Rudolf Höss arrive dans la ville polonaise d'Auschwitz, chargé d'y construire un nouveau camp de concentration, ayant pour finalité de détenir et de terroriser toute personne résistant à l'occupation nazie de la Pologne. En 20 mois, plus de la moitié des 23 000 Polonais déportés à Auschwitz meurent. Auschwitz est alors conçu pour des projets plus ambitieux. Sa proximité avec des gisements de charbon, de chaux et des réserves d'eau abondantes intéresse particulièrement le conglomérat industriel allemand IG Farben. Très vite, Himmler accepte l'extension massive du camp, afin de fournir les esclaves nécessaires pour la production de caoutchouc synthétique et, à terme, pour la construction d'une nouvelle ville modèle allemande. Mais les plans d'Hitler et de Himmler pour la « germanisation » totale de l'Est prennent une nouvelle dimension avec l'invasion de l'Union soviétique en juin 1941 et l'arrivée à Auschwitz de prisonniers de guerre soviétiques. Himmler va alors rechercher de nouvelles méthodes d'extermination de masse.

Rudolf Höss dira plus tard qu'il obéissait simplement aux ordres. Mais comme beaucoup de ceux impliqués dans la « solution finale », il a largement agi de sa propre initiative lors du processus de massacre, notamment pour la recherche de moyens plus efficaces d'extermination. En octobre 1941, les plans de construction du nouveau camp Auschwitz-Birkenau, destiné à recevoir 100 000 détenus dans d'atroces conditions, sont modifiés pour pouvoir recevoir davantage de prisonniers. Mais aucun espace supplémentaire n'est cependant créé pour les 30 000 personnes supplémentaires. Les prisonniers soviétiques souffrent particulièrement de la brutalité nazie. À cette date, de nombreux juifs allemands sont envoyés au ghetto de Łódź en Pologne, avant leur destination finale. À Auschwitz, Höss réalise que le site du crématorium ne convient pas pour des meurtres de masse, les hurlements ne pouvant être facilement étouffés – il décide alors d'utiliser une ferme éloignée. Malgré leurs innovations, les méthodes improvisées ne permettent pas de suivre l'horrible rythme imposé par la « solution finale », qui vise désormais des millions de personnes venues de toute l'Europe.

L'année 1942 marque un tournant dans la « solution finale », alors que les nazis ratissent toute l'Europe de l'Ouest, allant même traquer les Juifs jusque dans les îles britanniques occupées, comme Guernesey. La France est le premier pays occidental à déporter les juifs qui résident sur son territoire. Le gouvernement de Vichy passe un accord avec les SS pour livrer les juifs étrangers ou apatrides vivant sur son sol. Plus de 4 000 enfants juifs sont arrachés à leurs parents, déportés à Auschwitz, où ils meurent à leur arrivée dans les chambres à gaz. Même de la partie de la Grande-Bretagne occupée sont déportés des Juifs, comme à Guernsey. Himmler choisit cette année-là de nouveaux camps pour massacrer de nouvelles populations juives. Treblinka en fait partie. Ce camp d'extermination sera adapté pour permettre aux massacres de prendre une nouvelle ampleur. À Treblinka, 99 % des déportés sont morts deux heures après leur arrivée. Malgré les réticences de certains soldats allemands, comme le lieutenant Albert Battel, qui empêche la déportation de Juifs polonais et parvient à en cacher certains dans sa caserne, rien ne peut arrêter la « solution finale ». En mai 1943, le terrifiant Dr Josef Mengele, « l'Ange de la mort », arrive à Auschwitz...

En 1943, 45 camps secondaires sont implantés dans la région d'Auschwitz, fournissant la main-d'œuvre pour les usines d'armement et autres industries. Le camp d'Auschwitz-Birkenau est au centre de cette toile d'araignée, exploitant une source de revenus encore plus sinistre : les objets de valeur et vêtements de déportés juifs qui leur sont arrachés avant leur mort. La corruption règne dans les camps. Malgré les lois raciales strictes, des liaisons sexuelles, parfois sentimentales, entre prisonniers (qui trouvent là le moyen de survivre) et SS se produisent. À la même époque, Mengele utilise les détenus d'Auschwitz pour d'abominables expériences pseudo-scientifiques, notamment en génétique.

1944 est l'année la plus importante dans l'histoire d'Auschwitz. Tandis que les massacres sont à leur paroxysme, les nazis tentent de semer la confusion parmi les Alliés, qui doivent décider s'il faut négocier avec les nazis à propos des Juifs et bombarder ou non le camp. Les Hongrois, menés par l'amiral Horthy, se sont montrés jusque-là réticents à déporter les Juifs. Mais avec l'occupation allemande de mars 1944 arrive Adolf Eichmann, l'homme chargé d'organiser la déportation de tous les Juifs de Hongrie. Dix semaines après le début des déportations, 437 000 Juifs hongrois ont été envoyés à Auschwitz. Environ 75 % d'entre eux sont tués dès leur arrivée. Jusqu'à cette date, les familles tziganes ont été maintenues à l'écart des autres détenus de Birkenau, dans un camp réservé aux familles. L'ordre est donné de liquider ce camp. Les tziganes tentent de se défendre, sans succès. Pendant ce temps, l'armée Rouge, à l'est d'Auschwitz, se rapproche, alors qu'Himmler tente de négocier avec les Alliés occidentaux. En décembre 1944 et janvier 1945, les chambres à gaz d'Auschwitz-Birkenau sont démontées pour ne pas laisser de traces du génocide. Cet épisode présente le témoignage de celui qui a vu la liquidation du camp des familles tziganes, les témoignages de survivants des commandos qui œuvraient dans les chambres à gaz, et celui d'un Juif hongrois rescapé de la « solution finale » après avoir accepté de partir pour la Suisse, dans un train affrété par Eichmann en geste de bonne volonté envers les Alliés occidentaux.

le 27 janvier 1945, l'armée Rouge libère le camp d'extermination d'Auschwitz-Birkenau. Les soldats découvrent horrifiés les squelettes vivants ou morts, les ruines des chambres à gaz et les piles de cheveux humains. Dans les mois suivants, d'autres camps sont libérés, dont Bergen-Belsen, où des milliers de cadavres sont entassés sur le sol. Les Britanniques ne sont pas préparés à gérer la situation : 14 000 prisonniers meurent au cours des cinq jours suivant leur libération et autant au fil des semaines suivantes. Hitler et Himmler se suicident, alors qu'un grand nombre de criminels réussit à se cacher. Adolf Eichmann devient bûcheron dans la même région, tandis que Josef Mengele travaille comme journalier dans une ferme de Bavière. Des groupes de vengeurs juifs se créent, décidés à prendre leur vengeance en main. Dans le chaos de l'après-guerre, ils traquent les nazis et en assassinent certains. L'ex-commandant d'Auschwitz, Rudolf Höss, est retrouvé par les Britanniques, jugé en Pologne et pendu à Auschwitz. Eichmann et Mengele fuient en Argentine. En mai 1960, Eichmann est finalement capturé par les Israéliens, jugé et exécuté un an plus tard. Mengele réussit à échapper à toutes les traques et meurt de mort naturelle en 1979. Dans l'ensemble, seul un petit pourcentage des SS d'Auschwitz seront retrouvés et jugés. Les preuves manquent sur leur implication personnelle dans les crimes commis au camp et nombre d'entre eux n'ont jamais assumé leur rôle dans la « solution finale ».