Après la semi-retraite de leur père, Jesse, Judy et Kelvin doivent trouver comment arrêter la chute libre de l'affluence et des dons de l'église. Plus tard, Eli reçoit la visite d'un nouveau fantôme du passé.

Eli essaye tant bien que mal de recoller les morceaux avec les Montgomery après une visite à leur abri de survivalistes pré-apocalyptiques. Plus tard, la famille affronte le Board of Ministers.

Lassé de sa vie de luxe, Baby Billy entame une nouvelle carrière en tant que présentateur de jeu télé. Les Gemstone organisent une nuit entre cousins pour Karl et Chuck.

Tandis que Jesse prépare son entrée dans une prestigieuse société secrète, Judy repousse des approches et Kelvin doit s'occuper de rumeurs à propos de Keefe. Plus tard, Baby Billy fait une promesse impossible..

L'an 2000. L'apocalypse attendue n'a pas eu lieu, et Eli et Aimee-Leigh se retrouvent sous le feu des critiques de leur congrégation… et des Montgomery. L'arrivée de la petite amie de Jesse, Amber, complique les choses et menace de mettre Judy dans une position délicate.

Victime de chantage, Judy demande conseil à Amber. Pendant ce temps, Jesse provoque BJ pour que ce dernier le confronte enfin. Un Kelvin déprimé doit apprendre à vivre sans Keefe, tandis que Baby Billy tente de réaliser un miracle pour Jesse… Mais tout a un prix.

Après des décennies d'animosité, la tension entre les Montgomery et les Gemstone atteint un point critique. Tandis qu'Eli doit prendre une décision impossible, Jesse, Judy et Kelvin se préparent au pire.

Les enfants Gemstone renouent avec leurs proches… et entre eux. Alors que la milice des Montgomery se fracture et implose, Chuck évalue ses options et Peter élabore un nouveau plan.

La fratrie s'affronte dans un combat biblique général, quand une intervention divine change à jamais le destin de la famille Gemstone.