Un beau soir, Makoto Misumi, lycéen sans histoires, se retrouve soudainement invoqué dans un monde parallèle par une divinité ! Bémol, la consœur de celle-ci est bien capricieuse et destitue le pauvre Makoto de son rôle de héros ! Envoyé aux confins du monde, quelles rencontres l'attendent, désormais ?

Après avoir conclu un pacte, Makoto a désormais sous ses ordres Shin, le dragon supérieur. Celle-ci lui présente l'un de ses nombreux pouvoirs, celui d'accéder à une sous-dimension qui leur servira d'habitat. Notre héros commence alors à faire le point sur ses objectifs au sein de ce nouveau monde, malheureusement, à peine a-t-il le temps d'y réfléchir qu'une menace fait son appararition...

Après son combat contre l'Araignée noire du fléau, Makoto peut reprendre son objectif initial, celui de suivre le parcours de ses parents. Au cours de ses explorations, il finit par trouver une ville d'homo sapiens, mais ces derniers l'accueillent de façon inattendue ! Notre héros va alors mettre tous les moyens en œuvre pour s'intégrer sans faire de vagues.

Alors qu'il a réussi à entrer dans la ville d'homo sapiens, Makoto découvre les aspects sombres de celle-ci en faisant la rencontre d'une jeune fille dont la sœur est séquestrée par une organisation de voleurs sans scrupules. Il va alors mettre tous les moyens en place pour la sauver, mais c'était sans compter quelques imprévus...

Après avoir libéré Toa et tous les aventuriers détenus par Mils Ace, Makoto reprend la route accompagnés de ceux qu'il a sauvés. Sa prochaine destination, la ville de Tsige où il acceptera une quête spéciale, toutefois, Toa le met en garde. En effet, tous ceux qui s'y sont essayés n'en sont pas sortis indemnes.

Makoto rencontre le gérant d'une célèbre firme de Tsige, celle-là même dont il a accepté une quête nécessitant de rares matériaux. Peu après, il apprend que pour officialiser l'existence de sa guilde marchande, il doit d'abord passer un examen écrit et pratique. Pendant ce temps, Tomoe, qui ne donnait plus de nouvelles, revient de son voyage initiatique...

Après avoir fait appel à son ami alchimiste, Makoto obtient le remède qui sauvera la femme et les filles de Rembrant est finalement prêt. Tout semble bien se passer quand tout à coup, le manoir se fait attaquer par de mystérieux assaillants. Quel est leur objectif ? Et quels secrets peut bien cacher la compagnie que notre héros cherche tant à approcher ?

Alors qu'ils déjeunent tranquillement, Ema fait part à Makoto d'un problème touchant les habitants de la sous-dimension. En effet, le moral de ces derniers va mal, et pour cause, les entraînements au combat seraient bien trop rudes. Bien décidé à améliorer ça, notre héros part enquêter discrètement, c'est alors que Mio et Tomoe proposent une solution.

Makoto désire trouver l'ambroisie, une fleur rare qui pousse dans la forêt de Tinarac qui, malheureusement, semble gardée par de puissants individus. Peu après, durant la fête d'ouverture de sa maison de commerce, notre héros démontre à nouveau l'étendue de ses pouvoirs. Enfin, du côté de Mio et Tomoe, l'heure n'est plus à la séduction subtile, car après avoir vu une autre femme aborder leur maître, celles-ci décident de passer à la vitesse supérieure !

Après avoir neutralisé ses deux adversaires, Makoto apprend que celles-ci viennent d'un village caché, celui des oni. Il est conduit là-bas aux côtés de Mio où il y fait la connaissance des habitants puis leur révèle son intention de marchander. C'est alors que parmi eux, il y en a un qui retient particulièrement son attention...

Après que Tomoe s'est effondrée, Makoto se précipite sur les lieux de l'incident pour savoir ce qu'il s'est passé. Devant l'horreur qu'il y découvre, et comprenant les raisons ayant mené à cette situation, sa vision du monde risque d'être bouleversée à tout jamais...

Après avoir été invoqué par la déesse sur un champ de bataille totalement inconnu, Makoto doit faire face à deux redoutables adversaires qui semblent assez forts pour le mettre en mauvaise posture. Par la suite, il apprend que ses ennemis font partie de l'armée des démons et tente alors de les raisonner, mais en vain. Le combat étant désormais inévitable, notre héros va devoir utiliser tous les atouts qu'il a à sa disposition afin de gagner.

Mio, désireuse d'élargir son éventail de compétences, se met à la cuisine. Le résultat n'est cependant pas très concluant, et les serviteurs de Makoto en font les frais. De son côté, notre héros fait la rencontre d'une jeune fille et de son ami demi-humain, qu'il décide d'aider lorsqu'il apprend que ces derniers ont des ennuis.

Nous suivons le parcours de deux autres héros, invoqués en parallèle de Makoto depuis la Terre. D'un côté, Otonashi, une jeune fille à qui tout réussit et qui décidera d'accepter la requête de la déesse pour pimenter sa vie, et de l'autre, Tomoki, un beau mais frêle jeune homme qui voit là une opportunité de tout recommencer.

Alors que les deux héros bénis par la déesse ainsi que leurs groupes se préparent pour la bataille, ils apprennent également à faire connaissance. Après quoi, les choses sérieuses commencent et tous lancent l'assaut sur l'armée du roi démon. Malheureusement, cette dernière est bien préparée et risque de donner du fil à retordre à Tomoki et Otona...

Makoto et Shiki se rendent en ville afin de pouvoir passer l'examen qui permettra à notre héros d'obtenir le poste d'enseignant. Après quelques péripéties, ce dernier finit inscrit malgré lui à la plus difficile des évaluations ! Mais loin d'être découragé, il reste déterminé à atteindre son objectif.

Tandis que Mio continue son apprentissage en vue d'améliorer ses compétences en cuisine, Makoto, désormais professeur, va devoir prouver aux élèves de l'académie de Rotsgard qu'il est digne de son poste. Fort heureusement, Shiki est là pour l'assister dans cette démarche.

Alors que Tomoe consulte Lime à propos de son enquête, elle fait la rencontre de Tomoki, l'un des héros invoqués par la déesse, accompagné de son groupe. Cordiale de prime abord, leur discussion prend rapidement une tout autre tournure, mais la servante de Tomoki ne compte pas se laisser faire pour autant.

Après ses récentes péripéties, Makoto retourne finalement auprès des siens. Mais à peine a-t-il le temps de souffler qu'il doit rencontrer les représentants de nouvelles espèces afin d'agrandir sa dimension. Voulant s'assurer que son maître affirme correctement son autorité, Emma veille alors au bon déroulement des entretiens.

De nouvelles étudiantes rejoignent les cours de Makoto, dont deux sœurs que notre héros a aidées précédemment. Alors que le cours se déroule normalement, la troisième étudiante éveille les soupçons de son professeur, qui la convoque en privé et découvre qu'elle n'est pas comme ses autres élèves…

Lime se retrouve enfermé, suite à sa rencontre avec un homme mystérieux bien plus fort que lui. Il rencontre alors Eva, avec qui il s'échappe, et fait une morbide découverte. Après avoir fait son rapport à Makoto, l'homme mystérieux vient à la rencontre de notre héros.

Après avoir vu son identité révélée, Karen Fors annonce quitter l'académie, non sans donner quelques conseils à Makoto et lui proposer son aide ultérieure. Après quoi, notre héros part à la chasse aux informations concernant la guilde des assassins, mais c'était sans compter des élèves bien capricieux.

Makoto cherchant de nouvelles manières de s'améliorer, il demande de l'aide à son entourage et fait des recherches de son côté. En parallèle, dans la sous-dimension, il doit gérer les nouvelles espèces qu'il a accueillies, tandis qu'approche un tournoi visant à faire la démonstration de leur puissance.

Makoto apprend que l'un de ses subordonnés a été attaqué au sein de la sous-dimension. Lorsqu'il demande des détails, il soupçonne alors la faune locale et décide de mener l'enquête. Pendant ce temps, Abélia et Jin se retrouvent pour parler de leur professeur.

Après une invitation d'un diacre, Makoto se rend au temple où il rencontre l'évêque de l'Église. Après que notre héros a présenté ses remèdes, les doutes et les craintes à son sujet ne font malheureusement que se renforcer…

Alors que le festival de l'académie bat son plein, Makoto essaie tant bien que mal de se faire une place dans un bal où sont présents de nombreux grands acteurs de la haute société. Il y fait la rencontre de Sairitsu, une fonctionnaire qui semble détenir certaines informations sur l'origine de notre héros.

Les combats du tournoi s'enchaînent, et les élèves de Makoto brillent par leurs prouesses, aussi bien physiques que magiques. De son côté, notre protagoniste doit livrer sa propre bataille, en effet, il se retrouve à Zara, qui le confronte à la dure réalité du commerce.

La finale du tournoi arrive, et les élèves de Makoto sont plus que prêts à en découdre, mais leur adversaire, Ilumgand, agit étrangement. Au fil du combat, la raison devient de plus en plus claire, quelqu'un d'autre est derrière tout ça...

Le tournoi a pris une tournure inattendue, alors que Ilumgand sème le chaos et que la panique générale s'installe, les élèves de Makoto doivent intervenir afin d'éviter que la situation ne dégénère davantage.

Après avoir maîtrisé Illumgand, il reste encore à défendre la ville de nombreux mutants qui l'envahissent. Tandis que Makoto se concentre sur l'évacuation des civils, il fait la rencontre d'Estelle, une ancienne aventurière.

Tandis que Makoto a confiné ses élèves pour assurer leur sécurité et celle du reste de l'académie, lui et ses serviteurs s'occupent de débarrasser la ville des mutants restants. De son côté, Zara a une discussion avec Rembrandt et réalise qu'il a peut-être mal jugé notre héros…

Alors que deux capitales se font prendre d'assaut par l'armée des démons, Joshua et le roi de Limia implorent Makoto de leur venir en aide. Suite à une parfaite mise en scène, notre héros accepte et entre dans les leurs bonnes grâces. Sa joie est cependant de courte durée, car au moment où il s'y attendait le moins, la déesse intervient.

Mio fait face à l'un des soldats de l'armée du roi démon, toutefois, celui-ci semble fournir une résistance inattendue et donne du fil à retordre au serviteur de Makoto. Du côté des héros, la situation est également tendue, et la différence de force se fait grandement ressentir.

Makoto et Shiki interviennent pour sauver Otonashi et son groupe. Voyant que les habitants sont toujours en danger, l'héroïne implore Shiki de les laisser y aller, mais celui-ci refuse, ayant pour ordre de la protéger. Désespérée, la jeune fille se voit alors appelée par une divinité qui pourrait bien lui accorder un nouveau pouvoir.

Makoto se retrouve face à Sofia, qui semble plus que déterminée à mettre un terme à la vie de notre héros avec tout un éventail de nouvelles techniques. Malheureusement pour elle, son adversaire a beaucoup progressé depuis leur dernière rencontre.

Le combat se poursuit du côté de Makoto, mais est à sens unique, tant la différence de niveau est grande. En revanche, du côté de Shiki, la situation, bien qu'au départ à l'avantage de la liche, semble prendre une tournure incertaine.

Après la bataille, Makoto retrouve les siens pour fêter le succès de leur intervention comme il se doit. Mais avant ça, il doit aider la ville à réparer les dégâts causés avec l'aide de ses élèves et s'entretient avec Luto au sujet de Sofia.