un Sakurada est un hikikomori, un garçon qui a décidé de s'isoler du monde extérieur et qui ne va plus à l'école. À son époque, Jun commande des articles peu orthodoxes en ligne, pour ensuite les retourner contre remboursement. Une boîte mystérieuse apparaît avec une poupée à l'intérieur. Cette poupée, capable de bouger et de parler, se présente comme Shinku, la cinquième poupée de Rozen Maiden. Jun conclut un contrat avec Shinku, devenant ainsi son médium.

Hinaichigo, la sixième poupée de Rozen Maiden, et son médium, Tomoe, sont présentés. Hinaichigo est toujours triste que Tomoe n'ait jamais le temps de jouer avec elle. Cependant, Hinaichigo ne se rend pas compte que Tomoe s'est progressivement affaibli en raison de leur contrat entre eux. Shinku traverse un portail vers le monde de Hinaichigo, où les poupées doivent se battre dans le jeu Alice.

Hinaichigo vit maintenant avec Jun et Nori, devenant la servante de Shinku en raison de sa perte dans le jeu Alice. Jun et Nori essaient de comprendre ce qu'est "unyuu", ce que Hinaichigo appelle sa nourriture préférée. Pendant ce temps, Suigintou, la première poupée des Rozen Maidens, apparaît, rencontrant Shinku et Hinaichigo.

Suiseiseki, la troisième poupée des Rozen Maidens, est introduite à partir d'une boîte volante qui s'écrase à travers une fenêtre dans la chambre de Jun. Elle emmène tout le monde dans le monde onirique de Jun, qui est en réalité un domaine sans vie rempli de souvenirs du passé de Jun. La poupée leur montre également que chacun a un arbre d'âme qui pousse en lui.

Hinaichigo et Jun doivent combattre Suiseiseki et Shinku pour découvrir qui a pris la fraise de Hinaichigo sur son gâteau aux fraises.

Suigintou prend Hinaichigo en otage. Jun, Shinku et Suiseiseki entrent dans le monde de Suigintou et sauvent Hinaichigo des griffes de Suigintou. Il est également montré que Jun est capable de redonner vie à une poupée clown en cousant ses morceaux cassés. Shinku s'effondre soudainement à la fin de l'épisode en raison de l'épuisement.

Afin de sauver Shinku, et plus tard Hinaichigo, de l'épuisement, Jun doit affronter ses peurs concernant son collège et récupérer un livre contenant des informations sur les poupées Rozen Maiden qu'il découvre s'y trouver.

Sousiseki, la quatrième poupée de Rozen Maiden, est présentée. Elle vit avec un vieil homme, nommé Motoharu, qui la croit être son défunt fils, Kazuki, ce qui l'oblige à rester avec lui. Suiseiseki est traumatisée par la détermination de sa sœur jumelle de choisir le Motoharu à sa place.

Le passé de Motoharu est révélé. Suigintou prend le contrôle du monde onirique de Motoharu et piège Jun et les poupées à l'intérieur. Suigintou prend également l'esprit artificiel de Sousiseki, Lempika. Elle fait ensuite pression sur Suiseiseki pour qu'elle lui remette son esprit artificiel, Sui Dream, de peur que la vie de Jun ne soit mise en danger.

Suigintou provoque une bataille à minuit avec Shinku pour gagner la Rosa Mystica.

La bataille commence entre Suigintou et Shinku. Suigintou enferme Jun dans son monde de rêve où il commence à s'effondrer à cause de ses souvenirs passés.

Jun récupère le bras de Shinku et le répare, ce que seul Rozen était censé être capable de faire. Une attaque finale de Suigintou est reflétée par Jun, brûlant Suigintou dans le processus.

La vie a repris son cours habituel chez les Sakurada. Avec l'aide de Tomoe, Jun tente de rattraper son retard scolaire tout en supportant les disputes entre les différentes poupées. Seule Shinku, prise de remords quand aux évènements passés, sombre dans la mélancolie...

Avec l'apparition de Barasuisho, le spectre du jeu d'Alice et ses conséquences tant redoutées refait surface. Décidée à ne pas troubler leur vie paisible, Shinku fait promettre à Jun de ne rien révéler aux autres poupées. Malgré tout, ces dernières réalise qu'on leur cache quelque chose...

Dernière poupée à entrer en scène, Kanaria décide de s'introduire discrètement chez les Sakurada pendant l'absence de Jun et Nori. Malgré ses précautions, les autres poupées se rendent compte qu'un étranger a pénétré dans la maison et, galvanisées par l'épisode de Détective Kunkun qu'elles viennent de regarder à la télévision, elles décident de mener une enquête...

Seule poupée sans médium, Suiseiseki aimerait passer un pacte avec Jun. Elle est toutefois trop gênée pour le lui avouer ouvertement et ses tentatives maladroites échouent toutes. Jusqu'à ce que, confrontée à la formidable puissance de Barasuisho, elle ne décide de se déclarer ouvertement...

Afin de faire plaisir à Jun, Suiseiseki et Hinaichigo décident de s'occuper des tâches ménagères pendant l'absence de Nori. Toutefois elles ne réussissent qu'à provoquer un désastre. Pour se faire pardonner, elles conviennent d'envoyer au jeune garçon une lettre. Pour Hinaichigo c'est l'occasion d'affronter seule le monde extérieur...

Suiginto devient le medium de Megu, une jeune fille affaiblie par une longue maladie et dont le seul désir est d'être rapidement emportée par la mort. Partiellement amnésique, Suiginto se remémore peu à peu les tous derniers évènements et revit avec horreur sa défaite face à Shinku...

Après une multitude de tentatives pour s'emparer des Rosa Mystica de ses soeurs, tentatives ayant toutes lamentablement échoué, Kanaria décide de les attaquer de front. La petite poupée maladroite se révèle alors être une redoutable adversaire...

L'intérêt de Jun pour les poupées est a à nouveau réveillé lorsqu'Enju accepte que le jeune garçon l'observe durant son travail. Cela attise également l'incompréhension du jeune adolescent quand aux réelles motivations de Rozen. Pendant ce temps, Barasuisho parvient à convaincre Suiginto et Soseiseki de débuter le jeu d'Alice...

Jun et Nori tentent de remonter le moral de Suiseiseki, devenue complètement apathique depuis le départ de sa sœur. Ils parviennent à lui changer les idées mais pour un temps seulement. Bien décidées à faire débuter le jeu d'Alice, Barasuisho et Suiginto ouvrent les hostilités...

La défaite de Soseiseki marque le véritable départ du jeu d'Alice. Le lien qui unissait Hinaichigo à Shinku et Jun commence à disparaître. Privée de sa source d'énergie la petite poupée tombe peu à peu en léthargie. Pour sa dernière journée, Tomoe accepte de la reprendre avec elle pour se remémorer les instants qu'elles ont passé ensemble...

Les masques tombent et Jun découvre avec surprise qui se cache réellement derrière Enju et Shirosaki. Ces derniers imposent aux Rozen Maiden de poursuivre jusqu'au bout le jeu d'Alice. Après avoir passé leurs dernières heures en compagnie de leurs proche, Shinku, Suiseiseki et Kanaria entrent dans l'arène...

Le jeu d'Alice atteint son paroxysme : peu à peu les poupées tombent et seules restent Shinku et Barashuisho pour s'affronter. Alors que Jun fait encore tout son possible pour stopper l'hécatombe, Enju et Laplace assistent au dénouement du dernier combat...