Lorsqu’une organisation secrète tente de tuer les potentiels Bibliothécaires, c’est à Flynn Carson et sa nouvelle protection rapprochée, Eve Baird, de sauver les trois derniers protégés.

La Confrérie du Serpent tente de faire revenir la magie sur Terre. Flynn Carson doit retrouver la légendaire épée avant que l’organisation malveillante ne s’en empare.

Lors de leur première mission seuls, les Bibliothécaires vont se retrouver confrontés à un obstacle. Perdus dans un mystérieux labyrinthe magique sous le gratte-ciel d’une entreprise, ils devront tout faire pour en ressortir ensemble.

Lorsque le Père Noël, ou du moins, l’esprit de Noël se retrouve kidnappé par la Confrérie du Serpent, les Bibliothécaires, mandatés par la Mère Noël, n’auront pas le choix que d’affronter leurs ennemis jurés, à Londres, pour sauver Noël.

Une dispute entre deux groupes de dragons est sur le point de se transformer en une véritable guerre. Flynn Carson fait donc son retour pour demander de l’aide aux Bibliothécaires.

Des contes de fées semblent prendre vie. Les Bibliothécaires se rendent sur place pour enquêter.

Des lycéens participent à un concours scientifique dans un lycée mais ils disparaissent les uns après les autres. Les Bibliothécaires découvrent que les maléfices sont lancés par la fée Morgane...

Les Bibliothécaires viennent au secours d’une jeune fille qui, après avoir perdu ses amis, a été agressée dans une étrange maison au milieu des bois.

Les Bibliothécaires enquêtes sur la disparition étrange d'un chasseur d'ovnis.

Flynn Carson revient avec un plan pour récupérer la bibliothèque principale en utilisant des artefacts obtenus lors de prédentes missions.

Après des mois passés chacun de son côté, les «bibliothécaires» se retrouvent pour enquêter sur une mystérieuse et énorme tempête qui menace Manhattan.

Prospero convoque des personnages de fiction. Ainsi, Flynn et son équipe se retrouvent face à Frankenstein ou encore le professeur Moriarty.

Après l’effondrement d’une plateforme pétrolière, une entité métamorphe se renforce à chaque mensonge proféré. Pour vaincre cela, nos bibliothécaires vont devoir être honnêtes l’un envers l’autre.

Au sein de l’université Wexler fondée par un historien fou, de nombreux étudiants disparaissent sans laisser de trace. De son coté, Cassandra reçoit une offre impossible à refuser.

Dans sa quête pour retrouver les artefacts, Flynn se fait kidnapper par un étranger mystérieux à la fois amnésique et collectionneur d’artefacts.

Un ancien ami de Baird se présente aux élections d’une petite ville du New Hampshire mais va rapidement se retrouver au coeur d’un scandale après la disparition de son assistant. Pour résoudre ce mystère, les bibliothécaires vont avoir à faire face à un démon.

Les bibliothécaires enquêtent sur une célèbre discothèque londonienne dont les jeunes clients se retrouvent victimes d’évènements très étranges.

En enquêtant sur une étrange source d’énergie qui transforme des chercheurs en monstres sans cervelle, les bibliothécaires vont se retrouver coincés dans une boucle temporelle.

Les bibliothécaires se séparent et décident de vivre leur vie chacun de leur côté. Mais ils vont être amenés à enquêter ensemble sur Ariel, une créature aux ordres de Prospero.

Flynn retourne en 1611 pour combattre Prospero et faire échouer ses plans.

Apep, dieu égyptien du chaos, prend possession du corps d’un touriste et tente de libérer le Mal à l’état pur. Les Bibliothécaires se mettent en travers de son chemin, mais ils sont victimes des maléfices lancés par Apep. Une mystérieuse agence gouvernementale intervient, provoquant la vive inquiétude de Jenkins.

Charlene disparait: les Bibliothécaires soupçonnent Apep. Flynn reprogramme la Porte pour être téléporté là où se trouve le pendentif de Charlene. Ils se retrouvent sur la base d’un supercollisonneur où une procédure de confinement a été lancée…

Cassandra et Stone partent à la recherche du cristal d’Angrboda. Cassandra tente d’extraire le cristal par un sortilège mais il se loge dans sa poitrine ! Ils auront à faire à la colère des Jötnars, géants des glaces de la mythologie scandinave…

Après avoir eu une vision de sa propre mort, entre les mains d’un assassin surnaturel, Baird essaie de tromper le destin et de démentir la prophétie mortelle...

Les bibliothécaires enquêtent sur un mystérieux carnaval ambulant où ils découvrent le sinistre secret d'un magicien corrompu par l'utilisation de la vraie magie...

Les bibliothécaires kidnappent Flynn, seul moyen d'avoir une conversation avec lui, pour lui dire ses quatre vérités. Puis, ils se joignent à sa quête de l'oeil de Râ, le dieu égyptien du soleil. Cet objet magique est leur ultime recours dans le combat contre le Mal...

Les bibliothécaires débarquent dans une secte dont le gourou, Cindy, est adulée par des fidèles qui semblent sous l'effet d'un charme magique. Tandis que l'équipe essaie d'en percer le mystère, Flynn se retrouve sous l'emprise de cet enchantement...

les bibliothécaires sont confrontés à un cas de combustion humaine spontanée. L'enquête les mène dans un établissement thermal aux infinis bienfaits, où Cassandra tombe sous le charme d'une belle jeune femme qui a traversé les siècles...

Le Dosa révèle à Stering Lam l'emplacement de la cité perdue de Shangri-La. Celui-ci enlève et ensorcèle le roi Singe, maître des arts martiaux de Stone, pour s'emparer du bâton sacré. La légende dit que celui qui le détiendra deviendra maître de la cité.

Baird est en pourparlers avec le Dosa. Elle annonce aux bibliothéquaires qu'elle joue les agents doubles auprès des premiers pour leur faire croire qu'elle va trahir la Bibliothèque. Le jeu de faux-semblants ne fait que commencer et Apep rôde

Alors que Jenkins s'apprête à joindre Flynn Carson et Eve Baird pour l'éternité lors d'une cérémonie qui les liera à la Bibliothèque, une alarme les informe qu'une des pierres angulaires de la Grande Bibliothèque d'Alexandrie a été volée. Or, la destruction de ce joyau antique est à l'origine de la Bibliothèque Magique et si les pierres sont réunies, celle-ci sera de nouveau vulnérable et risque d'être détruite à son tour. Le forfait est l'oeuvre d'un ordre de prêtres renégats qui veulent favoriser le retour à l'Obscurantisme. Flynn et les nouveaux aventuriers doivent retrouver les pierres restantes avant l'Ordre des Ombres...

Lorsqu'un ami de Stone est victime d'une malchance insolente qui l'amène à l'hôpital, les Bibliothécaires enquêtent sur un casino et un champ de course qui ne portent pas chance à ceux qui y jouent...

Eve Baird et Flynn Carson partent en vacances avec Jenkins. Ezekiel en profite pour faire venir sa mère Lenore, dans la bibliothèque. Voleuse impénitente, Lenore dérobe le Globe Lumineux et l'emporte en Australie, obligeant les bibliothécaires à emprunter le traîneau du Père Noël pour aller le récupérer. Ils vont trouver sur leur chemin un redoutable adversaire, le saint patron des voleurs, ennemi juré du père Noël et déterminé à détruire le traîneau...

Lors de la projection du film "Qui a perdu, cherché et retrouvé" dans le cadre d'une rétrospective d'un certain James Desmond Wheeler, Flynn et Baird se retrouvent prisonniers d'un film noir que Baird connaît par coeur, dans les rôles du détective privé Mac Doyle et de son assistante Kitty Dupree. Ils tentent de rejouer le film, espérant retrouver le monde réel. Dans l'histoire, les deux héros sont chargés par une certaine Madeline Kincaid de retrouver un bien que le gangster Tony Shazzola lui a subtilisé. Baird explique à Flynn qu'il s'agit d'un collier de rubis. Mais une fois le dénouement arrivé, Flynn et Baird reviennent au point de départ...

Les habitants d'une petite ville deviennent très âgés du jour au lendemain. L'équipe de Flynn Carson vient mener l'enquête et rencontre sur place un autre bibliothécaire flamboyant venu du siècle dernier, Darrington Dare. Leur ennemi commun est un puissant magicien qui est fermement décidé à détruire la bibliothèque...

Baird retrouve Nicole Noone et tente de la convaincre de revenir à la Bibliothèque. De son côté, Nicole cherche à empêcher les hommes de Pavel de piller des tombes. Elle y a caché des objets menant à une arme ayant le pouvoir de tuer un immortel.

Dépitée par le départ de Flynn, Baird se rend dans un camp avec Cassandra et Ezekiel où ont été signalées des disparitions inexpliquées. De son côté, Jake se prend d'affection pour Sarina.

Cassandra est toujours très choquée d'avoir frôlé la mort et décide de vivre une vie sans danger. Elle part quelques jours à Havenport, la vie où aucun accident n'arrive jamais, mais Freddy l'avertit que des phénomènes anormaux s'y produisent.

Chez les Bibliothécaires, les disputes continuent pour savoir qui sera l'élu. C'est alors que la Gazette des mystères les envoie dans la ville de la Discorde. Un fantôme y a été aperçu lors de la reconstitution d'une bataille de la guerre de Sécession.

Jenkins se réveille dans la peau de Jeff, presque trentenaire qui vit encore chez sa mère et organise des parties de jeu de rôle dans le sous-sol de la maison. Cherchant à comprendre ce qui lui arrive, il découvre que Jeff avait une fascination particulière pour lui et que ses amis ont donné à leurs personnages de jeu le nom des bibliothécaires. Pendant ce temps, Jeff, qui a revêtu l'apparence de Jenkins, a pris sa place dans la bibliothèque mais son comportement ne manque pas d'intriguer les autres bibliothécaires...

La bibliothèque est sur le point de se détacher du monde réel. Elle prend les traits de Jenkins et soumet les trois bibliothécaires à une épreuve dans laquelle ils sont confrontés à leur pire cauchemar. Eve Baird assiste impuissante à un combat mortel entre ses trois protégés, mais une ruse lui permet de mettre fin à l'épreuve et de faire revenir Jenkins dans son propre corps. Alors que les bibliothécaires se croient de nouveau à l'abri, une terrible vengeance vient s'exercer contre eux, brisant la confiance qui les unit...

Baird se retrouve dans un monde grisâtre contrôlé par un organisme appelé la Compagnie où les rêves et les idées sont interdits, et où la nourriture est sans saveur et les couleurs inexistantes. Au travers d’un écran de télévision, Flynn parvient à lui faire parvenir un message enregistré. Nicole l'a kidnappé et veut anéantir la Bibliothèque. Le monde dans lequel se trouve le colonel est celui que serait le nôtre si la Bibliothèque n'avait jamais existé. Pour sauver le monde tel qu'ils le connaissent, Baird doit à tout prix garder la Bibliothèque en mémoire, seul moyen d'assurer sa survie, et trouver les autres Bibliothécaires et Flynn...