Une place s'est libérée pour la classe 13 et Medaka a été invitée à la rejoindre. Ce ne sera pas si simple, car d'autres élèves se battront pour obtenir la place et avoir une chance de faire partie du plan Flask.

Medaka ne fait pas le poids face aux élèves de la classe 13. Le seul moyen d'augmenter sa puissance est de rendre visite à un homme qui connaît toutes ses faiblesses.

La journée d’entraînement de Medaka et Zenkichi a porté ses fruits, dans une certaine mesure. Pour arrêter le plan Flask, ils devront combattre encore plus d’élèves de la classe 13, mais pas sans aide.

Le premier adversaire de Medaka la surprend même par son anormalité. Medaka devra pousser son corps à la limite et parler avec son poing pour atteindre le niveau suivant.

Quand toute raison est une raison de tuer, Munakata Kei ne peut être arrêté par des mots. Medaka n'est pas en état d'affronter un tel tueur, c'est donc à sa meilleure amie de s'en charger.

Kouki a été séparé du groupe par Black White. Black White lui propose un marché, tandis que Best Pain tente de l'assassiner.

Avec les conseils de Maguro, Akune pourrait avoir une chance de gagner contre Best Pain. Maguro, lui, est plus intéressé par Black White alias Naze Youka.

Les choses ne vont pas bien pour le Conseil des étudiants, les membres sont blessés et Medaka est incapable d'agir. Pour ne rien arranger, un nouveau groupe de 13 étudiants propose son aide au Superviseur Naze.

Akune et Hitoyashi ayant été éliminés, Kikaijima est la seule à pouvoir défier Yukuhashi, qui semble pouvoir lire dans ses pensées.

Medaka-chan n'est plus, il ne reste que Kurokami Medaka. La première actionde Medaka est de dissoudre le Conseil des élèves, d'épouser Oudo et de mener à bien le plan flask.

Pendant que Medaka se bat avec Oudo, Naze supplie son frère de réparer Koga et lui promet de faire tout ce qu'il veut.

L'histoire de Medaka se poursuit, mais les auteurs la gardent pour une autre fois. Appréciez cette histoire bonus.