Après avoir chassé 99 âmes maléfiques, Maka Albarn et son compagnon Soul Eater doivent capturer l'âme d'une sorcière afin de transformer le jeune homme en une arme que Maître Shinigami, le dieu de la mort, pourra lui même utiliser. Leur choix se porte sur Blair, une jeune femme sans-gêne passée maître dans l'art d'utiliser les citrouilles...

Envoyés pour capturer l'âme maléfique du chef mafieux Alcapone, Black Star et Tsubaki reviennent bredouilles, le jeune homme un peu trop fougueux ayant fait capoter l'opération. Afin de se racheter, les deux compagnons sont envoyés pour capturer l'âme d'une jeune sorcière sans savoir que le chef mafieux qui la convoitait également ainsi que son gang ont déjà été décimés par le puissant garde du corps qui la protège...

Death the Kid, le fils de Maître Shinigami, a décidé de se forger lui même ses propres armes. En compagnie des sœurs Thompson, il se rend dans les vestiges de la pyramide d'Anubis afin d'y déloger la sorcière qui s'y terre. Mais l'obsession maladive du jeune homme joue en défaveur de ses partenaires qui se retrouvent à devoir chasser seules les créatures qui hantent les lieux...

Maka, Soul, Black Star et Tsubaki sont convoqués par Maître Shinigami. Ce dernier, mécontent de leurs dernières performances, leur annonce qu'il doivent mener à bien un cours de rattrapage si ils souhaitent rester à l'institut. Il s'agit pour l'occasion de défaire un ancien professeur de l'académie qui s'attaque depuis sa transformation en zombie, à ses anciens élèves...

Sid ayant été défait, Maka, Soul, Black Star et Tsubaki se rendent au laboratoire du docteur Franken Stein, le scientifique à l'origine de la zombification de leur ancien professeur. La tâche s'annonce ardue : Franken Stein est en effet considéré considéré comme le meilleur Meister ayant jamais été diplômé par l'institut Shibusen...

L'institut Shibusen est en effervescence depuis que Kid, le fils de Maître Shinigami, a décidé d'intégrer l'établissement. Ne supportant pas l'attention excessive dont il fait l'objet, Black Star et Soul Eater décident de l'attendre à l'entrée pour lui donner une bonne correction. Ils sont toutefois loin d'imaginer que leurs talents combatifs sont bien inférieurs à celui du jeune homme…

Lors d'une mission en Italie, Maka ressent une puissante énergie négative en provenance d'une église. Lorsqu'elle se rend sur les lieux en compagnie de Soul pour en déterminer l'origine, elle découvre que celle-c est émise par Ragnarok, une arme démoniaque qui se matérialise à partir du sang noir de son maitre Crona...

Soul et Maka sont sauvés in-extremis par le professeur Stein et Death Scythe. Face à la puissance combinée du plus talentueux des Meisters de Shibusen et à l'arme personnelle de Maître Shinigami, même Crona et Ragnarok ne font pas le poids.Alors que leur défaite paraît inévitable, la sorcière Medusa entre en scène...

Pendant que Soul et Maka se remettent de leur dernier affrontement, Kid et Black Star décident de partir à la recherche d'Excalibur, une arme légendaire qui procurerait à son meister des pouvoirs fabuleux. Mais arrivés à destination, tous deux se retrouvent face à un curieux personnage...

Tsubaki et Black Star partent chasser l'âme de Masamune, une arme démoniaque qui menace de se transformer en Grand Dévoreur. Toutefois, les habitants du village dans lequel ils arrivent croient reconnaître en Black Star un membre du Clan Astral, un groupe d'assassins, et les chassent tous deux. Alors qu'ils patientent à la lisière du village, Masamune fait son entrée et prend possession du corps de l'un des villageois...

Tsubaki est parvenue à se synchroniser avec l'âme de Masamune. Invisible au yeux des autres spectateurs un combat fratricide débute à l'intérieur même de l'arme démoniaque...

Maka et Black Star, bien décidés à devenir plus forts, demandent au professeur Stein de leur préparer un entrainement spécial. Pendant ce temps, Medusa est prise à parti par deux autres sorcières, Elka et Mizuné, qui ne voient pas d'un bon oeil son infiltration de Shibusen et ses expériences sur le Grand Dévoreur...

Envoyés en mission à Londres, Maka, Black Star et leurs armes respectives se voient dans l'obligation d'affronter Free, un puissant loup garou que Medusa a fait libérer. Le combat tourne rapidement en défaveur des jeunes Meisters qui ne maîtrisent pas leurs pouvoirs. Maka et Soul en particulier, ne parviennent plus à synchroniser leurs âmes...

À Shibusen, demain c'est le jour des examens. Tout au long de la nuit, Maka et Tsubaki sont les seuls à étudier avec diligence, bien que Soul semble également le prendre au sérieux. Black Star tente de voler les réponses à Stein, mais est pris, battu et forcé d'échouer. Liz et Patty tentent d'étudier, mais succombent à la paresse, tandis que Kid, confiant dans ses connaissances en tant que shinigami, se concentre sur le dessin de plans pour enlever l'un des poils des sourcils de Liz. Pendant le test, il est révélé que Soul a passé toute la nuit à câbler ses vêtements avec des bandes de triche, mais qu'il est pris et échoue par manque de connaissances et d'aide. Kid échoue également, parce qu'il passe tout son temps à essayer d'écrire son nom parfaitement, pour s'évanouir lorsqu'il déchire accidentellement son papier. Liz et Patty obtiennent également un score plutôt faible, mais Tsubaki s'en sort bien et Maka finit par être le meilleur de sa classe.

Death the Kid, Liz et Patty sont arrivés dans une ville côtière récemment attaquée et découvrent que la moitié de l'endroit a complètement disparu, comme si elle était consommée. Lorsqu'ils découvrent un grand navire dans le brouillard, Kid pense qu'il s'agit du Dragon Noir et observe que le navire s'appelle le Nidhogg. Une fois qu'ils finissent par s'y mettre, ils ne trouvent personne autour. Kid parvient à trouver la pièce contenant toutes les âmes humaines qui avaient été rassemblées, mais avant qu'il ne puisse faire quoi que ce soit, le capitaine attaque et ordonne au navire d'avaler Liz. Liz se retrouve seule dans les entrailles du navire et décide de retrouver son chemin vers Kid et Patty, en essayant de parler de ses peurs avec des souvenirs de son passé. Elle les atteint finalement, mais avant que Kid ne puisse engager le capitaine du navire, Ragnarok, avec Chrona là aussi, invoque toutes les âmes humaines au-dessus du pont.