Les agents des services secrets Lattimer et Bering sont transférés dans le top secret entrepôt 13. Ils y rencontrent Artie Nielsen, le responsable du mystérieux entrepôt qui leur explique qu'ils sont dorénavant responsables d'objets surnaturels collectés par le gouvernement. Pour leur première mission, ils sont envoyés en Iowa pour enquêter sur un artefact appartenant à un étudiant qui a agressé sa petite amie en récitant une incantation en italien.

Pete et Myka doivent enquêter sur des braquages de banques ayant lieu à Chicago. Les braqueurs hypnotisent leurs victimes grâce à un artefact.artefact. Artie, quant à lui, doit faire face à une tentative de piratage de l'Entrepôt.

Myka et Pete se rendent à Unionville où certains habitants ont des comportements excessifs. Ils doivent trouver rapidement ce qui provoque de tels excès pour sauver la vie des personnes concernées. De son coté, Artie s'occupe des problèmes de courts circuits dans l'entrepôt.

Artie est enlevé par Claudia, pirate de l'Entrepôt et sœur d'un de ses anciens étudiants disparu douze ans plus tôt. Elle est convaincue que son frère n'est pas mort, mais seulement coincé dans une autre dimension par un artefact sur lequel il travaillait. Elle demande de l'aide à Artie. Lattimer et Bering se lancent à sa recherche.

Des sculptures représentant les quatre éléments et dont la légende dit qu'elles formeraient une carte menant à une grotte sacrée sont dérobées. Un artefact amérindien serait impliqué dans ces vols. Lattimer et Bering, aidés d'Artie et de Claudia, enquêtent. Leurs soupçons se tournent vers deux collectionneurs rivaux : Gilbert Radburn et Jeffrey Weaver.

Une explosion a lieu dans un commissariat de Saint-Louis faisant six morts. Lattimer et Bering se rendent sur place et découvrent le corps d'un ancien agent de l'Entrepôt. Au cours de leur enquête, ils rencontrent son ancienne partenaire qui leur révèle le côté sombre de l'Entrepôt.

A Washington, un sabre japonais ayant la capacité de rendre son possesseur invisible est dérobé sous les yeux de Lattimer et Bering. Tandis qu'Artie se lance à la poursuite du voleur, qui ne serait autre qu'un ancien membre de la section, son passé resurgit.

Le miroir de Lewis Carroll, une boule disco du Studio 54… L’inventaire dans la Warehouse 13 crée quelques tumultes, alors que Pete et Myka doivent partir à Las Vegas pour retrouver un artefact en possession d’un couple de voleurs.

Quand quatre prisonniers se suicident en peu de temps dans une prison de haute sécurité, Artie envoie Pete et Myka enquêter.

Pendant que Pete, Myka et Claudia sont coincés dans l'entrepôt, Artie se voit obligé de répondre à ses supérieurs.

Le père de Myka, Warren reçoit un livre datant du XIXème siècle. Il est intrigué jusqu'au moment où la lettre lui rentre sous la peau. Myka chasse MacPherson qui semble s'amuser ouvertement avec Pete et celle-ci quand on lui annonce que son père est en train de mourir.

L'équipe apprend que McPherson vend aux enchères des objets qu'il a volé de l'entrepôt. Pete et Myka partent une nouvelle fois à sa nouvelle poursuite.

Mac Pherson a réussi à s'échapper de l'Entrepôt avec des artefacts de bronze. Pendant ce temps Pete et Myka se dirigent vers Londres afin de recueillir des indices sur le plan que prépare Mac Pherson.

Myka et Pete se rendent à Detroit après la découverte d'un artefact donnant des pouvoirs extraordinaires à un homme ordinaire. Pendant ce temps, le reste de l'équipe essaye d'améliorer l'Entrepôt après les récents évènements.

Pour la première fois, des habitants de Univille, où se situe l'Entrepôt, sont confrontés à des évènements surnaturels qui vont les amener à découvrir la présence d'un artefact dans leur propre jardin.

Pete et Myka sont chargés d'enquêter dans le monde de la mode après la découverte de jeunes mannequins vieillissant de manière prématurée.

Douglas Fargo de Global Dynamics est est envoyé à l'Entrepôt pour mettre à jour les systèmes informatiques. Durant la maintenance, un virus informatique va piéger toute l'équipe au sein de l'Entrepôt...

Lors d'une enquête sur un artefact, Pete est chargé d'une mission secrète qui obligera ses co-épuipiers à intervenir au sein de l'Entrepôt...

Quand l'équipe de natation d'une université commence à pulvériser tous les records, Myka et Claudia sont chargées d'enquêter. Pendant ce temps, Pete essaye de soigner l'appendicite de Artie.

 Un artefact va donner du fil à retordre à Pete et Myka.

Un dangereux artefact va amener l'équipe à enquêter sur le passé d'espion d'Artie.

Pete et Myka utilisent une machine à voyager dans le temps pour retourner en 1961 afin d’enquêter sur un artificat qui a changé la conscience des agents Rebecca et Jack.

L’équipe est envoyée en Egypte car l’Entrepôt n°2 est mystérieusement découvert et son autodestruction est enclenchée.

L'équipe de l'Entrepôt 13 essaye d'arrêter H.G. Wells dans son projet fou de ramener la Terre à l'époque de l'âge de glace...

Un artefact démultiplicateur permet à un voleur de se démultiplier afin de commettre ses méfaits dans plusieurs lieux à la fois durant les fêtes de Noël...

Alors que tout le monde est toujours sous le choc du départ de Myka, un nouveau membre arrive dans l'équipe Warehouse. Steve Jinks, le détecteur de mensonges humain, est le futur partenaire de Pete. Ce dernier, plein de ressentiment à l'égard du «nouveau» va pourtant devoir maîtriser sa colère car tous deux partent enquêter sur la mort mystérieuse de deux personnes dont des vers shakespeariens auraient été les dernières paroles...

Depuis son retour Myka sent que quelque chose a changé dans sa relation avec Pete. Mais elle n'a pas le temps d'aborder le sujet car tous deux doivent partir enquêter sur le meurtre d'une serveuse dont tous les indices semble mener vers un seul et même coupable, un dénommé Jeffrey. Rapidement, les deux enquêteurs s'aperçoivent que quelque chose ne colle pas et font face à une série de victimes d'amnésie...

Le docteur Vanessa Calder arrive à Salt Lake City pour déterminer les raisons d'une vague de décès mystérieux. Une maladie semble transformer les personnes en statues. Artie, qui souhaite pouvoir travailler avec son ex petite amie, emmène Claudia avec lui pour enquêter. Mais l'enquête est complexe et l'équipe va devoir faire appel à un ancien agent...

L'ex-femme de Pete arrive pour lui parler, à la surprise de Myka qui panique. Elle vient en fait lui annoncer qu'elle se remarie le lendemain, et surtout, pour récupérer la bague de sa grand-mère que Pete a toujours en sa possession. En repartant, elle percute un artefact qui avait pour vocation de protéger la reine égyptienne Hatchepsout et libère ainsi des milliers d'abeilles en furie...

La trompette de Jericho, arme de Joshua, a le pouvoir de vaporiser ce qui se trouve devant elle, et fournit une énergie considérable. Elle a tué 2 personnes : une fois en 1893 à Londres, et une fois en 1962 dans l’Ohio, et apparait cette fois à Pittsburg.

Fortress 13 est un jeu reprenant les personnage de Warehouse, c’est le dernier projet du nouveau business de Fargo, Fargames. Le jeu utilise BRAID, une interface de réalité virtuelle qui ne marche pas. Mais Fargo repousse les limites…

Myka, dans sa carrière au Secret Service, s’est rapprochée de son partenaire, Sam. Sam et Myka s’entendaient vraiment bien, sur le terrain comme en dehors, et ont même commencé une relation amoureuse un an après la séparation de Sam et de sa femme, Allison

Lorsque des régents de Warehouse disparaîssent les uns après les autres, les agents décident d'orienter leur enquête du côté de Sally Stukowski, une ancienne agent du FBI qui a volé plusieurs artefacts. Pendant ce temps, Sally torture Theodora avec la poignée de porte qu'elle avait volée avant de l'immoler. Il s'agit de sa cinquième victime...

Warehouse est attaqué et tous doivent se mobiliser pour se défendre, mais Pete est perturbé par un secret que lui a caché sa mère durant toute sa vie : elle est régente. De son côté, Claudia cherche des réponses à propos du licenciement de Jinks, tandis que Myka est effrayée par les assassinats de régents qui sont toujours d'actualité...

Des morts-vivants cannibales rôdent dans les rues de New-York. Myka et Pete enquêtent sur ce nouvel artefact sans grand succès et avec pour seule théorie que le mal se diffuserait par la morsure. Jusqu'au jour où Pete se fait mordre et ne développe aucun symptôme. Myka, au contraire, voit son métabolisme s'altérer...

En cherchant la provenance d'un signal parasite dans l'Entrepôt, Claudia découvre que Sykes essaie d'accéder à un mystérieux dossier intitulé «Atlas 66». Myka exige de Jane qu'elle en révèle le contenu, mais elle refuse. Alors que tous les agents ont pour consigne de rester dans l'Entrepôt, Myka, Pete et Claudia ne peuvent rester les bras croisés et suivent un indice qui les mènent dans une école voisine. Ils y rencontrent une femme qui est le sosie de H.G. Wells...

Avant de mourir, Steve a enregistré une vidéo sur une clé usb, dans laquelle il révèle que Walter Sykes doit se rendre à Hong Kong. Jane apprend à l'équipe que les Régents y possèderaient un sanctuaire scellé depuis une centaine d'années. Pete et Myka partent sur les traces de Sykes et du sanctuaire...

Dans l'entrepôt, Pete active par inadvertance un artéfact qui crée une réalité parallèle où il n'a jamais existé. Le personnel de l'entrepôt ne le reconnaît pas et, pis encore, MacPherson en est le dirigeant! Pete part à la recherche de ses amis, mais ceux-ci n'ont aucun souvenir de lui non plus. Dans ce monde à la fois étrange et familier, il doit pourtant convaincre Myka, Artie et Claudia de l'aider à récupérer sa vie.

L'équipe doit faire face à la destruction de l'entrepôt et à la mort tragique de trois de leurs amis : Steve Jinks, madame Frédéric et HG Wells. Pete, Myka, Artie, Leena et Claudia doivent décider s'ils vont utiliser un artefact dangereux et risquer la mort pour rétablir la situation...

Pete et Myka enquêtent à Philadelphie au sujet d'hallucinations de groupe : les personnes touchées croient voir un monstre

Une horrible créature a été aperçue dans un bar de Philadelphie. En réalité, une personne se fait passer à tabac. Dans le même temps, Adrian et Artie tentent de retrouver l'astrobale de Magellan tandis que Pete et Myka partent à la recherche d'un artefact manquant : un tuyau qui permet de contrôler le temps...

Steve est sauvé par Claudia et réintègre l'équipe. Pete et Myka sont envoyés à Devils Lake afin de retrouver un artefact de Walter Sykes...

Alors que Claudia rencontre madame Frederic pour discuter de son avenir en tant que gardienne de l'Entrepôt, Artie et Steve enquêtent sur les vols qui y ont eu lieu. De leur côté, Pete et Myka partent à l'étranger pour en savoir plus sur un joueur de hockey qui guérit miraculeusement. Y'a-t-il un artefact derrière tout cela ?

Tandis que Steve cherche une solution pour se passer du métronome, et ainsi éviter de faire du mal à Claudia, Pete et Myka découvrent que le miroir de Lewis Caroll a été remis en circulation puis brisé - mais pas avant d'avoir causé la folie d'une jeune femme, possédée par la personnalité criminelle d'Alice. Les deux agents la retrouvent, mais se rendent compte qu'Alice a conservé un éclat du miroir, et pourrait s'être tranférée dans n'importe qui. Le même soir; Artie a un rendez-vous amoureux avec Vanessa, mais la soirée tourne court quand il est informé de la situation, et qu'il reconnait Alice dans la serveuse. Après de multiples changements d'identité, Alice est enfin maîtrisée. Suite à ces événements, Artie décide de rompre avec Vanessa pour la protéger, mais elle lui répond qu'elle l'attendra. Steve finit par avouer à Claudia le lien qui les unit. De retour à l'entrepôt, Artie se met en colère contre la confrérie, sans s'apercevoir que Leena a tout entendu.

Pete et Myka interrogent plusieurs individus qui subissent un étrange phénomène : leur taille ne cesse d'augmenter. Par la suite, ces personnes subissent d'atroces douleurs, et doivent être hospitalisées. Leur piste les mène à un médicament produit par une grande firme pharmaceutique. Durant l'enquête, Pete rencontre Deb Stanley, qui travaille pour cette entreprise, avec qui il a une aventure d'un soir. Myka et Pete parviennent à ralentir les symptômes grâce au clou d'or du premier chemin de fer transcontinental. Ils découvrent que le médicament n'est pas en cause, mais plutôt un ustensile utilisé lors d'un cours de cuisine auquel toutes les victimes ont assisté. Cependant Deb, qui a surpris une conversation, a informé son patron de l'existence possible d'artefacts dans un entrepôt secret, et celui-ci fait appel à ses relations politiques pour pouvoir y accéder. L'artefact est récupéré par Myka : il se révèle être un bol sculpté dans les ruines du Colosse de Rhodes. Pendant ce temps, Artie, sous la pression, informe Claudia et Steve de son secret, mais en en masquant les détails. Ces derniers se rendent dans une maison abandonnée où ils pensent trouver frère Adrian, mais cela s'avère être un piège. Ils arrivent cependant à s'échapper en récupérant un artefact, le seuil de porte de Limentinus, qui a la propriété de créer des portes là où il n'y en a pas. Finalement, après une entrevue avec M. Kosan et la visite de l'entrepôt, Deb décide d'induire en erreur son patron, et les régents lui offrent la possibillité de les rejoindre à l'avenir. Un peu plus tard, H.G.Wells révèle à Artie qu'elle a découvert son secret et en a parlé à Mme Frédéric.

Pete et Myka enquêtent sur certains habitants de Dalton, en Virginie-Occidentale, qui développent d'inquiétants symptômes, comme s'ils commençaient à rouiller. Après avoir éliminé plusieurs suspects, ils réalisent que le responsable involontaire de ces évènements est un métallurgiste et boxeur, ancien marine blessé par un engin explosif improvisé lors de son engagement en Irak. L'explosion a eu lieu au musée national de Bagdad, qui contenait un artefact issu de la Bataille des Thermopyles dont des fragments se seraient logés dans son corps. L'artefact, qui lui procure une force exceptionnelle, s'est activé quand il a sauvé son père d'un accident. Pendant ce temps, s'inspirant de l'histoire de Schumann qui aurait réussi à se débarasser de l'emprise du métronome, Claudia et Steve se rendent à la maison de ce dernier où il réussit à s'en libérer avec l'aide de sa mère. À l'entrepôt, Artie, Leena, H.G. et Mme Frédéric tentent de trouver un moyen de stopper Frère Adrian. À l'insu d'Artie, cette dernière confie l'astrolabe à H.G. pour qu'elle le dissimule.

Claudia découvre que des artefacts ont été envoyés par frère Adrian aux adresses de son frère, de la soeur de Myka et de l'ex-femme de Pete. Chacun se rend sur place pour corriger la situation. Le parchemin d'ambre de Pline l'Ancien a transformé Joshua en statue d'ambre, le cordon de soie de Mehmed II pousse Tracy à tenter d'assassiner Myka, et le tatouage d'Ignati Grinevitski transforme Amanda, puis Pete, en bombe vivante. Pendant ce temps, Steve et Mme Frédéric, en mission secrète au Vatican pour enquêter sur la confrérie, découvrent que Frère Adrian n'a jamais quitté l'Italie. Il s'avère qu'Artie a subi le contrecoup de l'utilisation de l'astrolabe, qui a déclenché chez lui une crise psychotique le poussant à imaginer les supposés actes nuisibles de frère Adrian, alors que lui-même les commettait. Au paroxysme de son délire, il finit par tuer Leena.

Pete sent que quelque chose se trame autour de l'Entrepôt et recherche Artie avec Myka. Ils découvrent alors le corps de Leena.

Alors qu'une maladie touche des centaines et bientôt des milliers de personnes dans le monde et qu'Artie est inconscient après avoir été attaqué par Claudia, Madame Frederic, Pete et Myka sont à la recherche d'un artefact qui pourrait ramener à la vie l'orchidée chinoise et arrêter l'épidémie mondiale...

Pete et Claudia enquêtent sur une série d'accidents tels que des séismes ou des glissements de terrain. Myka et Steve, eux, tentent d'aider Artie à s'habituer à l'absence de Leena...

Pete et Myka se retrouvent coincés dans un roman policier des années 40 à la recherche d'un artefact. Ils doivent mener l'enquête dans une époque dont ils ne maîtrisent pas tous les codes. Pendant ce temps, Artie, Steve et Claudia tentent de retrouver un voleur de voitures...

Pete et Myka se rendent à Las Vegas pour enquêter sur des meurtres qui ont eu lieu dans le monde de la magie. Claudia et Jinks recherchent un artefact utilisé pour truquer des courses hippiques, tandis qu'Artie recontre la nouvelle gérante de l'auberge...

H.G. Wells est de retour pour demander de l'aide à Pete et Myka concernant un artefact qui oblige les criminels à avouer leurs actes. Pendant ce temps, le reste de l'équipe doit faire face à des séismes au sein même de l'entrepôt. Ces mystérieuses secoussent menacent sérieusement le bâtiment...

Pete, Myka se rendent dans une prison après une évasion. Steve s'aperçoit que le policier en charge de l'enquête n'est autre que son ex petit-ami. Artie, quant à lui, est devenu sourd. Claudia tente de l'aider...

Pete et Myka s'infiltrent dans une banlieue afin d'enquêter sur une série de mystérieux incidents. Une fois sur place, ils découvrent rapidement que l'un des habitants est animé par un vif désir de vengeance. Pendant ce temps, Claudia et Artie ont une autre mission, celle d'aider un jeune scientifique...

Pete, Myka et Artie partent à la recherche d'artefacts volés par des pirates il y a de cela des siècles. Ils doivent faire équipe avec Charlotte Dupres...

Pete, Myka et Charlotte partent pour le Luxembourg, sur les traces de Paracelsus et Nick. Ces derniers ont volé un artefact dans le but de «débronzer» Claudia. Une fois sur place, l'équipe de l'entrepôt rencontre le mari de Charlotte, le comte de Saint-Germain...

L'équipe poursuit ses efforts pour capturer Paracelsus avant qu'il ne devienne immortel. De son côté, Steve apprend qu'Artie a caché des informations sur sa vie au reste de l'équipe...

Paracelsus prend contrôle de l’entrepôt 13 dans le but de recréer le monde à son image. Pete et Myka doivent le suivre en 1541 et l’empêcher de tuer les régents et devenir le maître des entrepôts.

Pete et Mykha enquêtent sur une série de noyade et font la rencontre d’un couple d’agents secrets pendant que Artie essaye de montrer la vérité à Claudia au sujet de sa soeur.

Pete et Steve cherchent un artefact permettant de donner vie aux pièces d'un échiquier. De son côté, Claudia cherche un moyen de redonner vie à sa soeur et Myka fait tout son possible pour empêcher Artie de la trouver...

Pete, Myka et Artie aident l'ancienne petite amie de Pete à traquer un artefact qui les attirent tous dans un telenovela. Pendant ce temps, Claudia et Steve enquêtent sur un étudiant dont la colonne vertébrale s'est mystérieusement brisée durant un cours...

Benedict Valda fait son retour et essaye de déplacer l'Entrepôt en Chine afin de pouvoir en prendre le contrôle. Pour cela, il se sert d'un artefact, et de Claire, la soeur de Claudia. L'équipe parviendra-t-elle à le stopper à temps ainsi qu'à délivrer Claire ?

Madame Frederic et l'équipe partagent des souvenirs qu'ils vont mettre dans une capsule temporelle...