Dès le IIe siècle, l’ardeur du prosélytisme ruine l’entente entre chrétiens et juifs, les premiers accusant les seconds de déicide. En 413, saint Augustin publie La cité de Dieu. Ce livre influera durant près d’un millénaire sur la place dans la morale chrétienne des juifs, "peuple témoin" qu’il s’agit à la fois de protéger et d’assujettir, une idée reprise ensuite par les musulmans. Aux XIe et XIIe siècles se déroulent les premières croisades, qui combattent les musulmans mais aussi les juifs, vus comme l’ennemi intérieur.

Ils vont s’astreindre à rendre visibles des juifs que rien ne distinguait du reste de la population, à travers une iconographie délirante (nez crochus, chapeaux pointus…) et des mesures discriminatoires, tel le port de la rouelle, anneau jaune dont la couleur, symbole de traîtrise, resurgira sous l’ère nazie. En 1290, les premières expulsions surviennent en Angleterre avant de gagner l’Europe de l’Ouest. Cinq siècles plus tard, la Révolution française change à jamais la situation des juifs à travers le monde.

Le poids de la religion diminuant, l’antisémitisme s’appuie désormais sur des théories raciales. Les juifs servent aussi de bouc émissaire à un courant socialiste populiste qui réactive le cliché moyenâgeux du "juif homme d’argent" et leur impute la misère ouvrière. Sous l’impulsion du journaliste Theodor Herzl émerge le mouvement sioniste et la revendication d’un État refuge. En 1903, le pogrom russe de Kichinev indigne la communauté internationale. Le XXe siècle est aussi marqué par l’avènement du régime hitlérien, à la doctrine ouvertement antisémite.

Après la proclamation de l’État d’Israël en 1948, les populations juives doivent, en majorité, quitter les pays arabes. En 1965, à l’issue du concile Vatican II, l’Église met fin à deux mille ans d’antijudaïsme. Après une période d’accalmie dans les années 1960, l’antisémitisme adopte de nouveaux visages.