Fraîchement sortie de l'Académie du FBI, Simone Clark arrive à Los Angeles et a pour objectif de rejoindre l'unité spéciale nouvellement formée de Matthew Garza alors qu'ils enquêtent sur le meurtre d'un ingénieur fédéral. L'équipe de Garza comprend Carter Hope, un traditionaliste avide de promotion, Laura Stenson, un agent talentueux qui a désespérément besoin d'une seconde chance, et Brendon Acres, un ancien acteur diplômé de Quantico avec Simone. Sur le front intérieur, la relation père-fille de Simone et Cutty est mise à l'épreuve alors que leurs opinions opposées sur l'application de la loi se multiplient.

Simone utilise son informateur pour retrouver un trafiquant d'armes sur la liste des personnes les plus recherchées du FBI. Brendon, contre l'avis de Laura, enquête sur une piste risquée concernant un membre du Congrès. Lorsque Carter et Brendon se retrouvent chacun à la croisée des chemins, ils commencent à remettre en question leur avenir dans l'équipe et leur loyauté est mise à l'épreuve. Cutty et Simone ont du mal à se mettre d'accord sur la façon dont ils aident la communauté, tandis que Tim et Laura trouvent un terrain d'entente avec leur approche similaire et sensée de la formation des recrues.

L'unité de Garza est impliquée dans une affaire d'enlèvement compliquée impliquant une relation interdite entre deux gangs rivaux de trafiquants de drogue. Pendant ce temps, la vie amoureuse de Simone se réchauffe. Laura se retrouve face à face avec son passé et Carter tente de renouer avec sa femme.

Cet épisode est la suite de l'épisode "The Rookie - 05x04 - The Choice". Lorsque l'équipe se sépare pour interroger le père d'un suspect, Simone et Laura découvrent des informations essentielles sur le lien entre leur relation abusive et les crimes. Suivant cette piste, l'équipe se dirige vers Tucson pour sauver la nouvelle cible du suspect. Pendant ce temps, des étincelles volent avec Laura et son ancien collègue, Mark Atlas, alors qu'ils débattent du mobile du tueur. Fin d'un crossover avec The Rookie (La Recrue) S05E04.

Simone et Carter se retrouvent piégés sous les tropiques alors qu'ils traquent un suspect en fuite. La rencontre inattendue de Simone avec Dina met à mal la vie amoureuse de Cutty, et les folies de la mode haut de gamme d'Elena ouvrent les portes d'un mystérieux meurtre non résolu.

Lorsque Simone et Carter partent sous couverture pour trouver un assassin international connu sous le nom de The Reaper, un prisonnier en quête de libération sous caution reconnaît Carter et fait presque sauter sa couverture. Laura et Brendon trouvent une piste sur le fusil d'assaut de The Reaper tandis que Brendon s'efforce d'améliorer sa relation avec son père. Pendant ce temps, l'horaire de travail exigeant de Simone met à rude épreuve sa relation avec Dina.

En cherchant un scientifique disparu dans la forêt nationale d'Angeles, Simone et Carter découvrent les projets d'un éco-terroriste visant à faire exploser des bombes sales à travers la ville. Pendant ce temps, Brendon met en œuvre ses propres tactiques de profilage pour trouver le cadeau d'anniversaire parfait pour Laura.

Après l'enlèvement d'un père et de sa fille le jour de Thanksgiving, l'équipe découvre une prise d'otages impliquant des adjoints de police. Lorsque les preneurs d'otages proposent un échange pour les otages, Simone est envoyée en mission d'infiltration par Garza, et Lopez arrive pour aider à sauver Wesley. Pendant ce temps, Laura et Brendon recherchent une caméra de surveillance qui pourrait révéler l'identité du kidnappeur.

Lorsque la réputation de Garza est remise en question, Simone et son équipe mettent en place leur propre opération secrète pour soutenir leur patron.

Cet épisode est la suite de l'épisode "The Rookie - 05x10 - The List". Un mystérieux correspondant menace de révéler une liste confidentielle d'agents infiltrés du FBI qui a été divulguée si un détenu n'est pas relâché. Après qu'un agent exposé ait été grièvement blessé, l'équipe parvient à identifier l'appelant et se rend au port de Los Angeles pour assurer la libération du détenu. Plus tard, Simone fait appel à John Nolan pour l'aider à réaménager le garage de Cutty en un espace de vie, et Brendon, prêt à avouer ses sentiments à Antoinette, découvre qu'elle éprouve des sentiments pour quelqu'un d'autre.

Après une tentative d'assassinat ratée impliquant un poseur de bombe, le député Damien Roberts engage l'équipe de Garza pour sa sécurité, tandis que Brendon et Laura commencent à enquêter sur d'éventuels suspects. Plus tard, Damien et Simone ravivent leur relation amoureuse, et Brendon fait progresser sa relation avec Antoinette.

Alors que l'unité enquête sur une victime de meurtre dont le corps a été vidé de son sang, l'affaire macabre attire l'attention d'une émission de crime réel, et Brendon partage son expertise de "Vampire Cop" pour aider à résoudre l'affaire.

Lorsque le premier rendez-vous de Brendon et Antoinette se transforme en une opération d'infiltration, ils embrassent leurs nouveaux rôles et profitent au maximum de l'aventure. Simone et Laura aident Carter à améliorer ses compétences en matière de rencontres, et la fille de Simone fait une visite surprise avec son nouveau petit ami.

Lorsqu'une fille de milliardaire disparaît, son père annonce publiquement une récompense généreuse pour son retour sain et sauf, suscitant l'inquiétude du FBI. L'ex-femme de Garza fait une apparition surprise et perturbe les choses au sein de l'équipe.

Au cours de l'enquête récente sur le meurtre d'un banquier d'investissement, qui avait également été déclaré mort il y a six ans, l'unité suit une piste suspecte qui conduit à de nouvelles preuves sur les deux affaires. Pendant ce temps, les relations sont mises à l'épreuve alors que Fortune réfléchit à son avenir avec Carter, et Brendon repousse ses limites avec Antoinette.

C'est la Saint-Valentin, et l'amour flotte dans l'air. Le FBI s'associe au LAPD pour neutraliser un Casanova louche lié à un célèbre seigneur de la drogue. Pendant que le reste de l'équipe célèbre avec leurs nouveaux amours, Simone crée un lien avec quelqu'un de nouveau.

Cet épisode est la suite de l'épisode "The Rookie - 05x17 - The Enemy Within". Garza et son équipe sont à la poursuite d'un impitoyable chef de gang en mission de vengeance. Atlas arrive en ville pour renouer des liens avec Laura, mais les deux semblent avoir du mal à se comprendre, et Simone et Carter luttent pour laisser derrière eux de vieilles rancunes.

Après qu'un groupe de voleurs ait volé une mallette diplomatique, Naomi et les agents fédéraux travaillent pour éviter un scandale de contrefaçon international. Pendant que Garza renoue avec un vieil ami, le parrain de Brendon rechute, et il réévalue sa relation avec Antoinette.

Alors que Simone fait l'inventaire du bureau, elle découvre une série de cadavres qui la conduisent à enquêter sur une affaire impliquant un magnat de l'industrie reclus. Pendant ce temps, Laura et Brendon traquent un voleur de preuves, et Carter travaille pour prouver l'innocence de Fortune.

C'est une course contre la montre alors que les agents fédéraux se regroupent pour arrêter le tueur condamné à mort, Foster et sa secte meurtrière avant son exécution. Pendant ce temps, alors que la relation entre Cutty et Ruth devient sérieuse, Simone et Dina sont contraintes de renouer des liens.

Cet épisode est la suite de l'épisode "The Rookie - 05x21 - Going Under". Le FBI reprend une affaire du LAPD impliquant un tueur en série qui a laissé des membres humains dans plusieurs États. Après que l'équipe a suivi une piste découlant des découvertes médico-légales d'Antoinette et d'Elena, le tueur se venge contre Laura.

Après qu'un agent de l'unité d'enquête interne ait été drogué et enterré vivant dans un désert près de Las Vegas, le directeur du FBI fait appel à l'unité de Garza pour enquêter discrètement. Pendant ce temps, les projets de Simone pour sa fête d'anniversaire de ses 49 ans sont mis de côté.