Le jeune d'Artagnan débarque à Paris, il est à la recherche du meurtrier de son père - lors de son enquête, il se retouve en conflit avec l'un des gardes du roi. Mais il découvre très vite que lorsqu'on si on s'en prend à l'un des Mousquetaires, on s'en prend à tous. Toutefois les choses sérieuses reprennent, lorsque nos héros se voient confier la mission de retrouver un soldat qui a disparu alors qu'il était porteur d'un message du roi Louis XIII. Pendant ce temps le perfide Cardinal Richelieu complote pour augmenter son emprise sur le pouvoir.

Vadim, un célèbre criminel organise le déclenchement d'une émeute depuis sa cellule de prison, mais son plan va bien au-delà de ces troubles, il pourrait s'avérer fatal pour le Roi lui-même. Les Mousquetaires vont-ils réussir à déjouer le complot avan qu'il fasse tomber la monarchie ? A cette occasion, d'Artagnan tente de démontrer qu'il a toutes les qualités requises pour rejoindre le régiment des Mousquetaires.

Les Mousquetaires ont pour mission d'arrêter et de ramener à Paris, Emile Bonnaire, un flamboyant aventurier, à la fois marchand et explorateur, car il doit comparaître devant le Roi pour avoir enfreint un traité de commerce signé par la France. Cette mission qui semblait des plus simples, devient bien plus délicate lorsque les Mousquetaires réalisent que de nombreuses personnes ont des raisons de s'en prendre à l'homme qui est à la fois leur prisonnier et sous leur protection. Les choses se compliquent encore lorsqu'Athos se retrouve confronté à un passé qu'il tente par tous les moyens d'oublier.

Marsac, un ancien Mousquetaire revient à Paris, 5 ans après avoir déserté le régiment. Aramis se retrouve face à un terrible dilemme car son ex-camarade se livre à une tentative d'assassinat sur le Duc de Savoie qui est en visite à la Cour et en même temps, il prétend retrouver et dénoncer les coupables du massacre de 20 Mousquetaires à la frontière avec le Duché de Savoie. Aramis et ses compagnons se retrouvent partagés entre leur devoir, qui est de protéger l'hôte du Roi, et essayer de connaître la vérité sur cette histoire tragique, qui met en cause de hauts personnages de l'Etat à commencer par leur propre Capitaine, Tréville.

Porthos, le lendemain de son anniversaire, se retrouve accusé de meurtre. Ne se souvenant pas de cette nuit il est sur le point d'être exécuté lorsque des hommes le libèrent et l'emmènent à la Cour des Miracles, qui n'est autre que l'endroit où le mousquetaire a grandi. C'est donc entouré d'anciens amis qu'il retrouvera peu à peu la mémoire, tandis qu'à l'extérieur Athos, Aramis et D'Artagnan font tout pour trouver le véritable meurtrier.

Les Mousquetaires doivent amener un bébé à Paris, sur ordre du Cardinal. Mais cette mission se révèle plus dangereuse que prévue car l'enfant est enlevé. Pendant ce temps, la mère du Roi revient dans la capitale, ce qui ne rassure pas tout le monde. Peu à peu les Mousquetaires vont comprendre le lien entre les deux événements et élucider ces mystères.

Après la mort tragique d'une jeune fille renversée par le carrosse royal, les Mousquetaires se lancent à la recherche de son amie qui a disparu. Leur enquête les mène vers une jeune femme noble, très énigmatique, qui ne laisse pas Athos indifférent. Bientôt, ils se retrouvent à devoir voler au secours de cette femme extraordinaire car elle a été condamnée à mort pour sorcellerie. L'affaire est d'autant plus compliquée que Richelieu est lui aussi en danger de mort, ce qui les oblige à laisser de côté leur animosité à son égard.

LaBarge, le super intendant royal de Gascogne, est arrêté après avoir assassiné deux mousquetaires. D'Artagnan apprend que son héritage, la ferme familiale, a été brûlée par LaBarge dans ses débordements. Parce que LaBarge tue leur capitaine après une provocation, les Gardes Rouges provoquent une rixe entre les deux factions, cherchant à récupérer LaBarge des mousquetaires. Le roi Louis XIII, fatigué par cette rivalité incessante, organise une compétition pour déterminer qui parmi les deux faction est définitivement l'homme le plus fort de la foule. Chaque commandant désignera un champion, mais pour participer aux sélections, ils leur faut de l'argent... Aramis et Porthos partent séduire une femme riche, D'Artagnan vend presque son âme en acceptant cet argent de Milady DeWinter, que Constance considère désormais comme une adversaire avec laquelle elle ne peut rivaliser... De son côté, Richelieu engage LaBarge et lui promet le pardon total s'il l'emporte dans la compétition...

Le quatuor escorte la reine et ses dames d'honneur dans une forêt, car elle a décidé de se baigner dans un lac réputé favoriser la fertilité. Soudain, la reine se retrouve prise pour cible par des inconnus armés. Les Mousquetaires parviennent à la mettre hors de portée et ils doivent prendre la fuite poursuivis par leurs mystérieux agresseurs. Ils finissent par trouver refuge dans un couvent fortifié dans lequel Aramis va retrouver une personne qu'il n'avait pas vu depuis des années. Alors que d'Artagnan et Porthos sont à la recherche de secours, les deux Mousquetaires et les religieuses doivent affronter les assayants qui encerclent le couvent. A Paris, pendant ce temps, le roi passe du bon temps en compagnie d'un noble venu d'Allemagne et de sa toute jeune fille qu'il trouve bien séduisante à plusieurs égards.

Athos, sous l'emprise de l'alcool, prend une femme en otage en pleine rue et les Mousquetaires sont surpris de découvrir que la personne qu'il menace n'est autre que Milady. La fureur d'Athos augmente encore plus lorsqu'il découvre que d'Artagnan la connait. Ils finissent par se battre, d'Artagnan est blessé. L'amitié du groupe ne résiste pas à cette trahison. D'Artagnan, désormais isolé, demande de l'aide à Milady. Le Cardinal, craignant que les Mousquetaires prouvent qu'il a orchestré l'attentat contre la vie de la Reine, oblige Milady à les tuer par tous les moyens. Milady n'a d'autre choix que de revisiter son passé sombre et menace la vie de Constance. Les Mousquetaires doivent utiliser tout leur esprit et leur courage afin de déjouer ce plan sinistre.

Alors que le cardinal de Richelieu est enterré, les mousquetaires partent en mission avec Rochefort, ancien agent du cardinal ayant secrètement fait allégeance à la couronne d'Espagne, pour délivrer de prison le général de Foix. Les tentatives espagnoles d'éliminer les mousquetaires, orchestrées par Rochefort, échouent. De Foix et sa soeur sont ramenés à Paris et le renégat Rochefort est nommé capitaine des gardes du cardinal. Sur son lit de mort, de Foix exprime à Tréville son désir d'avouer à Porthos l'identité de son père, Belgard, leur ancien camarade d'armée, à qui il avait pourtant juré de garder le silence..

Souhaitant jouir de la même liberté que n'importe quel paysan, le roi Louis demande aux mousquetaires de l'accompagner, incognito, dans une taverne. Mais la soirée tourne mal : le monarque ainsi que d'Artagnan sont kidnappés par des malfrats. Le baptême du dauphin étant prévu le lendemain, Porthos, Aramis et Athos disposent de peu de temps pour les retrouver.

Chassé par son pays, Tariq Alaman, ex-général maure de l'armée espagnole, propose au roi la formule d'une poudre à canon révolutionnaire s'il aide à récupérer sa fille Samara enlevée par les Espagnols. Cette formule n'est lisible qu'à l'aide d'une machine cryptographique. Après un échange manqué, Porthos se retrouve emprisonné avec Samara et se pose des questions sur ses origines. Les mousquetaires parviennent à délivrer leur ami et la jeune fille, mais Tariq périt en détruisant la machine. Le dauphin souffre des bronches et les prescriptions du docteur Lemay n'y changent rien.

Une prophète, Emilie de Duras, lève une armée parmi les paysans de France pour marcher sur l'Espagne. Aramis se rend à son camp pour résoudre la situation, pendant ce temps la reine Anne et Constance se rendent au camp et comprennent ce qui provoque les visions d'Emilie. La situation entre Rochefort et l'ambassadeur espagnol est tendue à la suite de l'assassinat de la prostituée fréquentée par Rochefort. Treville paye le prix pour ne pas avoir réussi à protéger l'ambassadeur.

Athos, qui a renoncé à son titre, est kidnappé par ses anciens sujets qui lui apprennent que son voisin, le baron Renard essaye de récupérer ses terres. Au début Athos est indiffèrent au sort des villageois, mais après avoir discuté avec la veuve de son frère, Athos change d'avis et accepte d'aider les habitants à s'entraîner pour protéger leurs terres.

Un astrologue invite la famille royale à observer l'éclipse solaire dans un château et les prends en otage avec leurs garde du corps d'Artagnan, Aramis, et Porthos. Commence alors un jeu mortel ou le participant doit choisir entre pile et face, le résultat entraîne sa libération ou sa mort. Milady tente sa chance et est autorisé à partir. Le roi doit alors faire un choix qui déterminera qui meurt : sa femme et son enfant, ou des membres de la cour.

Les soldats escortent une cousine du roi, la princesse Louise qui doit se rendre en Suède pour y contracter un mariage, qui devrait bénéficier aux intérêts de la France. En chemin, ils tombent dans une embuscade et la princesse est sauvée de justesse. Les Mousquetaires doivent découvrir qui en veut à la princesse pour que le mariage princier puisse se dérouler comme prévu. Très vite, ils réalisent que Louise n'est pas la seule personne visée et que d'autres personnes importantes de la cour sont aussi les cibles d'un mystérieux assassin.

Athos retrouve son père, le marquis de Belgard, ainsi que sa demi-soeur Eleanor etson époux, Levesque. Après avoir été manipulé par son père, il apprend que Tréville et de Foix les avaient enlevés lui et sa mère à la demande de Belgard. Les autres mousquetaires enquêtent sur la mort d'une servante du manoir et découvrent que Levesque et Eleanor sont des proxénètes...

Rochefort utilise une lettre de trahison que la reine a écrite à son frère le roi d'Espagne. Les mousquetaires, avec l'aide inattendue de Milady, emmènent la Reine en sécurité dans un couvent, laissant à Athos et Milady la tâche de rechercher des preuves que Rochefort est un espion des espagnols. Le roi est empoisonné et le médecin Lemay et Constance sont arrêtés. Rochefort donne à Constance un ultimatum : si elle témoigne de l'infidélité de la Reine avec Aramis, elle ne sera pas exécutée. Porthos, avec un document contrefait, a l'intention de capturer Vargas, le maître espion espagnol, tandis que la reine insiste pour retourner à Paris et tombe dans le piège de Rochefort qui arrête Aramis pour trahison.

Constance échappe de justesse à son exécution grâce aux mousquetaires qui viennent la délivrer. Tréville les rejoint et ils décident de partir aider Porthos à ramener Vargas pour le conduire devant le Roi. Lui seul peut en effet prouver que les allégations de Rochefort quant à la trahison de la Reine, ne sont que des mensonges.

Les Mousquetaires quittent le front espagnol pour revenir à Paris. La ville est fragilisée par la pauvreté et la famine. Feron le gouverneur corrompu a pris le contrôle de Paris avec l'espoir d'assouvir de plus grandes ambitions. Mais la plus grande menace pourrait être son homme de main, un mercenaire dominé par sa rage et sa violence. Les Mousquetaires vont faire face à de nombreux complots contre la couronne mais aussi contre eux. Ces épreuves mettent leur vies personnelles dans la tourmente et compromettent leur loyauté envers ceux qu'ils aiment mais aussi les uns envers les autres.

Alors que Paris est au bord de la famine, Grimaud et Féron allient leurs forces à celles du Duc de Beaufort et font voler le blé qui devait nourrir la ville. Ils font en sorte que les réfugiés soient accusés. Le sens de la justice de d'Artagnan le met en porte-à-faux et les gardes rouges l'arrêtent. Il est emprisonné au Châtelet avec les réfugiés qui vont être exécutés. Les mousquetaires, qui ne sont plus que trois, tentent de découvrir la vérité. Sylvie, la jeune meneuse des réfugiés, essaie de rallier Athos à sa cause. Ce dernier va tenter de faire disculper les accusés, mais a-t-il raison de lui faire confiance ? Un traître se trouve parmi eux.

En mission pour le Roi, les Mousquetaires se voient obligés de défendre son frère et traître le Duc Gaston d'Orléans, après qu'il ait tué trois anciens soldats dans une taverne de Paris. Christophe, propriétaire de la taverne et compagnon d'arme de ces hommes, exige que justice soit rendue. Mais un roi très préoccupé accueille à bras ouverts ce frère qui rentre tout juste d'exil, et refuse d'accéder à sa demande. Alors que la tension est à son comble et que certains secrets sont dévoilés, Tréville se met en danger et les Mousquetaires sont forcés de choisir entre devoir envers le roi et fidélité envers des frères d'arme.

L'avenir de la monarchie anglaise repose sur les épaules des mousquetaires après que Louis leur a ordonné de retrouver les joyaux de la couronne de sa soeur reine d'Angleterre. Il s'agit d'une mission décourageante, qui se révèle encore plus compliquée lorsqu'ils démasquent le voleur : l'exubérant Émile Bonnaire. Refrénant leurs instincts, les mousquetaires doivent faire confiance à leur vieil ennemi pour récupérer les diamants. Le grabuge qui s'ensuit met à l'épreuve la loyauté des mousquetaires et des retrouvailles inattendues finissent par briser le coeur d'Aramis. Pendant ce temps, Féron profite d'une occasion pour éviter un scandale personnel.

Les Mousquetaires se battent pour remettre de l'ordre dans Paris, après que Grimaud et Féron aient organisé une évasion à la prison du Châtelet. Ils ont libéré un fou qui se prend pour le roi et veut se rendre au Palais accomplir sa vengeance. Grimaud contraint le serrurier du roi, qui était emprisonné, à ouvrir le coffre. Mais Féron a d'autres préoccupations et fait échouer leurs plans et met Grimaud en danger. Pendant ce temps au Palais, la fête pour l'anniversaire du Dauphin bat son plein et l'usurpateur tente de tuer la reine, qui est sauvée par Aramis.

C'est le jour de rendre des comptes pour Grimaud, qui jure de tuer les Mousquetaires dans une série d'attaques coordonnées, et met Féron face à l'ultime défi dans sa quête de pouvoir. Dans un moment où ils ont plus que jamais besoin d'être ensemble et unis, avec Athos, leur capitaine, absent, et Aramis en pèlerinage avec le Roi, les Mousquetaires sont divisés. Des évènements dramatiques débouchent sur des révélations qui menacent de détruire le royaume. Avant que le jour s'achève, un héros mourra, un traître se dévoilera et les Mousquetaires seront à jamais changés.

Sur la piste de Grimaud, les Mousquetaires tombent sur un village où les femmes, traumatisées par la guerre, prospèrent sans homme. Leur chef, la vive d'esprit Juliette, cherche rapidement à dissuader les Mousquetaires de rester. Veut-elle protéger son village ou a-t-elle quelque chose à cacher ? Quand elles sont attaquées par une bande de déserteurs de guerre endurcis, les Mousquetaires doivent gagner la confiance de ces femmes pour les aider à défendre leur indépendance, mettant ainsi au jour une histoire secrète bien plus sombre que ce qu'ils ont jamais connu. Pendant ce temps, au Louvre, Anne fait un aveu courageux pour assurer l'avenir de son fils.

Aramis et la Reine essayent de négocier une paix avec les Espagnols, mais les choses tournent mal quand Grimaud enlève Aramis et fait alliance avec le Duc de Lorraine. Les exigences de Grimaud mettent à mal la réputation de la Reine, ce qui met les Mousquetaires face à un choix difficile. Sauver leur ami ou protéger la réputation de la Reine. Quant à d'Artagnan, ses liens du sang sont mis à l'épreuve au cours de sa mission. La santé du Roi se dégrade rapidement et une femme ressurgit du passé d'Athos, tandis que Sylvie devient un objet de pouvoir dans cette lutte.

Lorsque la mort frappe au Louvre, Tréville prend des mesures controversées pour protéger le Dauphin d'une alliance contre nature entre Grimaud, Gaston et le duc de Lorraine. Ses manoeuvres secrètes mettent la reine à l'écart et menacent même de diviser ses loyaux mousquetaires. La Garde rouge étant maintenant à la disposition de Grimaud, Constance et Sylvie doivent cacher le Dauphin dans une ville grouillant d'espions tandis que Tréville devient politicien pour diviser l'opposition. La diplomatie suffira-t-elle pour sauver la France ou Tréville sous-estime-t-il ses ennemis ? L'issue explosive détruira le monde des mousquetaires.

A l'aube d'une nouvelle tragédie, Grimaud déclare la guerre aux Mousquetaires. Il commence par s'en prendre à ceux qu'ils aiment. Aveuglés par la douleur, nos héros seront-ils capable de le voir arriver avant qu'il ne soit trop tard ? Les enjeux personnels et le devoir se mêlent, alors que les Mousquetaires doivent défendre la ville, menacée de destruction par leur plus puissant et infatigable ennemi. La bataille les conduits dans les entrailles de Paris, où Grimaud met Athos à l'épreuve. C'est une lutte à mort sans merci qui s'engage. Mais les Mousquetaires se battent pour défendre leur vie et celle de ceux qui leurs sont chers.