Le Shoshidai, une organisation chargée de récupérer des armes maudites, envoie deux de ses agents à la recherche de Zsoltgewinn, une légendaire épée démoniaque.

Amon, un fabricant d'épées, adopte un bébé abandonné qu'il rebaptise Gai. Devenu son apprenti, le jeune homme perd un bras au cours d'un rituel ayant mal tourné.

Miki tombe dans un piège tendu par Marcus et Miura après avoir récupéré l'épée Azoth. Amon utilise l'épée Shiryu pour fabriquer une prothèse de bras pour Gai.

Son âme désormais possédée par une arme démoniaque, Tatsumi se transforme en Busoma. Miki emmène Marcus au siège du Shoshidai.

Le Shoshidai réveille Seiya Ichijo, sa plus puissante Chrysalis. Alors qu'il commence à ressentir ses pouvoirs, Gai retombe soudain en enfance.

Ichijo décide de tester le potentiel de Gai en tant que Chrysalis, lorsqu'il est interrompu par un membre du Gabi, un groupe ayant longtemps combattu les Busoma.

Accompagné de Gai, Ichijo se rend au siège du Shoshidai avant de retrouver sa bien-aimée Kei. Une mystérieuse épée apparaît devant la joueuse de génie Midoriko.

Une veuve fortunée envoie un navire à la recherche du trésor perdu de Throlla, un pirate qui aurait détenu le légendaire Marteau de Gallon.

Le Shoshidai envoie Miki et Marcus en mission d'infiltration pour récupérer la légendaire Hallebarde, une ancienne arme du monde des fées.

Bouleversée, Sayaka interroge Amon au sujet des motivations de Gai. Pendant ce temps, Ichijo révèle à Gai comment il a réussi à maîtriser le pouvoir du Chakram.

Alors que Gai est de retour, sain et sauf, au siège du Shoshidai, Kagami ordonne à Ichijo, qui se transforme rapidement en Busoma, de se soumettre au Sommeil Froid.

Les nouvelles armes du Shoshidai ne peuvent rien contre les pouvoirs maléfiques de Zsoltgewinn, et Ichijo et Gai affrontent Miura lors d'un combat féroce.

Le long combat contre la Zsoltgewinn de Miura touche à sa fin tragique, et Gai doit tenir la promesse qu'il a faite à Ichijo.

Bien que Marcus soit satisfait de ses missions pour le Shoshidai et sa relation avec sa petite amie, il sent que quelque chose ne va pas après son rendez-vous avec Aya.

Quand un Busoma rôde à l'extérieur du quartier général du Shoshidai, Kagami réveille trois Chrysalis de leur sommeil afin de neutraliser la menace.

Himiko, chef du Gabi, trouve le Busoma responsable de la mort de son camarade Soin. Kagami reçoit l'ordre de ne pas combattre l'Azoth de Marcus.

Gai reçoit un nouveau bras artificiel et se consacre à la méditation sous l'œil attentif du Gabi. Un enfant victime d'intimidation demande l'aide d'une source inattendue.

Shin se soumet à une opération risquée afin de débarrasser son corps de l'Alme, et Kuromaru s'intéresse à Gai après que ce dernier l'a sauvé d'une attaque.

Le Shoshidai envoie trois Chrysalis détruire la Zsoltgewinn de Miura, mais Kyoka supplie l'organisation d'utiliser le prototype de vaccin sur son père au lieu de le tuer.

La vraie raison de l'hospitalisation de Rie et des autres orchestrée par le Shoshidai est révélée. Shin et Ogata demandent à Kuromaru de les mener jusqu'à Gai.

Shin fait une découverte sinistre à l'hôpital où se trouve Rie. Pendant ce temps, Yasuko et Arnys rendent visite à Issei, qui a quitté le Shoshidai.

Comme sa rancœur envers Gai s'intensifie, Shin décide de se sacrifier, consacrant sa vie à la lutte contre le Busoma en tant que Chrysalis, afin de balayer le mal.

L'éveil de l'autre personnalité de Gai libère le chaos dans le monde. Le Busoma Zsoltgewinn apparaît devant Amon et Kigetsu sous la forme humaine de Miura.

Sous le regard des omnipotents Grimms, Gai et Shin se livrent à un duel féroce, qui, ultimement, unira leurs Shiryu. L'avenir de l’humanité ne tient qu'à une trace d’âme.