Japon, préfecture d'Okinawa, ville d'Okinawa, district de Koza. Saya est une élève du secondaire et, avec sa meilleure amie et camarade de classe, Kaori Kinjo, elle est membre de l'équipe d'athlétisme de l'école. Elle ne se souvient pas de son passé, mais elle vit en paix avec sa famille. Son père, George Miyagusuku, dirige un pub appelé "Omoro". Elle a également deux frères, Kai, colérique mais en fait gentil et engagé envers sa famille, et Riku, qui est de bonne humeur et aime lire. Mais la vie tranquille de Saya est sur le point de changer : lorsqu'elle rencontre par hasard un beau violoncelliste, Hagi, c'est le signe que la roue du destin a commencé à tourner...

Le baiser de Hagi provoque une métamorphose de Saya qui tue le chiroptère avant de s'effondrer. Hagi a juste le temps de les emporter, elle et Kai, avant que n'intervienne l'armée. Celle-ci camoufle l'affrontement et intoxique la presse avec un ex-soldat érigé en tueur en série. A l'hôpital, George voit débarquer David qui veut récupérer Saya, et qui lui rappelle que la jeune fille n'a été amenée dans ce monde que parce qu'elle est l'unique rempart contre les chiroptères...

C'est la reprise des cours. L'ambiance est plombée par les cérémonies en l'honneur de la mort d'un professeur. Saya est perdue dans ses pensées, revivant l'attaque du chiroptère dans la salle de biologie. Au pub, David demande à George de révéler la vérité à Saya, avant qu'il ne l'emmène. George emmène alors Saya près de la tombe de sa femme et de sa fille, là où il y a un an, Saya s'est réveillée. Pendant qu'un 2e chiroptère erre dans Okinawa...

Grièvement blessé par Forrest, le chiroptère, George est transporté d'urgence dans l'hôpital de Julia, une autre membre de Red Shield, comme David. Mais le risque encouru est important, car ce dernier ignore si George a été contaminé. Kai, voulant venger l'agression de son père, dérobe son arme à feu et entreprend de retrouver Forrest. Il prend en filature une barmaid, Remy, avec qui le soldat projetait de rentrer aux USA. Saya se lance à sa recherche, suivie dans l'ombre par Hagi...

Saya apprend par David que George a été enlevé par l'armée américaine et conduit dans un lieu secret. Les agents (David et Julia) de Red Shield décident de l'infiltrer, mais ne bénéficie d'aucun soutien de la part de leurs supérieurs. Mais ils découvrent que les corps des chiroptères capturés sont tous transportés à Yanbaru, où se trouve une centre de protection de la nature, institution dirigée par l'armée...

Saya, Hagi et David pénètrent dans le bâtiment accueillant l'exposition de Yanburu, bâtiment servant à camoufler une base souterraine de l'armée. Se servant du réseau informatique, David récupère de nombreuses données sensibles, tout en expliquant à ses deux compagnons que les chiroptères apparaissent dans chaque zone de conflit où est engagée l'armée américaine et que toutes les preuves convergent en direction de la base d'Okinawa. Base où le commandant, sous l'influence de Vin Argiano, a décidé de raser Yanburu pour effacer les preuves...

Saya et ses compagnons voguent dans une direction inconnue. Le petit Riku est traumatisé par la mort de son père, achevé par la lame de Saya. Pendant que son frère tente de lui remonter le moral, David et Julia fouillent les données collectés lors de la mission à Yanburu. Au Japon, deux journalistes enquête sur l'étrange explosion du centre de Yanburu. Les deux pistes se rejoignent autour d'un étrange élément : du vin français, en provenance du Vietnam...

Saya s'est faite admettre dans le pensionnat pour jeunes filles où les pistes semblent converger. Sa colocataire lui raconte l'histoire du fantôme qui hantait les lieux jadis et qui reviendrait offrir un rose bleue à un étudiant au cheveux sombres, en mémoire de son amour décédé alors qu'il arpentait le monde. Saya pense que ce fantôme, que plusieurs filles semblent avoir vu, est un chiroptère. Elle décide de surveiller le clocher, dans l'espoir de voir apparaître la créature sous la lumière du croissant de lune...

Kai et Riku continuent de chercher Saya au Vietnam. Ils rencontrent des orphelins avec lesquels ils se lient d'amitié. Mais ils ne se doutent pas un instant que Vin Argiano traîne dans le secteur, car il a fait de l'orphelinat une théâtre d'expérimentation de "médicaments".

En arrivant en cours, Saya découvre qu'une rose bleue a été déposée sur sa table. Elle apprend par les autres élèves qu'elle proviendrait du jardin situé derrière le clocher, qui est interdit aux élèves. A la nuit tombée, elle s'y rend en compagnie de Hagi et y découvre de nombreux tonneaux (à vin certainement) ainsi qu'un mystérieux conteneur marqué 721226. Elle décide d'appeler David pour tout lui raconter, et notamment sa rencontre avec le fantôme, qui ne ressemble pas aux autres chiroptère. David pense à un des Chevaliers, un des protecteurs de Diva. Mais la visite au musée historique de Hanoi, organisée par le lycée, réveille en elle des souvenirs de la guerre...

Une réception est organisée au lycée des Cinq Flèches. David et Julia s'y sont invités pour enquêter. Mais au milieu de la soirée arrive Solomon Goldsmith, qui invite Saya à danser sans connaître son identité. Ce qui agace Vin Argiano, qui aimerait beaucoup discuter avec lui de l'avancement des travaux. Pendant ce temps, David s'est infiltré dans le sous-sol de l'école et a découvert le conteneur 721226, où repose Diva...

Carl et Solomon ont fait transporter le conteneur de Diva dans une plantation en pleine jungle. Saya et ses compagnons, rejoints par quatre soldats envoyés par Red Shield, remonte le cours de la rivière en direction du bâtiment, guidés au son d'un mystérieuse chanson que seule Saya semble entendre. Dans les sous-sols de la plantation sont enfermés Riku et Kai, ainsi que de nombreux autres enfants, sur lesquels ont a pratiqué des expériences...

Acculés par les enfants devenus des monstres, le commando de David est en train de perdre ses membres un à un. Car Saya refuse toujours de combattre. Mais Carl veut son combat avec la "vraie" Saya, et fera tout pour l'obtenir. Quitte à réveiller quelque chose qui les dépasse tous...

Saya, Riku et Kai sont rentrés à Okinawa. Pendant que David cherche de nouvelles pistes à explorer, tous trois se rendent au tombeau de leur père pour se recueillir. Sur le retour, les deux frangins préparent dans le dos de la jeune fille un rencontre avec son amie Kaori, malheureuse depuis la disparition de Saya...

Okamura, le journaliste, a fait développer ses photos du Vietnam. En voyant le combat entre Saya et Carl, il repense à des photos prises par son père, pendant la guerre du Vietnam. Après recherche, il est persuadé de reconnaître Saya sur les photo ; mais elles datent de 1972. Il commence à enquêter, armé de sa bouteille de vin français dérobée dans les caves du lycée, et remonte peu à peu vers la famille Miyagusuku, croisant la route de Mao qui cherche à savoir où est parti Kai...

Saya et son équipe arrivent à Vladivostok où ils rencontrent Liza, le contact de Red Shield. De là, ils vont prendre le Transsibérien jusqu'à Ekaterinburg. Dans le train, l'adolescente demande à Julia de l'aider à se souvenir de ce qui s'est passé au Vietnam il y a 30 ans. Mais durant la nuit, le cadavre d'une jeune femme, saignée à la gorge, est discrètement jeté sur le bas coté...

Après avoir passé la nuit dans une grotte, Saya et Hagi gagnent le village le plus porche, à la recherche d'un certain Gregori. Sur place, il font la connaissance de Sonya, une jeune fille qui vit seule depuis que son père, un scientifique pratiquant des expériences étranges, a été retrouvé vidé de son sang...

David, Lewis et Kai se rendent au domicile supposé de Ted A. Adams, un chercheur spécialisé dans le sang ; il a notamment opéré au Vietnam et créé le Delta 67. Mais l'appartement est vide. Ils découvrent néanmoins une photo prise en 1991 dans un site nucléaire qui ressemble à Tchernobyl, et un courrier qui les met sur la piste de Philippe Rosenberg. Ils retrouvent celui-ci dans un immeuble de banlieue, alité et sénile. Il laisse cependant échapper le nom de André...

Saya, Hagi, Riku et Liza sont enfin arrivés à l'hôtel. Les autres leur ont laissés un mot pour expliquer leur absence. Ils décident d'attendre dans le bâtiment. Liza entame alors une discussion avec Saya. Un discussion étrange sur les raisons qui poussent la jeune fille à tuer les chiroptères et sur, la nature même des chiroptères. Saya est proche de révélations qui pourraient la briser...

Hagi et Saya font du stop et tentent de rejoindre le zoo, comme l'a conseillé Liza. Pendant ce temps, en France, les Chevaliers se réunissent suite au réveil de Diva et s'interrogent sur la stratégie à adopter. David, Lewis, Kai et Julia se pose en hélicoptère sur le navire qui sert de QG à Red Shield. Ils sont tout de suite mis en quarantaine pour 72h, afin de s'assurer qu'il ne sont pas des chiroptères. Kai en profite pour demander à David de lui raconter la véritable histoire de Saya...

recherche du Château Duel, d'où provient la bouteille que le journaliste a rapporté du Vietnam. Ils tombent sur un viticulteur, qui leur raconte l'histoire du château, qui appartenait à un certain Joël Goldschmidt, et qui a brûlé il y a de cela 100 ans. Mais on raconte que tous les habitants du château étaient morts avant l'incendie, vidés de leur sang, et qu'une jeune fille portant une rose bleue hante les lieux... Saya et Hagi approchent d'un petit village, où les attendent les Schiff...

Saya et Hagi arrivent au Zoo, "Le Point d'Origine" comme le décrit le journal de Joel. Saya retrouve peut à peu la mémoire et plonge dans son passé : sa vie au château avec Joel le Ier, sa rencontre avec le tout jeune Hagi, ainsi que le mystère de la jeune fille vivant dans la tour...

Saya rencontre Solomon dans les ruines du château. Après un bref affrontement entre celui-ci et Hagi, elle consent à lui parler seule à seule. Solomon entreprend de lui raconter d'où elle vient, sa parenté avec Diva, les expériences pratiquées par Joel Goldschmidt, ses longues périodes de sommeil... Pendant ce temps, Kai et les autres la recherchent activement...

Saya a découvert Riku, vidé de son sang par Diva. Cette dernière, visiblement heureuse de la voir, lui rappelle qu'elle l'a libérée il y a 30 ans, entraînant la mort de Joël et l'incendie du château. Saya décide alors de combattre sa soeur, mais elle n'est pas de taille...

A bord du navire de Joël, Riku est toujours dans le coma. Aucun changement ne semble intervenir. La réunion organisée par le directeur de Red Shield permet de faire le point sur les évènements passés et à Saya de rencontrer l'homme qui mène la lutte contre les chiroptères. Mais la jeune fille est perturbée, se demandant toujours si elle a bien fait de donner son sang à Riku.

Kai n'arrive toujours pas à se faire à l'idée que son frère est devenu un Chevalier de Saya, un chiroptère. Riku lui, commence à soupçonner quelque chose, même si personne n'a encore osé lui raconter ce qui s'est passé dans les ruines. En attendant, ce soir, les Sif ont décidé de passer à l'attaque sur le bateau. Ils n'ont à faire face qu'à Saya et un seul Chevalier. Du moins le pensent-ils...

Saya et son équipe sont à Paris. Alors qu'il visite la Tour Eiffel, Kai aperçoit Irène, l'une des Sifs. Il la suit, elle paraît inoffensive, incapable de se défendre contre des agresseurs. Kai la sauve et l'emmène à l'ombre avant qu'elle ne meure. Il souhaite savoir ce que sont les Sifs. La jeune fille l'ignore, ne sait pas grand, juste qu'ils ont été créés par l'homme, dans un lieu froid appelé Khirbet et qu'il sont la proie d'une maladie qu'ils nomment Syndrome de Thorn. Elle entreprend néanmoins de lui raconter son histoire...

Kai ne comprend plus le comportement de Saya, qui tient à tuer tous les Sif. Ce sont certes des chiroptères, mais elle et Riku le sont aussi. Une violente dispute naît entre eux. C'est alors que surgissent Okamura et Mao, qui ont finalement retrouvé leurs traces, leur groupe ne passant pas inaperçu dans le quartier. Ces deux visiteurs sont curieux, mais personne ne souhaite les mettre au courant. Pendant ce temps, les Sif, malgré les supplications d'une Irène mourante, se préparent à attaquer Saya...

Saya a finalement acceptée de donner son sang à Irène, pour la sauver du mal qui la ronge. Mais comme elle le pensait, cela a accéléré la mort de la jeune fille. Cependant, les Sif semblent avoir compris leur vraie nature de mortels. Mais dans le camp adverse, les Chevaliers de Diva s'organise en vue d'une offensive...

Kai propose à Saya d'aller voir Joël, afin qu'il lui explique qui elle est et d'où elle vient. Sur son navire, le chef de Red Shield entreprend de lui lire le journal, qui démarre au XIXe siècle, en Islande, avec la découverte d'une créature presque humaine, enceinte de deux cocons, qui n'attendent qu'un peu de sang pour éclore...

Alors que Saya et ses amis flânent dans Paris, David et Lewis sont inquiets quant à leur avenir, qui dépend beaucoup de Saya. Mais dans leur dos, Collins et Julia sont en train de négocier avec l'ennemi, pour pouvoir poursuivre leurs recherches...

Diva a débarquée sur le navire de Red Shield en compagnie de Carl. Chacun avec un but différent : lui veut combattre Saya, elle cherche Riku. Et rien ne semble pouvoir les arrêter...

Kai et Lewis sont à Londres, pour traquer les chiroptères qui sévissent dans la cité britannique. David, alcoolique reclus dans leur planque située à la campagne, ne leur est d'aucune utilité. Cela fait maintenant un an que Red Shield a été détruite, et Kai continue le combat, pour honorer la promesse faite à Saya...

Saya a refait surface. Mais elle est profondément changée, plus froide, plus douée. Et elle ne semble pas disposée à renouer contact avec ses anciens amis...

Diva s'affiche désormais au grand jour en tant que chanteuse d'opéra. Les Sif sont attaqués par les nouvelles créatures des Chevaliers de Diva, en guise d'entraînement. Alors qu'ils sont tous massacrés un à un, Lulu s'échappe et cours chercher de l'aide. Auprès de Saya...

Pendant que Diva répète en vue de son opéra, Okamura et Mao ont effectué les recherches demandées par David. L'opéra est subventionné par Les Cinq Flèches qui, plus intéressant, a récemment obtenu des contrats militaires un peu partout dans le monde, et même avec l'ONU. Un centre de recherche se trouve à Londres. David s'y introduit et découvre une gigantesque cuve, où flotte des ovoïdes contenant des créatures humanoïdes...

Suite à la bataille de l'opéra, toutes les représentations de Diva ont été annulées. Carl commence à devenir un problème pour les autres Chevaliers, obnubilé qu'il est par Saya. Amshel charge son frère de s'occuper du "cobaye". A la campagne, la "famille" s'apprête à fêter l'anniversaire de la petite Javier, qui a 5 ans. Monique a réussi à convaincre Saya de venir. Mais ce faisant, elle a attiré le danger sur sa maison...

Diva et ses Chevaliers ont été localisés sur l'île Christina où, officiellement, la production a décidé de tourner une vidéo promotionnelle. David sent parfaitement le piège, mais c'est leur unique chance d'éliminer Diva. Saya et ses compagnons (y compris les 3 Sifs encore vivants) décident donc de prendre l'île d'assaut à la nuit tombée...

Alors que Lewis et Okamura l'espionnent, Amshel Goldsmith est victime d'une tentative d'assassinat. Pendant que Saya et Kai profite d'un peu de répit pour aller à la pêche, Joel et David se rendent à une réception organisée par Amshel, dans une château. Tous les grands de l'armement sont présents pour découvrir sa nouvelle invention...

Saya est à New York, sur les traces de Diva qui prépare un concert. Epuisée par les récents évènements, elle se repose dans un hôtel et Haji veille sur elle. Du côté des Chevaliers de Diva, les choses se compliquent. Solomon s'est décidé à annoncer qu'il désirait se rapprocher de Saya, en d'autres termes changer de camp. Ce que son frère ne semble pas accepter...

Grâce à un coup de fil providentiel de Mao, Okamura a quitté l'immeuble juste avant que son appartement n'explose. Il est persuadé que cela est la conséquences des photo qu'il a mise sur internet, celles montrant l'assassinat de Amshel. Aidé par Lewis et David, il part à la recherche de deux hommes que l'on aperçoit sur les clichés, et qui semblaient savoir ce qui allait se passer...

Diva se prépare à donner une représentation sur une base militaire. Okamura et Mao sont aux premières loges pour les photos. Saya est de plus en plus faible, proche du sommeil profond qui doit l'emporter pour trente ans. Mais il s'agit de bien autre chose qu'un concert qui va se dérouler. Van Argiano a en effet préparé une démonstration...

Saya se réveille dans un appartement, situé au sommet d'un building. Solomon est à ses coté, près à lui avouer des sentiments que refuse la jeune femme. Pendant ce temps, Hagi la cherche désespérément à travers New York, espérant l'arracher aux mains de son ravisseurs. Mais du coté des Chevaliers de Diva aussi l'ambiance semble tendue...

Assis dans leur salon à écouter Julia, Saya et son entourage voient débarquer Lulu. Les Sif sont à New York mais des dissensions sont apparues : Karman, sentant la fin approcher pour lui, n'a pas le moral et reproche leurs comportement aux deux autres. Cependant, Julia a découvert lors de ses recherches qu'il était possible de stopper le développement des Souns...

James a convaincu Moses que le sang de Diva pouvait les sauver, lui et Karman, comme lui a été sauvé après le terrible combat sur l'île. Mais en échange, il doit tuer l'être qui compte le plus pour Saya : Kai.

C'est en regardant les information que David comprend le plan des Cinq Flèches : répandre le virus afin qu'une population prédisposée mute en chiroptères. La seule arme étant alors le Corpse Corps, maintenant la propriété du gouvernement américain, qui a donné sa bénédiction au projet. Car on a toujours besoin d'un ennemi... Nathan a retrouvé Solomon, désoeuvré depuis que Saya s'est refusée à lui. Il l'invite à venir à sa propriété, afin de voir les enfants de Diva...

David est décidé à interrompre l'émission qui doit retransmettre le concert de Diva. Pour se faire, il a prévu de dynamiter l'antenne émettrice. Le clan de Diva commence à s'effriter. Solomon, qui a levé la main sur elle, elle séquestré par James, tandis que Nathan reproche à Amshel d'avoir toujours agit dans son propre intérêt. Et de lui signifier que cela n'est pas acceptable et que ceux qui n'agissent pas pour Diva n'ont pas le droit de vivre...

Le récital de Diva à l'opéra de New York est sur le point de débuter. Toute l'équipe de Saya est sur place et l'issue du combat est entre les mains de la jeune femme. Mais celle-ci est de plus en plus faible, à mesure que sa période d'hibernation approche...

Pendant que Hagi se trouve aux prises avec Amshel, Saya fait face à Diva. Dans l'assistance, Nathan observe le duel, sans broncher, les cocons près de lui...

Saya doit prendre une décision difficile : éliminer les enfants de Diva. Ensuite, Hagi devra tenir sa promesse et la tuer. Mais Kai refuse que cela se termine ainsi. Pendant ce temps, David apprend par Vin Argiano que l'armée américaine a déclenché le plan D, qui consiste à tout raser afin de cacher la présence des chiroptères...