L’académie Shinryô est un lieu paisible d’apprentissage où les rumeurs sur les fantômes vont bon train… Suigin, un des élèves, est tellement rivé sur ses jeux vidéo qu’il ne connaît pas la jeune fille la plus prisée de l’académie, Lei Riku. Un petit incident va lui permettre de faire sa connaissance…

Suigin Riku est un élève précaire de l'académie Shinryô qui enchaîne les petits boulots. Il profite d'un job de gardiennage pour jouer à un MMORPG où il rencontre la coqueluche du lycée, Lei Riku.

Les serveurs de Dungeon Century, où Suigin passait des jours heureux avec Lei, sont sur le point de fermer. Dévasté, Suigin a du mal à retourner sur le MMORPG, tandis que Lei apprend auprès de son père que la fermeture est en réalité nécessaire pour l'avènement d'un nouveau jeu.

Dungeon Century est sur le point de fermer ses portes, mais Ray veut profiter du jeu jusqu'au bout en cherchant coûte que coûte la Fleur de la Sérénade avant la fin du jeu. Suigin doit l'aider à la chercher, mais le dernier jour, un mystérieux monstre se met à attaquer tous les joueurs…

Lors de la fermeture de Dungeon Century, son créateur, Yuki Riku, se fait assassiner. Lei décide alors de donner le colis que lui a laissé son père à Suigin, qu'elle a pu rencontrer dans la réalité. Quel est donc le mystérieux terminal qui se trouve à l'intérieur ?

Yuki Riku, père adoptif de Lei Riku, laisse une somme astronomique à Suigin sur le nouveau jeu Grave Buster. Cette somme servirait à assurer la protection et la construction d'un meilleur avenir pour Suigin et Lei. Mais voilà que cette dernière se fait capturer par des yakuzas concerné par un emprunt concocté par Yuki Riku avant sa mort…

Suite à l'enlèvement de Lei Riku, Suigin se retrouve projeté au niveau 34 de Grave Buster où une mystérieuse pyramide géante l'interpelle au beau milieu d'un désert. Elle semble connaître Suigin. De qui peut-il bien s'agir ?

Le niveau où a atterri Suigin est attaqué par des pilleurs de tombes. Riku Yuki, qui subsiste dans Grave Buster en tant qu'amas de données suite à sa mort, informe son petit-fils de la mission qui l'attend et l'aide à affronter ces nouveaux ennemis.

Suigin se fait contacter par un certain leader des Totems, Temujin : c'est lui qui aurait kidnappé Lei Riku. Pendant ce temps, les pilleurs de tombes que Suigin a rencontrés décident de s'attaquer à d'autres joueurs pour s'enrichir.

Les pilleurs de tombes qui ont affronté Suigin, les Gold Hunters, continuent de dépouiller les plus faibles, jusqu'au moment où ils croisent le chemin d'une mystérieuse joueuse terrassant tous ses adversaires sur son passage.

Takeshi, un jeune joueur précaire, cherche à participer à un tournoi dans Grave Buster pour gagner de l'argent. Mais malheureusement, il n'arrive pas à s'acquitter des frais d'inscription. Il décide donc d'observer le tournoi bien en hauteur et croise Suigin…

Suigin et Takeshi tombent au beau milieu du Colisée et sont contraints d'affronter Viking, le finaliste du tournoi qui intéressait Takeshi. Ce dernier tente de lutter, mais se rend vite compte qu'il perd ses souvenirs petit à petit… Suigin décide donc d'agir.

Suigin Riku se lance dans le tutoriel des débutants où il rencontre Titan, un joueur imbu de lui-même, et Shaa, qui semble connaître Suigin dans la réalité. L'examinatrice, Rin, les met à l'épreuve, mais semble attendre davantage qu'un étalage des capacités de chaque joueur…

Rin est en fait la petite Farin, et a la capacité de déceler les Busters de chaque joueur ! Titan, dont la fierté a été froissée, entre dans une colère noire et veut en découdre avec Farin et Suigin.

Revenu dans la réalité, Suigin reçoit un appel étrange d'un dénommé Temujin, qui prétend être avec Lei Riku. Suigin, perturbé, se rend comme demandé au niveau 18 avec Farin, où se prépare la conquête du niveau Zéro.