Sur la côté est des Etats-Unis, un homme est retrouvé dans une forêt, blessé et amnésique. Alors qu'il est poursuivi par un commando qui tente de le tuer, l'individu découvre que non seulement il sait manier les armes, mais qu'il est aussi pourvu de réflexes et d'une force hors du commun. Il apprend bientôt qu'on l'accuse du meurtre de la présidente des Etats-Unis. L'homme se lance alors dans une véritable croisade à la recherche de son identité et cherche à comprendre quel rôle il a pu jouer dans une affaire qui concerne des personnalités aussi haut placées. Pour le moment, il n'a qu'un seul indice en sa possession : le chiffre XIII tatoué sur sa clavicule...

Les services secrets ont capturé XIII. Ils l'interrogent pour le forcer à donner les noms de ses supposés commanditaires. Mais l'Agence nationale de la sécurité l'aide à s'enfuir. Une fois libre, XIII parvient à se débarrasser de la Mangouste, l'homme de main des conspirateurs. Il apprend alors que ceux-ci prévoient de faire exploser un bureau de vote du Maryland pour traumatiser les habitants et faire en sorte que Wally Sheridan, le frère de Sally, perde les élections...

XIII ne renonce pas à saisir le mystère qui entoure son identité. Il se tourne vers l'ancien président Sheridan, qui lui conseille de retrouver la trace d'un dénommé Carlos Santos. Cet ancien instructeur de la CIA pourrait bien être en mesure de lui livrer de précieuses informations à ce sujet. Sans tarder, XIII piste Santos et le localise à Caracas, où il purge une peine de prison. Une fois sur place, XIII se retrouve impliqué dans une affaire de drogue. La police locale s'en mêle et le place sous les verrous. Pour XIII, cette mésaventure constitue en fait une occasion unique de pouvoir prendre contact avec Santos. Cependant, une tragédie inattendue se produit bientôt à Caracas...

C'est maintenant en Irlande que ses recherches mènent XIII. Il n'entend pas abandonner la piste de Seamus O'Neil. Cet ancien membre de la CIA a été explicitement mentionné par Santos comme un maillon important du mystère entourant l'identité de XIII. Loin de la touffeur de Caracas, XIII arrive en Europe du Nord. Mais Seamus a mystérieusement disparu. En enquêtant sur lui, XIII se trouve mêlé à un vaste trafic d'armes. Jones a été envoyée en Irlande afin de le surveiller. Elle décide de l'aider à faire capoter une vente d'armes à un groupuscule nazi. Efficace, elle obtient des informations sur les liens entre Seamus O'Neil et un dénommé Ryan Flay. S'agit-il du vrai nom de XIII ?...

Grâce à l'aide du major Jones, XIII veut tenter de se faire passer pour un agent de la CIA afin d'infiltrer le camp d'entraînement ultrasecret que dirige Tom Rech dans le Montana. Des agents y sont notamment formés aux stratégies et techniques de combat les plus pointues. Une fois arrivé sur place, XIII espère recueillir des informations précieuses qui lui permettront de faire la lumière sur son passé. Sur ses traces, Frank Giordino décide d'envoyer Irina dans le but de court-circuiter ce plan. Rompu aux méthodes de combat les plus sophistiquées, XIII prouve qu'il n'a pas besoin de suivre une quelconque formation. Cette particularité attire bientôt les soupçons de Rech...

Mise à pied par le colonel Amos, Jones accepte d'accompagner XIII au Costa Verde. C'est dans ce pays que se trouverait Seamus. Avant de s'y rendre, il leur faut semer Giordino et ses sbires. Dillon, hacker hors pair, parvient à cracker leur système de sécurité : plus personne n'arrive à localiser XIII. Débarqués au Costa Verde, Jones et XIII rencontrent Maria, la veuve de Seamus. Maria reconnaît en XIII le mari qu'elle croyait mort. Elle accepte de l'aider à retrouver les pièces manquantes du puzzle de son identité...

Dès leur retour du Costa Verde, Jones et XIII sont conduits par les hommes de la NSA auprès du président Carrington qui, aidé de Giordino et du colonel Amos, tente d'en savoir plus sur ce que XIII a pu apprendre sur place. De son côté, Irina questionne un religieux. L'interrogatoire s'avère plutôt musclé. XIII essaie de livrer le moins d'indices possibles. Jones fait de même. XIII veut garder les mains libres pour suivre la piste, à Chicago, de la deuxième montre. Celle-ci appartient à un certain Robert Simons, l'un des comparses de Seamus au Costa Verde. Mais cet individu demeure introuvable. C'est auprès de sa belle-fille, Kelly, que XIII et Jones entreprennent de retrouver sa trace...

XIII et Jones s'intéressent maintenant à la troisième et dernière montre. C'est alors qu'Irina propose à XIII de lui révéler l'identité du commanditaire de l'assassinat de Sam. Que désire-t-elle en échange ? Les informations contenues dans la montre de Simons. XIII et Irina sont capturés par les hommes de Giordino et enchaînés l'un à l'autre. Au prix d'efforts surhumains, ils réussissent à s'échapper et fuient à travers les bois. Les mercenaires de Giordino se lancent à leur poursuite. De son côté, Sheridan essaie d'écarter Giordino, trop envahissant à son goût...

Frank Giordino étant en cavale, le colonel Amos prend le contrôle de ses équipes au siège de la CIA. De leur côté, XIII et Jones retrouvent la trace de Giordino en Russie. Ce dernier cherche à récupérer des papiers classés top secret déposés dans un coffre de la Russian National Bank. XIII et Jones sollicitent l'aide d'un ancien braqueur ainsi que celle de Dillon, redoutable hacker, pour mettre la main sur ces documents avant Giordino

Giordino a réussi à fuir et c'est à Toronto que XIII et Jones retrouvent sa trace. Mais le fugitif les prend de court en kidnappant un jeune garçon surdoué, Roger Hansby, après avoir pris soin d'assassiner ses parents. L'enfant ne serait pas étranger aux documents photographiés à la Russian National Bank, notamment aux résultats des tests sanguins retrouvés dans le coffre-fort

Suivant à présent la piste de la troisième montre, XIII et l'agent Jones débarquent à Baker City où réside un certain Eric Schmidt. À leur arrivée, c'est son cadavre qu'ils découvrent en même temps que les plans d'un complexe militaire où ils décident de se rendre. De son côté, Sheridan offre deux millions de dollars à Irina si elle parvient à mettre la main sur la montre avant XIII. Rainer Gerhardt, lui, révèle à Sheridan qu'il est le père biologique du petit Hansby

XIII et Jones font appel à Dillon pour qu'il les aide à cracker le logiciel contenu dans les trois montres. Mais la tâche s'avère plus difficile que prévu. XIII doit réunir de nouveaux indices. Il retrouve alors la trace d'Elliot Reed, recruteur pour la mission du Costa Verde, qui le met sur la piste de Sean Mullway. L'homme qui n'est autre que le père de XIII réveille chez lui quelques souvenirs, notamment celui d'une bague. Elle contient en effet le mot de passe grâce...

XIII recouvre peu à peu la mémoire ; des bribes de son passé refont surface, notamment certaines images de sa mission chez Renelco au Costa Verde. Il pense même être en mesure d'anéantir le programme, maintenant entre les mains de Rainer Gerhardt, réfugié à Paris. Avec l'aval de la CIA, XIII et l'agent Jones s'envolent donc pour la France. Mais Gerhardt n'est pas homme à se laisser piéger facilement. Sa secrétaire leur servira donc d'appât

Trahi par ses supérieurs et laissé pour mort, XIII a définitivement quitté les services secrets au profit d'une existence vagabonde. Dans l'espoir de trouver un repas et un refuge, il débarque à Empire City et rencontre Betty Barnowsky, une belle activiste engagée dans la lutte contre les grands groupes énergétiques. En sauvant Betty d'une rafle policière musclée, XIII s'invite au sein du Voile, une organisation clandestine dirigée par Max Vargas. Le Voile tente d'exposer au grand jour le centre d'études climatiques Hearpe (High Energy Auroral Refraction Protonospheric Emitter), dont le but réel est d'influer sur le climat pour des raisons économiques. Séduit autant par Betty elle-même que par son discours engagé, XIII accepte d'aider les activistes.

Lorsqu'il est accusé à tort d'un attentat meurtrier contre le siège du groupe Synequanon, conglomérat en charge du projet Hearpe, XIII réalise qu'il a été manipulé. Il est bientôt capturé et torturé par un agent dont l'identité reste mystérieuse.

XIII est maintenant poursuivi par le gouvernement mais aussi par les responsables de Synequanon qui cherchent à se venger de celui qu'ils tiennent pour responsable de l'attentat. XIII doit trouver des indices au plus vite pour démêler l'écheveau et se tirer de ce mauvais pas.

Toujours poursuivi par le gouvernement et sous surveillance de son double, XIII embarque sur un petit chalutier et se rend sur l'île d'Ariella, où il pense trouver des pistes significatives. Il fait naufrage et échoue finalement blessé sur les côtes. Là, il est recueilli par le docteur Westlund, un scientifique qui est placé en résidence surveillée par les sbires de Synequanon en raison des recherches classées top secret qu'il mène. Sur le continent, Harriet Traymore a gagné les élections mais Carrington refuse de lâcher les rênes du pouvoir...

Amos capture XIII, qu'il tient pour responsable de la mort de sa femme et de sa fille dans l'attentat perpétré contre le siège de Synequanon. XIII trouve un moyen de s'échapper avec l'aide de Betty et Mozambique. Mais son évasion n'est qu'une illusion, une manipulation d'un Amos ivre de vengeance et prêt à toutes les extrémités pour faire souffrir son prisonnier...

XIII parvient à s'inviter à la fête très privée donnée par le Russe Andrej Kalishkanov pour célébrer son anniversaire. Il espère mettre enfin la main sur la dernière lettre de Tesla, que le milliardaire a achetée aux enchères. De son côté, Betty a réussi, elle aussi, à pénétrer dans le manoir de Kalishkanov. Plus rapide que XIII, elle s'empare la première de l'enveloppe et de son précieux contenu...

Vargas doit bientôt être transféré à Guantanamo. Parce que le leader du Voile détient des informations capitales sur les lettres de Tesla, XIII décide de l'exfiltrer du centre de détention dans lequel il est retenu avant son prochain transfert. Carrington, de son côté, doit faire face à un tsunami qui vient de dévaster la baie de San Francisco et de détruire la Silicon Valley...

Betty a été kidnappée. Elle est bientôt remise à son père, à Londres. Celui-ci lui certifie l'avoir fait revenir au bercail pour son bien. Mais les drogues qu'on lui administre lui font penser le contraire. Betty voudrait comprendre ce qui a bien pu lui arriver pendant cette période trouble. De son côté, XIII pense avoir tué son double. Pourtant, les voix n’ont pas cessé. C'est sur un navire de marchandises chinois, faisant route vers l'Asie, qu'il cherche à mettre la main sur la dernière lettre de Tesla, probablement cachée à bord. Il mène ses recherches tout en essayant de ne pas se faire repérer. Son comportement le rend suspect aux yeux de l'équipage...

En Chine, XIII est reçu par Xu Corporation. L'organisation estime qu'il pourrait être un de ses anciens agents. Quelques souvenirs troublants perturbent XIII, qui s'interroge sur son passé...

Suivant les ordres de Pong, son père, Ai Ning tente de rafraîchir la mémoire de XIII, mais, en dépit de tous les efforts qu'elle déploie pour y parvenir, elle échoue à lui faire croire qu'il est le bien-aimé dont elle attend le retour. XIII est intimement persuadé qu'il n'est pas Victor Gong, même s'il en a le visage. Pendant ce temps, Betty, elle, ne désarme pas. Elle tente de faire pression sur Ai Ning pour se venger de ceux qui l'ont trahie. Sur le sol américain, le président Carrington perd pied tandis que le territoire est en proie au chaos. Il doit se résoudre à prendre des mesures drastiques...

Ivres de vengeance, Betty et Victor Gong sont prêts à toutes les extrémités pour prendre possession de Xu corporation. Ils retiennent prisonniers XIII, Mozambique et tous ceux qui sont liés, de près ou de loin, à cette vaste machination. De son côté, Harriet Traymore veut la peau du président Carrington, qui ne semble pas disposé à lui céder la place...

Parvenus à s'échapper du donjon, XIII, Betty et Amos se retrouvent dans les rues de Shanghai. Autour deux, des émeutes éclatent sans raison apparente et bientôt, des hordes d'habitants particulièrement agressifs fondent sur eux. Amos réussit à obtenir l'aide musclée des Navy Seals, seuls capables de les exfiltrer. Sur le sol américain, Harriet Traymore ordonne de dynamiter le bunker dans lequel le président Carrington s'est réfugié avec une poignée de fidèles. Carrington parvient à faire activer le système de télédiffusion d'urgence de la Maison-Blanche au nez et à la barbe d'Harriet. Son acte se révèle lourd de conséquences...

Amos s'est enfui seul, laissant XIII et Betty derrière lui. Sachant l'attaque contre les Etats-Unis imminente, le président Carrington confie une dernière mission à XIII : détruire Hearpe Corporation et éliminer XIII.2. Mais il va lui falloir pénétrer dans une forteresse apparemment imprenable. Harriet Traymore tente, elle aussi, de faire tomber celle de Carrington...