Ritsuka et Mash ont utilisé le Rayshift pour se rendre vers la septième singularité, qui est la ville antique d'Uruk en l'an 2655 av. J.-C.. Cependant, ils finissent par atterrir loin d'Uruk car la ville est protégée par un champ de protection. Ils combattent de nombreuses bêtes démoniaques et sont brièvement assistés par une femme mystérieuse et puissante avant qu'elle ne parte. Enkidu arrive alors pour assister Ritsuka et Mash et les guider vers Uruk. Enkidu révèle qu'il connaît déjà leur mission de réparer l'histoire en récupérant le septième Saint Graal de la singularité, et explique que la Mésopotamie est sur le point de disparaître à cause de l'Alliance des Trois Déesses, qui cherche à détruire l'humanité. Il leur montre ensuite un mur gigantesque que l'humanité a construit pour protéger ce qui reste de la civilisation humaine : le Front démoniaque absolu, Babylone. Pendant ce temps, deux personnages encapuchonnés dans les bois remarquent l'arrivée de Ritsuka.

Alors qu'Enkidu mène Ritsuka et Mash à Uruk, ils rencontrent des étrangers encapuchonnés, qui soulignent que, depuis que Gilgamesh est rentré de sa quête pour tenter de faire revivre Enkidu, cela signifie qu'Enkidu devrait déjà être mort, qualifiant l'actuel Enkidu d'imposteur travaillant pour le Roi des mages. Avec sa couverture tombée à l'eau, Enkidu tente d'attaquer Ritsuka et Mash, mais ils sont mis à l'abri par les mystérieux personnages. Les étrangers se présentent sous le nom de Merlin et Ana, deux Servants invoqués dans la Singularité pour se battre pour Uruk et assister Chaldea. Il est également révélé que Fou connaît Merlin et qu'il ne l'aime pas beaucoup. Merlin guide Ritsuka et Mash à Uruk pour rencontrer le roi Gilgamesh. Afin de tester Ritsuka et Mash, Gilgamesh les met au défi.

L'entourage de Fujimaru réussit à obtenir une audience avec le sage roi Gilgamesh qui règne sur Uruk. Fujimaru suggère à Gilgamesh de recevoir le Saint Graal qui est à l'origine de la Singularité en échange de la défaite de l'Alliance des Trois Déesses qui sème la panique dans toute la Mésopotamie. Cependant, Gilgamesh déclare qu'il n'aura pas besoin de l'aide de la Chaldée pour qu'Uruk puisse faire face à ses périls. La situation devient extrêmement délicate, mais Ishtar, la divinité protectrice d'Uruk, s'immisce soudain parmi eux, et ils finissent tous par se battre.

Fujimaru se souvient de ses voyages dans les autres Singularités, et notamment du regret qu'il éprouve pour ceux qu'il n'a pas pu sauver. Fujimaru s'interroge sur ses décisions. Pendant ce temps, Gilgamesh l'envoie enquêter dans la ville d'Ur sur ordre royal.

Fujimaru et ses compagnons sont abasourdis par la visite soudaine de Gilgamesh à l'ambassade de Chaldée. Là, ils reçoivent une nouvelle demande du roi qui consiste à enquêter sur le golfe Persique. Merlin et Ana ne peuvent pas se joindre à eux car ils n'ont pas de permis de voyage. En d'autres termes, ce sera le premier voyage de Fujimaru seul avec Mash depuis longtemps. Mais le noble roi était là, récitant un poème et penchant la tête en signe de contemplation. En s'amusant à raconter des histoires du passé, le voyage de Fujimaru et de ses compagnons va enfin devenir un voyage animé.

Après avoir terminé leur enquête dans le golfe Persique, Fujimaru et ses compagnons reçoivent un nouvel ordre du roi. Il s'agit de retrouver une tablette d'argile que Gilgamesh avait perdue dans la ville de Kutha. Kutha est une ville qui a soudainement disparu après l'apparition des trois déesses, et dont tous les habitants sont décédés. Dans une ville aussi calme, l'entourage décide de se séparer pour partir à la recherche de la tablette. Fujimaru s'égare soudain dans un monde très glacial. C'est ce que les gens appellent « le monde souterrain », un espace séparé du monde physique.

Fujimaru réussit à récupérer la tablette d'argile de Gilgamesh, et dans un profond sommeil, il se souvient de sa rencontre avec le Roi des Mages à Londres, la Quatrième Singularité, qui lui fait comprendre à nouveau l'importance du Graal final. Pendant ce temps, Merlin soupçonne les Bêtes Démoniaques du Mur du Nord de préparer une attaque de grande envergure, et emmène Fujimaru et ses compagnons au Mur du Nord. Là, ils voient une escouade commandée par Leonidas I en train de se battre. Une fois sur place, Fujimaru et sa troupe apprennent d'Ushiwakamaru que la communication avec la ville forteresse de Nippur, au nord, a été coupée, et ils se dirigent vers Nippur.

Fujimaru et son entourage, afin de sauver les personnes restées dans la ville forteresse de Nippur après que les communications aient été coupées, commencent leur combat contre le faux Enkidu qui les attendait. Avec l'aide de Fou, ils parviennent à maintenir l'équilibre, mais au milieu de la bataille, la déesse des bêtes démoniaques apparaît enfin. Même Merlin ne sait plus où donner de la tête face à sa puissance écrasante. Pendant ce temps, Ushiwakamaru et Leonidas I s'engagent dans une bataille spectaculaire, tenant tête à la déesse des bêtes démoniaques. Afin de briser la situation où il est difficile de porter un coup blessant, les deux serviteurs libèrent leurs Nobles Phantasmes avec une détermination désespérée.

Fujimaru et son entourage ont perdu Ushiwakamaru et Leonidas I. Après avoir reçu le rapport du groupe qui est retourné à la ziggourat, Gilgamesh décide qu'il est nécessaire de conquérir les trois déesses afin de combattre Gorgone, et ordonne à Fujimaru de commencer par faire d'Ishtar une alliée. Avec un « plan secret » donné par Gilgamesh en main, Fujimaru et sa troupe se rendent au temple d'Ishtar.

Fujimaru et compagnie accueillent Ishtar dans leurs rangs sans problème, et obtiennent de Gilgamesh des informations sur la clé pour vaincre Gorgon, « la hache de Marduk », cachée à Eridu dans la jungle du sud.

Fujimaru et ses compagnons obtiennent facilement que le Guerrier Jaguar rejoigne leurs rangs, et sont réunis avec les soldats d'Uruk, que l'on croyait tous morts, à l'extérieur d'Eridu.

A cause du surmenage, Gilgamesh se retrouve dans les bras d'un sommeil éternel. Fujimaru et les autres sont choqués par cette nouvelle. Ils apprennent également par Siduri que de nombreux cas de décès par faiblesse ont été signalés à Uruk. Pensant qu'un membre de l'Alliance des trois déesses en est la cause, ils se rendent dans le monde souterrain avec Ishtar pour vaincre la déesse du pays des morts et libérer l'âme de Gilgamesh.

Fujimaru affronte Ereshkigal, la déesse des enfers, et la supplie de se joindre à lui pour sauver Uruk. Furieuse, Ereshkigal refuse et attaque Fujimaru et ses compagnons. Avec l'aide de Gilgamesh et d'Ishtar, Fujimaru tente à nouveau de persuader Ereshkigal, mais... la déesse préfère remplir ses fonctions.

Après avoir fait la paix avec Ereshkigal, déesse du monde souterrain, Fujimaru et les autres retournent à Uruk pour retrouver Gilgamesh, qui est retourné au pays des vivants. Alors que la bataille finale contre Gorgon approche, Gilgamesh propose une stratégie qui pourrait leur donner une chance de victoire.

Avec la hache de Marduk, le groupe de Fujimaru parvient à affaiblir Gorgon en réduisant sa Divinité. Après s'être ouvert un chemin, ils atteignent enfin les profondeurs du Blood Fort. Là, Gorgon déclare qu'elle se vengera en détruisant l'humanité. Ana libère sa propre divinité, qui avait été réprimée jusqu'à présent, contre Gorgon

Les Laḫmu attaquent Kingu et lui volent le Saint Graal ! Après s'être fait voler le Graal, Kingu s'enfuit désespérément dans la forêt. Mais les Laḫmu l'y découvrent et il se prépare à subir son sort. Mais à ce moment-là, Kingu est témoin de quelque chose qui dépasse l'entendement... Dans le même temps, Fujimaru et ses compagnons poursuivent les Laḫmu en possession du Graal, mais un Serviteur que l'on croyait mort depuis longtemps semble leur barrer la route.

Le pouvoir du Graal, désormais entre les mains du Laḫmu, a transformé le golfe Persique en marée du Chaos. Tout être vivant qui touche cette mer est instantanément transformé en bête démoniaque. Alors que la marée du chaos s'avance vers Uruk, Fujimaru et ses compagnons élaborent un plan désespéré pour détruire Tiamat dans un ultime effort pour sauver la ville.

Fujimaru, Mash et les déesses profitent d'un dernier moment de paix à la veille de la bataille finale. Cette même nuit, Kingu atteint le sommet de la ziggourat. Blessé au point de ne plus pouvoir se tenir debout, il lève les yeux et aperçoit une silhouette qui le surplombe... À l'aube, le roi Gilgamesh adresse à Fujimaru et à ses compagnons quelques dernières paroles d'encouragement. Leur attaque contre Tiamat commence maintenant !

Lorsque Tiamat refuse d'être vaincue malgré l'attaque désespérée de Quetzalcoatl, Gorgon fait son apparition. La nouvelle venue libère son Noble Phantasme dévastateur pour détruire les ailes de Tiamat, mais ne parvient pas à stopper sa progression vers Uruk.

Tiamat tombe dans le monde souterrain, mais là, elle se transforme en l'un des maux de l'humanité : La Bête II. Hassan-i Sabbah, le premier Vieux de la Montagne, intervient, utilisant son pouvoir de Grand Assassin pour priver la Bête II de son immortalité.

Fujimaru et sa troupe parviennent enfin à vaincre Beast II, même si cette victoire a été acquise au prix de nombreux sacrifices. Tout le groupe est blessé et épuisé par la bataille, et alors qu'ils font le point sur la situation, ils constatent qu'Uruk lui-même est sur le point de s'effondrer. Que leur réserve la fin de leur voyage ?