vatican : Iscariote a envoyé Alexander Anderson en Angleterre pour éliminer Alucard et porter ainsi un coup fatal à Hellsing...

L'Organisation Hellsing entraîne de nouveaux soldats afin de se reconstituer une armée. Pendant ce temps, Celes est contactée par Harry Anders, une agent du MI-5, qui lui aussi enquête sur les "freak chips". Il l'emmêne voir une jeune fille, Helena, qui s'avère être un vampire également...

L'Organisation Hellsing est au bord de la destruction : Alucard doit combattre un mort-vivant extrêmement puissant, tandis qu'au même moment Integra se retrouve à la merci d'un autre monstre qui se fait passer pour sa soeur...

Alors qu'Integra, entre la vie et la mort, lutte sur son lit d'hôpital, on en apprend plus sur son passé et sur ce qui la lie à Alucard...

Alors que les troupes des SAS, changés en monstres artificiels par Incognito, sèment la terreur dans Londres, Integra s'apprête à recevoir le Royal Order des mains même de la Reine...

Rien ne va plus pour l'Organisation Hellsing : ses troupes se font massacrer à la Tour de Londres et Integra, trahie par la Table Ronde, est accusée de complot contre la Reine...

Alucard se retrouve face-à-face avec Incognito pour la confrontation finale. Mais sera-t-il assez fort pour parvenir à le vaincre et à sauver Londres (et le monde) de la destruction totale?