Le Golden Hind coule un navire espagnol et des prisonniers sont achetés à bord. Parmi eux, la comtesse Inez (Natasha Parry) qui prévoit de rembourser les bontés de Drake en coulant son navire à l’aide d’un long fusible fabriqué par Roberto (Warren Mitchell) de sa cabine à la poudre du navire stockée ci-dessous. Drake fait évacuer son navire à l’approche de son naufrage, restant à bord avec la comtesse.

Drake plaide le cas de la colonie de Virginie à Elizabeth contre Daniel Peters (Charles Lloyd-Pack) qui ne veut que l’or trouvé et veut fermer la colonie, et Walsingham (Richard Warner). Nous voyons Mendoza (qui est l’ambassadeur d’Espagne à la cour) pour la première fois. Ils découvrent un passager clandestin à bord sur le chemin de la Virginie, (Olive McFarland) qu’ils prennent à son mari pour être Tom Brewster (Barry Foster). Les colons s’en vont après avoir eu assez des attaques indiennes et de mauvaises provisions.

Elizabeth s’inquiète pour Marie, reine d’Écosse (qu’elle a finalement exécutée) (jouée par Noëlle Middleton). Walsingham décide qu’il est temps de sortir Mary du chemin et fait en sorte que son homme de main, Thomas Phillips (Harvey Hall), forge une lettre d’elle pour faire croire qu’elle veut la mort d’Elizabeth. Drake est envoyée pour vérifier cela, mais elle est emprisonnée par son ravisseur, Sir Amyas Paulet (Alfred Burke) qui est également dans le complot.

Le docteur Dee (Raymond Huntley) divertit Elizabeth et sa cour avec des tours de magie. L’homme de Mendoza, Don Pedro vole tous les papiers de Dee et il est obligé de faire une fausse carte d’astrologie si la reine superstitieuse refuse de permettre à Drake de naviguer à Ostende où certains navires espagnols sont cachés et sauver quelques prisonniers anglais sur eux ainsi que libérer le capturé fret. Drake doit récupérer les papiers pour Dee avant qu’il ne puisse partir.

Drake tente de persuader Elizabeth de le laisser attaquer Saint-Domingue, où le fort n’est pas encore entièrement armé et est chargé d’or et de trésors.

La reine envoie Drake à Calais pour sauver Lord Oakeshott, un gentilhomme anglais détenu là-bas sur une accusation de meurtre, mais quand Drake arrive, il découvre qu’Oakeshott n’est pas prisonnier et semble être un homme libre sous la protection d’une comtesse. Un jeune fou amoureux, Oakeshott ne veut pas partir.

La reine Elizabeth envoie son filleul Maître Harrington en mission d’émissaire pour délivrer un message à son ambassadeur portugais, mais apprend en route que Philippe d’Espagne a envahi le Portugal. Elle doit avertir Drake avant que Harrington ne soit capturé. L’ambassadeur anglais au Portugal est retenu prisonnier par les Espagnols et Drake doit le ramener avec Harrington en Angleterre.

Drake prend des provisions à la garnison belge de Blankenberge où il est censé y avoir 500 soldats anglais commandés pour tenir les Espagnols à distance. À l’arrivée, il constate que la plupart des hommes sont morts et qu’il ne reste plus qu’environ 13 hommes. Pendant que les hommes meurent de faim, leurs ennemis espagnols sont bien nourris et approvisionnés, alors Drake décide de détruire un pont routier qui est utilisé pour fournir l’espagnol. Les hommes restants sont renvoyés en Angleterre où le commandant de la garnison, le capitaine Williams, est honoré par la reine.

Le fils de quinze ans du roi Phillip, Carlos, doit épouser Mariella de Naples pour qu’elle s’allie à l’Espagne. Drake doit trouver un moyen de la sauver.

Un inventeur fait la démonstration d’un lance-flammes, qu’il conçoit à des fins pacifiques : défricher les terres de mauvaises herbes afin que les cultures puissent être cultivées. Mais la reine lui demande de le remettre aux militaires. Les Espagnols tentent de le tromper pour leur donner le secret.

Drake doit agir vite quand Hawkins est drogué par les espagnols et condamné à mort pour vol.

La tentative de Drake de libérer des prisonniers britanniques utilisés comme travail forcé à Tobago aboutit à sa propre capture par les Espagnols.

Trois courtisans snobs lors de leur premier voyage en mer sont une nuisance indésirable à bord du Hind, et leur mécontentement prend un tour sinistre.

Stukely, peut-être un fils illégitime d’Henri VIII, reçoit la permission de la reine pour fonder un nouveau pays dans le Nouveau Monde, avec lui comme roi. Rencontrant des problèmes avec ses colons et les espagnols, Drake vient à son aide.

Envoyé en Irlande pour capturer le rebelle lord O’Neill, Drake doit déjouer la ruse du reste de la noblesse irlandaise.

La Reine promet un navire-trésor espagnol traversant la Manche, laissant à Drake le dilemme de savoir comment capturer l’or sans rompre la parole d’Elizabeth.

Hugh Graveney, un sosie de Drake, utilise un navire similaire au Golden Hind pour saisir le butin d’un navire espagnol qui se rend puis procède à massacrer toutes les mains espagnoles. Ce que l’on pense être le Golden Hind est finalement capturé et lorsque les Espagnols réalisent qui ils ont, l’ambassadeur espagnol l’utilise pour retourner les Néerlandais contre l’Angleterre. Drake doit convaincre la reine qu’il n’a pas pris part à la trahison dont il est accusé et se prépare à attraper l’imposteur.

L’Espagne envahit le Portugal, plus ancien allié de l’Angleterre, et emprisonne ses dirigeants les plus actifs au château d’Ortega. L’artiste et soldat Pedro de Vazim s’échappe et se rend en Angleterre où la reine demande l’aide de Drake pour obtenir la libération du chef de la résistance portugaise, Gazio. Drake, Gazio et la sœur de Vazim, Maria, élaborent un plan pour traverser un pont du château afin de s’échapper tandis que le Golden Hind détruit les défenses de canons du château.

Sir Francis est aidé par un jeune acteur aux ambitions littéraires, dont il prend le temps de découvrir le vrai nom.

La reine Elizabeth est amoureuse du duc français Alencon, et espère recevoir une demande en mariage. Cependant, depuis son retour en France, elle n’a plus entendu parler de lui et soupçonne que sa mère la reine française Catherine de Médicis y est mêlée. Elizabeth envoie Drake en France pour enquêter. La reine de France ne s’arrêtera devant rien pour empêcher Drake de découvrir la vérité - qu’elle a emprisonné son fils dans la Bastille pour empêcher toute union avec Elizabeth.

Les Espagnols veulent envahir l’Angleterre par voie terrestre mais la petite région de Ravenstein (en Hollande) se dresse sur leur chemin. Elizabeth envoie Drake pour ramener la duchesse en Angleterre afin que les Espagnols ne puissent pas l’utiliser pour menacer son peuple.

Drake sauve une cargaison de gitans, qui, selon eux, ont été impitoyablement abandonnés dans la mer par le capitaine d’un navire espagnol impitoyable. Cependant, lorsque Drake découvre le capitaine espagnol à la dérive dans un bateau, il constate que les gitans ne sont pas aussi innocents qu’ils le prétendent et doit agir avant que lui et son équipage subissent le même sort que le navire espagnol et son équipage.

Drake est frustré par le refus de la reine de le laisser partir, mais elle a été influencée par un courtisan dupliqué.

La reine apprend que l’un de ses parents a été enlevé par des pirates barbaresques, et ordonne à Drake de venir à la rescousse.

Drake intercepte un navire trésor et découvre que les Espagnols attachent plus d’importance à certains barils d’eau.

Drake est retenu prisonnier par un gouverneur sadique et après une tentative d’évasion ratée, se retrouve devant un peloton d’exécution.