Un beau jour, Rio, un jeune orphelin vivant dans des bidonvilles, se réveille avec les souvenirs de Haruto Amakawa, un jeune homme de 20 ans d'un autre monde qui a été victime d'un accident. Dans la foule, Rio se retrouve bien malgré lui mêlé à une histoire d'enlèvement qui va le mener jusqu'au château du roi.

Rio est récompensé de sa bravoure en se voyant offert la chance d'étudier à l'académie royale de Beltrum. L'accueil que lui réservent les autres élèves, issus eux de familles nobles, n'est pas tout le temps des plus tendres. Il peut compter sur Celia qui l'aide à rattraper son retard scolaire.

Rio est toujours chahuté par certains élèves issus de familles nobles. Il est aussi moqué pour son manque de maîtrise de la magie. Pourtant, s'il ne peut pas jeter de sorts comme les autres, il est capable de manipuler le mana. Il ignore la source de ce pourvoir, qu'il va bientôt mettre à profit lors de travaux pratiques.

Rio poursuit sa route vers le pays de ses ancêtres. Arrivé à la ville d'Amande, il découvre une spécialité locale qui lui rappelle le pays de Haruto. Alors qu'il reprend sa route, il est attaqué par Latifa, une jeune fille aux attributs d'animal qui a été envoyée pour le tuer…

Alors qu'il campe en compagnie de Latifa, Rio est pris à partie par des demi-humaines qui l'accusent d'avoir emmené Latifa de force. Il est capturé et amené au village de ces créatures et va devoir compter sur Latifa pour le tirer de ce mauvais pas.

Le festival des esprits se déroule au village et à cette occasion, Latifa devient officiellement une citoyenne du village. Rio se dit que c'est le bon moment pour lui annoncer son départ vers Yagumo. Mais les manigances de Reiss viennent troubler la fête…

Rio arrive enfin à Yagumo. Ses recherches l’amènent dans un village où il en apprend plus sur ses parents. Il est invité à rester au village pour quelque temps et sympathise avec Ruri et Sayo, deux adolescentes qui y habitent.

Rio arrive dans la capitale du royaume de Karasuki avec le convoi mené par Dora. Avant de partir, Yuba a confié à Hayate une lettre qu'il doit remettre à son père, Gôki Saga. Cette missive sera une avancée de plus pour Rio dans la quête de ses origines.

Rio annonce à Ruri et Yuba qu'il va quitter le village à l'automne prochain. Il souhaite profiter de ce voyage pour rendre visite à Latifa. C'est Sayo qui semble la plus affectée par la nouvelle du départ de Rio, à tel point que son frère, Shin, décide de s'en mêler.

L'esprit qui sommeillait en Rio s'est éveillé. L'agitation due à la surprise retombée, Rio et les habitants du village cherchent à en savoir plus sur cet esprit qui semble avoir perdu la mémoire. Rio pourra ensuite reprendre sa route, après avoir dit au revoir à Latifa.

Rio apprend que Celia va se marier avec Charles Arbor. Il veut entendre de sa bouche les raisons qui l'ont poussée à accepter cette union. Grâce à Aishia, Rio va retrouver son amie, qui semble bien décider à s'unir avec Charles pour le bien de sa famille.

Rio passe à l'attaque pendant que le cortège nuptial défile. Il enlève Celia sous les yeux de Charles Arbor, mais les gardes sont nombreux et la lutte sera rude pour échapper aux soldats affectés à la sécurité de la cérémonie de mariage.

Le jour de la rentrée des classes, cinq amis en pleine discussions sont tout à coup aspirés dans le monde de Rio. Trois d'entre eux, Miharu, Aki et Masato, sont capturés par des esclavagistes. Rio les entend parler japonais et décide de les secourir.

Celia et Rio sont heureux de se revoir. Celia souhaite rassurer sa famille en écrivant une lettre, c'est l'occasion d'aller faire du shopping à la ville marchande d'Amande pour acheter du papier et des vêtements pour Miharu et les autres adolescents perdus dans ce monde. Pendant ce temps, un autre Japonais est accueilli comme un héros par le marquis de Rodan.

Rio retourne au village des esprits. Il y retrouve Latifa, qui est troublée de voir que d'autres personnes qu'elle connaissent le Japon dans l'entourage de Rio. Pendant ce temps, le roi de Galarc qui a réussi à invoquer une héroïne souhaite organiser une cérémonie pour la présenter à la noblesse. Il charge Liselotte de porter une invitation au héros protégé par le duc Huguenot.

Rio emmène Miharu et ses amis au village des esprits. Les trois adolescents tissent vite des liens avec les villageois. Rio en profite pour partir avec Celia afin que celle-ci puisse remettre à sa famille la lettre qui doit les rassurer.

Un dragon menaçant force le vaisseau de Liselotte à atterrir. À terre, elle rencontre Hiroaki Sakata, qui se propose de l'accompagner jusqu'à Amande. Mais leur convoi est attaqué en chemin par des monstres, et même si Hiroaki y voit l'opportunité de prouver sa valeur, il est surpris par la puissance des adversaires.

Après avoir secouru le convoi de la princesse Flora, Rio se présente à la princesse et sa suite. Certaines personnes l'ont déjà croisé sous diverses apparences et Flora semble se douter de quelque chose. De leur côté, Miharu, Aki et Masato étudient avec sérieux à la fois la langue de Strahl et les arts spirituels.

Rio, Celia et Aishia veulent rester quelques jours à Amande, où ils peuvent profiter d'une chambre mise à leur disposition par Liselotte. Mais le soir venu, Alphonse et Stewart, chevaliers du duc Huguenot, désirent profiter de la même chambre. Malgré les efforts de Rio pour éviter l'affrontement, les choses dégénèrent.

Lucius et Reiss surprennent l'escouade de chevalier dont fait partie Alphonse dans la forêt. Alphonse voit là une occasion de briller et de laver son honneur, mais Lucius est bien trop fort pour lui.

Amande est attaquée par des hordes de monstres. La défense de la ville tient bon, mais l'évacuation des habitants gêne les mouvements de troupes et Rio décide d'aller prêter main-forte aux défenseurs de la porte est. Les monstres sont nombreux, mais le plus grand danger est déjà en ville…

Alphonse, avec les autres revenants, pénètre dans la chambre où se trouve la princesse Flora et Hiroaki. Un combat féroce s'engage alors, et Roanna tente de mettre la princesse à l'abri, sans se douter qu'elle la jette en fait dans la gueule du loup. C'est à ce moment-là qu'arrive Rio en compagnie d'Aishia et de Celia.

Rio rattrape Lucius qui a enlevé la princesse Flora. Lucius ne reconnaît pas Rio au début et il cherche à le pousser à révéler son identité. Rio, lui, n'a pas d'autre objectif que d'assouvir sa vengeance sans blesser la princesse.

Le combat entre Rio et Lucius ayant pris fin, le calme revient à Amande. Rio demande à la princesse Flora de ne pas révéler son identité. En contrepartie des services rendus, Rio demande à pouvoir assister au banquet de présentation des héros, afin de rencontrer l'amie de Miharu, Satsuki Sumeragi.