Paris, 1899. Le président Félix Faure vient de mourir dans les bras de sa maîtresse, Marguerite Steinheil (Meg). Alors que la République est au bord de l’explosion, le préfet Lépine est rappelé aux affaires. Au même moment, à la préfecture, l’inspecteur Jouin est mobilisé sur une enquête d’envergure pour identifier "l’inconnue de la valise" dont le cadavre a été repêché dans la Seine.

La courtisane Meg, devenue espionne pour le compte de Puybaraud, chef de la Sûreté et ennemi juré du Préfet, infiltre les Guérin. À la Sûreté parisienne, Jouin enquête avec le commissaire Cochefert sur l’affaire de la valise sanglante et la disparition de Joséphine Berger. C’est sans compter sur Fiersi, l’âme damnée de Puybaraud, qui lui aussi se fait affecter à l’enquête.

L’inspecteur Jouin s’est épris de Jeanne, une jeune avocate au caractère bien trempé, qui ne peut exercer mais officie auprès de Maître Weidmann dans le quartier juif. Elle décide de l’aider dans l’affaire Berger. Meg reçoit chez elle Mme Lépine dont le penchant pour les paradis artificiels n’a pas échappé à Puybaraud.

À la Sûreté, on s’acharne pour résoudre l’affaire Berger ; la police a besoin de prouver son efficacité. À quelques jours de l’ouverture du procès Dreyfus, la tension monte dans les rues de Paris. Lépine déjoue à son avantage le piège du scandale personnel tendu à sa femme.

Meg est tombée sous le charme de Gabriel Sabran, tandis que de plus en plus d’éléments apparaissent à charge contre lui dans l’enquête sur le meurtre de Joséphine. Ce rapprochement fait d’elle un témoin particulièrement gênant pour les Guérin et le père de Gabriel. Puybaraud a quant à lui reçu l’ordre du Ministre de l’Intérieur de rafler les ligues.

Épuisé par des années d’asservissement et écœuré par l’affaire Berger, Fiersi se désolidarise de Puybaraud. Il fournit à Jouin un élément essentiel dans son enquête, lequel compte toujours sur le soutien de Jeanne pour l’aider dans cette affaire. Jules Guérin, de son côté, s’est retranché rue Chabrol.

Tandis que Maman Guérin organise les derniers détails des émeutes qui doivent converger rue Chabrol, le préfet Lépine reçoit l’aide inattendue des anarchistes. Fiersi est en cavale, Jouin poursuit seul l’enquête et protège Jeanne du meurtre qu’elle vient de commettre pour le sauver lui.

Jouin veut découvrir toute la vérité sur les Sabran, prenant le risque de perdre Jeanne. Meg songe désormais à l’avenir et joue sa dernière carte auprès du Préfet. Lépine, fin stratège sur le terrain, laisse le temps œuvrer en sa faveur dans l’affaire dite du Fort Chabrol. Et il peut compter sur Mme Lépine, qui lui offre un soutien inattendu à la préfecture.