En 1991, Leroy Jethro Gibbs commence sa carrière en tant que nouvel agent spécial au tout jeune bureau du NIS (futur NCIS) de Camp Pendleton, où il se fait une place au sein d'une équipe hétéroclite dirigée par Mike Franks.

Leroy Jethro Gibbs, nouvel agent du NIS à Camp Pendleton, poursuit son enquête sur une affaire de tireur d'élite avec son futur mentor, Mike Franks.

Un meurtre près de Camp Pendleton mène Gibbs et l'équipe dans un centre commercial de San Diego, où Gibbs prend les choses en main. Jackson Gibbs rend une visite inattendue à Franks.

Toujours en deuil de sa femme et de sa fille, Gibbs aide l'équipe à enquêter sur la disparition d'une jeune fille. Le moment qui a irrévocablement changé la vie de Gibbs est révélé.

Alors que le compte à rebours approche de l'exécution, Franks se précipite pour retrouver le corps d'un condamné à mort disparu et honorer une promesse qu'il a faite à la sœur de la victime avant la fin du temps imparti.

Gibbs s'infiltre pour la première fois avec Lala alors que le NIS enquête sur l'affaire d'un marin de la Navy décédé qui aurait partagé des informations top secrètes constituant une menace pour la sécurité nationale.

Le NIS enquête sur le meurtre de Jane Doe, atteinte de démence. De plus, des flashbacks révèlent la première fois que Gibbs a rencontré Franks.

Gibbs et son équipe enquêtent sur le cas d'un prêtre de la Navy qui a été tué dans le confessionnal et qui a peut-être été pris pour cible par erreur. Pendant ce temps, Randy montre à Gibbs les ficelles du métier de protecteur tout en étant aux prises avec une situation personnelle.

L'affaire d'une femme disparue après une nuit passée en boîte avec un marin de la Navy amène l'équipe au Mexique, où ils découvrent un lien possible avec le passé de Gibbs.

Alors que Leroy Jethro Gibbs prépare son premier Noël sans sa femme et sa fille, des flashbacks révèlent le parcours improbable qui l'a mené à son premier jour de travail en tant qu'agent spécial.

L'équipe enquête sur la mort du fils d'un célèbre commandant des Marines, tandis qu'une partie cruciale du passé de Franks impliquant sa famille est révélée.

Lorsque la salle des preuves est cambriolée et qu'une importante somme d'argent disparaît, l'équipe cherche un lien avec une affaire récente. De plus, Lala s'ouvre à Gibbs et Kowalski a du mal à avancer.

L'équipe enquête sur le meurtre brutal d'un ancien combattant qui a connu des moments difficiles après avoir servi au Vietnam, ce qui amène Franks à réfléchir à ses propres difficultés après la guerre. Gibbs envisage également une nouvelle voie à suivre.

L'équipe travaille sur le cas d'une conseillère en investissement retrouvée morte peu après sa sortie de prison. Par ailleurs, Mary Jo est ébranlée par une évolution inattendue de sa vie personnelle.

L'équipe enquête sur le meurtre brutal d'un sergent militaire retrouvé brûlé dans sa voiture, une affaire que Franks soupçonne d'avoir un lien avec l'agression de son ex-femme.

Vera reçoit un appel inattendu de Bugs, qui affirme être prêt à répondre à d'autres questions depuis la prison après avoir été identifié comme le tireur d'élite surnommé "Sandman". À son arrivée, Bugs a soudainement changé d'avis, ce qui pousse l'équipe à reconsidérer l'affaire et à se lancer dans une course contre la montre pour tenter d'empêcher une nouvelle tragédie.

Après les rebondissements choquants de l'affaire Sandman, l'équipe collabore avec le FBI pour approfondir l'enquête. Tandis que Wheeler peine à conserver son emploi, sa famille est en crise.

Lorsque le meurtre de Pedro Hernandez est découvert, Gibbs doit faire face à une remise en question. Mais au moment où il a le plus besoin de son équipe, la loyauté de l'un d'entre eux est remise en question.