Le jeune Renton vit dans l'ombre de son père, un célèbre inventeur ayant sacrifié sa vie pour sauver le monde le jour de la catastrophe du Summer of Love, un cataclysme qui a ravagé la majeure partie de la planète. Elevé par son grand-père, Renton peine à trouver sa voie, uniquement passionné par le riff, une sorte de surf aérien. Son destin va basculer le jour où il fait la connaissance d'Eureka, une belle jeune fille qui sollicite son aide afin de réaliser une mission vitale pour l'humanité.

Le LFO de Eureka s'avère être un Nirvash, légendaire pour avoir été le premier découvert. Le plus étonnant reste toutefois l'interaction étrange entre le Nirvash et Renton. Son père, un héros disparu, n'y est pas étranger. Quel est ce programme satori à la puissance inimaginable ?...

Renton, confronté à son idole du Gekkostate, Holland, et à l'ombre de son père, se retrouve face à son destin. Lui et Eureka tentent de fuir l'armée pour retourner à l'intérieur du gekko-go, vaisseau principal des pirates...

Heureux d'avoir quitté son propre quotidien, Renton se retrouve confronté à celui du Gekko-go. Fauchés comme les blés, ils tentent tant bien que mal de se faire un peu d'argent, quitte à accepter des boulots à la limite de la moralité...

Pour étudier les réactions du Nirvash, incroyablement réactif en présence de Renton, les tests s'intensifient. L'estomac de Renton ne tient pas le choc et ses désillusions lui font lâcher un bien embarrassant secret. Malheureusement, la ravissante peste qu'est Talho est là. Le chantage alors mis en place conduit Renton à devenir son esclave...

La guerre est déclarée entre Renton et les protégés d'Eureka. Aucun coup bas n'est épargné à la nouvelle recrue du Gekkostate. Comment réagir sans risquer de vexer Eureka ?...

Intégrer une communauté comme celle du Gekkostate ne peut se faire sans un bizutage en règle. C'est donc au tour de Renton de s'y coller. La mission qui lui est confiée est simple : livrer un bol de ramens affublé d'un déguisement ridicule. De son côté, l'armée est en émoi car l'escadron blanc a été décimé par une force étrange...

Renton, Eureka et ses enfants font la rencontre d'une personne très accueillante. De religion Vodarak, elle est considérée comme un agent anti-gouvernemental par l'armée. Pourquoi Holland et sa clique cherchent-ils donc à la capturer ?...

Les événements conduisent l'équipe à Ciudad del Cielo. Ce lieu est lourd de souvenirs pour Holland et Eureka. Renton découvrira alors le sinistre passé de ces deux membres fondateurs du Gekkostate. Ciudad del Cielo est aussi un lieu où, traditionnellement, chacun doit faire un choix qui conditionnera le reste de son existence...

Apprenant l'apparition un mouvement tectonique de grande ampleur, l'équipe du Gekkostate se rend à Manaaki dans l'espoir de riffer. Il s'agit là encore pour Holland d'un lieu en relation avec son passé : l'origine de son couple avec Talho y trouve sa source...

L'équipage du Gekko-Go est en effervescence face à l'apparition d'un phénomène météorologique portant le nom de Coralian. Eureka, tout comme Anemone dans l'armée, semble mal à l'aise vis-à-vis de ces Coralians. Le parallèle entre ces deux demoiselles se fait évident tant elles partagent les même symptômes. Gekkostate et Armée, ainsi qu'Eureka et Anémone, se dirigent tous vers le coeur des Coralians...

L'issue du combat entre les Nirvashs d'Eureka et Anémone semble tourner en défaveur des membres du Gekko-Go. Renton, terrorisé, enclenche un mécanisme de défense le projetant, ainsi qu'Eureka et Anémone, dans un monde onirique. A l'extérieur, l'affrontement entre le Gekko-Go et le vaisseau de l'armée devient de plus en plus intense et dangereux...

A peine éveillé après l'incident précédent, Renton doit prendre soin d'Eureka. Arrive alors Dominic qui veut sauver Anémone. Renton et Dominic partagent le même amour pour leur étrange protégée. Ensemble, ils vont tenter de dénicher les médicaments nécessaires...

Renton se remémore ses aventures avec le Gekkostate. Dominic en profite pour en dire plus sur le passé de Holland et du Gekko-Go...

Le Gekkostate connaît sa cinquième révolution du bien-être associée à une révolution alimentaire. Avides de produits frais, l'équipage souhaite consommer des Noix de Pancha. Renton conduit alors Eureka et Matthieu à Centlorado où son père et sa mère se sont rencontrés...

Le GekkoState se cache dans un vieux site de fouilles abandonnées afin de réparer le Gekko-Go, mal en point après l'affrontement avec l'armée. Un rêve bien étrange attend Renton dans cet endroit si singulier...

Renton ne sait plus quoi faire pour arranger les choses avec Eureka. Dans le même temps, le GekkoState se décide à faire appel à un spécialiste des films protecteurs pour réparer le Gekko-Go...

Dans le vieux site de fouilles, Renton rencontre un vieil homme bien mystérieux qui s'accroche encore à ses rêves. Cependant, il change radicalement d'attitude lorsque Renton lui montre le Nirvash...

L'armée a retrouvé le GekkoState et ne compte pas les laisser s'enfuir. Pendant ce temps, Eureka ne se sent toujours pas mieux. La proximité avec ce vieux site de fouilles serait-elle la cause de son état ?...

Très préoccupé par l'état d'Eureka, Renton ne comprend pas qu'Holland choisisse d'effectuer une mission de sauvetage pour de l'argent, plutôt que d'amener la jeune fille à l'hôpital...

Lorsqu'il comprend que des gens meurent pendant ses combats contre l'armée, Renton est complètement désorienté. Pour ajouter à sa détresse, personne à bord du Gekko-Go ne semble vouloir le réconforter, ce qui le pousse à partir...

Eureka commence peu à peu à réaliser l'importance qu'a Renton pour elle mais il est trop tard. Le jeune homme, quant à lui, fait la rencontre de Charles et Ray Beams, un couple qui se prend d'affection pour lui mais qui semble avoir un lourd passé...

Dans une ville en proie au terrorisme, Renton et le couple Beams ont pour mission d'emmener une jeune fille malade vers la Terre sainte de Vodarak, mais Renton ne peut se résoudre à la laisser mourir...

Apprenant le départ de Renton, Eureka est complètement désemparée. Pendant ce temps, ce dernier se sent en famille avec Charles et Ray. Pourtant, chaque famille a ses secrets, certains plus terribles que d'autres...

Suite à sa rencontre avec William, un jeune original, Renton en apprend un peu plus sur la désespérite et sur le lien qui unit les Pile Banker avec cette terre si agitée. Pendant ce temps, Holland part à la recherche de Renton, mais découvre qu'il y a plus important pour l'instant...

Moment terrible où les destins de chacun se croisent, pendant que Renton et Eureka se cherchent sans se trouver. Charles et Ray, qui en ont après Holland et le Gekkostate, semblent déterminés...

Tandis que les peuples du monde entier réclament des réponses pour expliquer les mouvements tectoniques et les Coralian, le Gekkogo est infiltré par Charles et Ray, bien décidés à en découdre avec Holland...

C'est maintenant à Ray d'attaquer le Gekko-go à elle seule. Sa soif de vengeance vis-à-vis d'Eureka transforme cette femme pourtant douce en véritable furie assoiffée de sang. Renton tente de la raisonner mais est-elle seulement prête à écouter ?...

Désireux d'en savoir plus sur Renton et sur le Nirvash, Dominic va à Bell Forest à la rencontre du grand frère de Renton. Pendant ce temps sur le Gekko-Go, Talho fait des révélations incroyables clouant tout le monde sur place...

Le Gekkostate décide de se rendre à Trésor, une base de recherche scientifique où vécut Eureka dans le passé. On en apprendra un peu plus sur les origines du Nirvash mais c'est surtout un moment de grand changement pour certains...

Les choses s'accélèrent car Dewey a décidé de mettre son plan en action. Pendant ce temps, le professeur Greg Egan expose ses théories sur le Scab Coral et sur la mission supposée d'Eureka...

Tandis qu'Eureka est anéanti par ce qui est arrivé à la ville de Ferès, le Gekkostate doit jouer serré. En effet, il faut récupérer la nouvelle planche du Nirvash, mais l'armée se trouve aussi sur place...

Le temps est à la remise en questions : Holland prend conscience de son rôle, mais surtout celui de Renton. Ce dernier cherche désespérément un moyen de réconforter Eureka mais ce n'est pas facile. Une petite pause pour riffer sera-t-elle salutaire ?...

Décidé à empêcher Dewey d'aller jusqu'au bout de son plan, Holland va tout faire pour sauver Norbu, le prélat qui lui a ouvert les yeux sur le monde passé. Mais il décide de dissoudre le Gekkostate...

Le Gekkostate part à l'assaut de la capitale pour essayer de sauver Norbu. Finalement, Holland se retrouve nez à nez avec Dewey mais ce dernier semble toujours aussi sûr de lui. Quel est donc le terrible secret qui unit ces deux hommes ?...

Alors qu'ils prennent un bain, Holland raconte sa rencontre avec Dianne et comment il est tombé amoureux. Pendant ce temps, Eureka se pose des questions : que pense Renton d'elle ?...

Stoner confronte deux approches de la situation, le côté religieux avec Norbu et le côté scientifique avec le docteur Greg. Dewey de son côté ne perd pas un instant et met en action son plan visant à exterminer les Coralian. Holland sait-elle que son temps est compté ?...

Renton découvre qu'Eureka connaissait son père et qu'elle ne lui en avait jamais parlé, ce qui crée un froid entre eux. Dewey est bien décidé à agir en se rendant au conseil des sages. Qu'a-t-il donc en tête ?...

Il faut que Renton et Eureka rencontre Sakuya, mais Norbu impose au Gekkostate un drôle d'exercice. Après s'être débarrassé des derniers obstacles, Dewey fait une nouvelle apparition télévisuelle où il continue d'endosser son rôle de sauveur du monde...

Les membres du Gekkostate retrouvent Tiptree, la Vodarak rencontrée dans le passé. Elle les aide à s'introduire dans une procession menant au temple, mais c'était sans compter la malice des enfants. Sakuya se trouve-t-elle vraiment au bout de ce sombre couloir ?...

Renton et Eureka, accompagnés de Norbu, arrivent finalement auprès de Sakuya. Pendant que le Gekkostate tente de contenir les attaques sur le temple, Sakura raconte à Eureka sa rencontre avec Norbu et comment ils ont tenté sans succès de franchir la grande barrière...

La situation devient critique. Holland et les autres se battent désespérément contre l'armée afin qu'Eureka et Renton puissent aller dans la zone où ils sont censés devenir l'espoir de l'humanité. Accompagnés des enfants, ils vont en réalité se retrouver dans un monde étrange...

Les jeunes héros font une découverte incroyable qui change littéralement leur vision du monde. Pendant ce temps, Dewey et Anémone se rendent à un bal où ce dernier dévoile un peu plus son passé à la jeune femme qui a l'air de plus en plus triste...

Sur ordre de Dewey, Dominic se rend à Warsawa, mais ce qu'il y découvre lui glace le sang. De son côté, Holland fait tout son possible pour empêcher l'inéluctable dans un LFO surpuissant mais qui semble l'épuiser. Eureka s'isole de plus en plus, comme si elle voulait se cacher...

Eureka est effondrée à cause de la transformation qui s'opère chez elle. Renton et les enfants vont-ils s'éloigner ou l'accepter telle qu'elle est ? C'est la surprise générale au Gekkostate quand le commandant Yürgens demande à parler au docteur Bear. Se pourrait-il qu'une partie de l'armée accepte d'ouvrir les yeux sur les actes de Dewey ?...

Au sein du Sacb Coral, Dianne explique à son frère Renton ce qu'est cette entité mystérieuse, ses origines et quel est le problème qui se pose désormais pour tous les habitants de la planète. Pendant ce temps, Dewey est décidé à en finir avec sa nouvelle arme surpuissante...

Au sein du Sacb Coral, Dianne explique à son frère Renton ce qu'est cette entité mystérieuse, ses origines et quel est le problème qui se pose désormais pour tous les habitants de la planète. Pendant ce temps, Dewey est décidé à en finir avec sa nouvelle arme surpuissante...

Envoyée pour préparer la destruction du noyau central, Anémone va devoir faire face à des sentiments nouveaux. Dominic, lancé à sa poursuite, sera-t-il capable de la sauver ?...

La face du monde ne sera plus jamais comme avant. Dewey est décidé à détruire définitivement le Scab Coral, mais Holland, aux commandes du 303, n'a pas l'intention de laisser faire son frère. Le destin de la planète dépend de l'issue de ce combat...

Renton est effondré car sa chère Eureka est sur le point de devenir le nouveau noyau Scab. La situation semble désespérée, mais l'amour de Renton sera-t-il le plus fort ?...

Avril 2025. Tout en aidant son ami d'enfance Naru Arata, Ao Fukai prend accidentellement un bracelet passé en contrebande par Gazelle, Pippo et Han Juno, et un Scub Coral apparaît soudainement, ainsi qu'un G-Monster.

Le G-Monster continue son attaque sur Iwato Jima, et avec l'aide de Gazelle, Ao pilote un IFO transporté par la marine japonaise et l'utilise pour vaincre le G-Monster, ses cheveux changeant de couleur en turquoise dans la bataille, tout en équipe Pied Piper les pilotes regardent, réalisant que l'IFO est le tout premier modèle fabriqué.

Ao est traqué par les habitants d'Iwato Jima parce qu'ils croient toujours que lui et sa mère sont responsables des terribles accidents qui ont frappé l'île lorsqu'elle est apparue de nulle part.

Avec une volonté renouvelée de protéger Iwato Jima, Ao affronte le G-Monster avec un peu d'aide. Et dans la foulée, Ao commence à apprendre que le monde est plus complexe qu'il ne le pensait. Dans l'espoir de retrouver sa mère et d'en savoir plus sur sa naissance, Ao décide de rejoindre Génération Bleu.

Tout en s'adaptant à la vie sur Génération Bleu, Ao commence à ne pas savoir pourquoi il les a rejoints en premier lieu. Pendant ce temps, l'équipe Goldilocks est attaquée lors d'une opération.

L'équipe Pied Piper est envoyée pour aider l'équipe Goldilocks, mais à leur arrivée, ils découvrent que leur chef s'est sacrifié pour sauver ses compagnons. Après avoir récupéré les pilotes et leur IFO, ils reviennent pour affronter le Secret ennemi en laissant derrière eux un Ao épuisé. Après son réveil, Ao entend Chloé, l'un des pilotes de Goldilocks, parler de leur bataille avec le Secret et propose un plan pour le vaincre. Alors qu'Ao affronte le Secret, il est surveillé par un personnage énigmatique qui s'intéresse à lui.

L'inconnu, qui se fait appeler "Truth", envahit le siège de Génération Bleu à la recherche du Nirvash. Après avoir eu une confrontation avec lui, Ao est assommé et rêve que Truth s'approche de Naru et disparaisse avec elle. Après s'être réveillé, Ao est informé que Truth était bien à Iwato Jima et a emmené Naru.

Un secret apparaît dans la République d'Arabie Faisal, mais au nom de ses intérêts, le gouvernement des États-Unis exerce sa pression sur Génération Bleu pour qu'il ne l'engage pas. La camarade d'Ao Fleur Blanc lui révèle la raison pour laquelle elle déteste son père, le président de Génération Bleu Christophe Blanc. Ao parvient à lui remonter le moral et tous deux reviennent avec un esprit renouvelé au combat lorsqu'ils sont enfin autorisés à affronter l'ennemi.

Le gouvernement japonais mène une expérience sur la baie de Tokyo en essayant de créer son propre corail végétal. Cependant, un secret apparaît et commence à faire des ravages. L'équipe Pied Piper est envoyée dans la région, mais quand Ao est informé que la protection de la ville contre le secret n'est pas leur priorité absolue, il part contre l'ordre de l'engager.

Un Scub Burst apparaît à Phoenix, en Arizona et tandis que l'équipe Pied Piper est en attente d'une autorisation officielle d'intervenir, Ao et Ivica prennent les devants pour évaluer la situation. À leur arrivée, Ao rencontre à nouveau Truth, tenant un groupe de survivants en otage tandis que l'armée américaine propose une approche différente pour affronter le secret de l'ennemi aux conséquences désastreuses.

L'équipe Pied Piper revient d'une mission en Australie, ignorant qu'ils avaient apporté avec eux une substance semblable à du sable qui fait que les enfants pilotes ont de fortes hallucinations. Pendant ce temps, Gazelle et ses amis enquêtent sur le passé de la collègue pilote d'Ao, Elena Peoples, juste pour découvrir qu'elle est encore plus mystérieuse qu'ils ne l'imaginaient auparavant.

L'équipe Pied Piper se rend dans une station spatiale de génération bleue pour déposer le quartz collecté. Là-bas, un Secret attaque un Scub Coral qui s'est matérialisé en orbite basse, et Pied Piper intervient.

A bord du Gekko, Ao découvre que l'Eureka devant lui est une incarnation passée d'elle, depuis qu'elle était encore enceinte. Bientôt, le navire est encerclé par les forces armées japonaises et d'Okinawa, voulant prendre possession à la fois du passé Eureka et de son Nirvash.

Malgré l'intervention de Truth, Ao parvient à ramener Eureka à son bon moment, mais apprend d'elle que le bébé qu'elle porte n'est pas un garçon, mais une fille.

S'interrogeant sur l'affirmation d'Eureka selon laquelle les Secrets ne sont pas des ennemis, Ao privé de sommeil sort avec son équipe pour affronter un Secret qui est apparu à côté d'un Scub Coral qui a été mystérieusement réactivé.

Plusieurs pays se joignent à l'opération spéciale de Génération Bleu pour attirer tous les secrets apparus dans le monde entier vers une zone déserte de l'Arctique et les détruire. Le plan se déroule bien jusqu'à ce que Truth interfère et Ao prenne l'initiative de s'assurer que l'opération se termine sans faire de victimes civiles.

Ao confirme que les membres de l'équipe Goldilocks quittent la vie ordinaire comme s'ils n'avaient jamais été réunis. Cependant, l'opinion publique commence à se retourner contre Génération Bleu et lors d'une opération au milieu de l'océan, le Quartz Gun se met en mouvement tout seul.

Pour protéger ses camarades, Ao se rend, ainsi que le Nirvash et le Quartz Gun, à l'armée américaine. Alors que le monde entier s'interroge sur les agissements de Génération Bleu, Fleur et Elena décident de lancer une attaque contre le transporteur où Ao est détenu pour le ramener.

Furieux d'apprendre qu'il est en fait un Secret qui a perdu la mémoire, Truth détruit la station spatiale de Génération Bleu parmi des milliers de satellites à travers le monde.

Après avoir appris qu'Elena et les membres de l'équipe Harlequin ont changé de camp pour rejoindre les forces alliées, Ao et ses amis parviennent à s'échapper en emportant le Quartz Gun avec eux.

L'équipe Pied Piper, le gouvernement japonais et les Secrets unissent leurs forces pour empêcher les forces alliées de s'emparer du quartz de Scub Corals.

Truth attaque Ao qui est sauvé par Naru lorsqu'il le téléporte lui et le Nirvash à ses côtés à Okinawa.

Truth et Ao se battent pour le Quartz Gun jusqu'à ce qu'il tire à nouveau, effaçant Truth et convertissant le Nirvash d'Ao en "Nirvash Neo".

Après avoir eu une brève rencontre avec l'Eureka en phase de suppression, Renton s'installe avec Ao à Iwato-Jima. Il remercie Toshio d'avoir pris soin de sa famille, puis décide d'utiliser le Quartz Gun pour détruire le Scub Coral original à sa chronologie et l'empêcher de se répandre dans toutes les dimensions.