Bejan, Wilson, Grant, Ian et Becky n'ont qu'un point commun, leur passion pour la bande dessinée "The Utopia Experiments", dessinée par un homme fou mort à l'asile. Aussi, quand Bejan leur propose de se rencontrer pour leur montrer le second tome dont personne n'a jamais entendu parler, tous acceptent sans beaucoup hésiter. Pourtant, ils sont loin de se douter qu'un couple d'hommes traque et tue toute personne ayant été en contact avec cette bande dessinée, faisant d'eux leur prochaine cible...

Comme ils ne peuvent maintenant retourner à leurs anciennes vies, Ian, Wilson et Becky apprennent les rudiments d'une vie en cavale avec la mystérieuse Jessica Hyde qui cherche la seconde partie d'Utopia ainsi que ses origines, tandis que Grant survit tant bien que mal dans la rue jusqu'à ce qu'il rencontre une alliée potentielle. Pendant ce temps, Dugdale se rend petit à petit compte de l'étendue du complot dans lequel il est maintenant impliqué...

Comme Grant soit accusé à tort d'une horrible série de crime, Jessica arrive à le convaincre de la mener jusqu'au manuscrit. Ian, Wilson et Becky décident alors de prendre contact avec une alliée potentielle - mais peuvent ils vraiment lui faire confiance ? Dugdale quand à lui, décide de partir enquêter sur l'épidémie pour en comprendre son origine...

Réfugié dans un manoir à l'abandon, le groupe essaye de gérer tout ce qu'ils ont vécu et de découvrir le vrai sens du manuscrit. Mais découvrir son secret leur permettra t'il vraiment de retrouver leurs anciennes vies ? Pendant ce temps, Dugdale essaye lui aussi de trouver un moyen de retrouver une emprise sur sa vie en menaçant son patron...

Apprenant enfin le plan du Network, le groupe essaye d'y mettre un terme, même si certains ont une réaction inattendue. En même temps, Arby emmène Jessica récupérer le manuscrit et en chemin lui fait des révélations qui la bouleverseront. De son côté, Dugdale a peut être réussi à trouver une solution à tous ses problèmes...

Michael découvre que le vaccin contenant Janus est prêt à être distribué à travers le pays. Dans le même temps, il réalise qu'il a été dupé par Anya. Le véritable nom de Rabbit est dévoilé, mais le mystère ne fait que s'épaissir après cette révélation...

En 1974, au cours d'une réunion secrète, Philip Carvel, un scientifique surdoué, rencontre une jeune recrue du MI5, Milner. Pour faire face à l'épuisement des ressources de la planète, ils fomentent un plan radical : stériliser l'espèce humaine grâce à une protéine appelée «Janus». Mais quelques années plus tard, la relation de Carvel et Milner atteint un point de rupture...

Jessica est entre les mains de Milner, qui la malmène afin de savoir quelle modification son père a apportée au virus Janus. De son côté, Arby, qui aspire à une vie paisible avec sa nouvelle petite amie, est choqué lorsqu'une ancienne connaissance, supposée morte, refait surface et lui demande de l'aider à éliminer Christian Donaldson...

En fuite, Arby révèle à Ian et Becky que le Réseau cherche à tuer Donaldson. Quel secret dangereux peut-il détenir pour devenir une cible ? Avec l'aide d'un jeune hacker, ils découvrent la clé du plan du Réseau : provoquer une épidémie mondiale de grippe russe pour justifier une campagne de vaccination à grande échelle. Pendant ce temps, Jessica est parvenue à s'évader...

En échange de nouvelles identités pour sa partenaire et sa fille, Arby accepte de livrer Donaldson à Lee. Sa vie ne tient plus qu'à un fil. De son côté, Michael Dugdale accepte, à contre-coeur, d'abriter chez lui Jessica, fraîchement évadée. Il révèle que le Réseau exerce sur lui un odieux chantage...

Jessica prend Milner en otage et tente de rattraper Ian, ignorant que Grant détient sa veste, qui contient le dispositif. Pendant ce temps, Ian et Becky traquent quant à eux Michael, bien décidés à découvrir de quel côté il se situe. Mais Wilson a un temps d'avance et les fait tous trois prisonniers. Ils tentent alors de le convaincre du danger que représentent les adaptations faites par Philip sur Janus...

Ian et Becky comprennent que le vaccin ne fonctionnera pas. Ils décident alors de s'allier à Wilson et au Réseau pour tenter de barrer la route à l'agent dormant chargé de diffuser le virus. Parallèlement, Jessica veille son frère blessé. Michael découvre qu'il ne sera pas facile d'échapper à l'emprise du Réseau...