Tazuna est un jeune garçon qui aime réparer les choses. Mais sa vie prend un tournant inattendu lorsqu'il rencontre une jeune fille allongée sur un lit d'hôpital dans un laboratoire verrouillé électroniquement. Lorsqu'il lui prend la main, il découvre qu'il ne pourra jamais la lâcher, sinon elle mourra. De plus, il doit affronter un homme et son partenaire dans ce qu'on appelle la Ziggurat, et il n'a pas de pouvoir propre. Parviendra-t-il à libérer la puissance des Hand Shakers ?

Tazuna et sa nouvelle amie Koyori ont un problème : si Tazuna lâche la main de Koyori, elle mourra ! Peut-il la ramener chez lui et expliquer à ses parents pourquoi il doit maintenant vivre avec une fille ? Et comment va-t-il faire pour prendre un bain avec elle ?

Tazuna rencontre Chizuru et Hayate, le couple dont il a réparé la voiture le jour où il a rencontré Koyori. Ils travaillent pour une grande entreprise alimentaire de la région et proposent de les inviter à dîner, lui et Koyori, pour les remercier. Mais après le repas, ils révèlent qu'ils sont eux-mêmes des Hand Shakers !

Après la bataille à l'intérieur de la Ziggurat, Chizuru et Hayate sont horrifiés d'apprendre que leur victoire aurait pu coûter la vie à Koyori. Ils acceptent d'aider Tazuna et Koyori, même s'ils sont désormais hors de combat. Ils leur expliquent que pour ne pas être découverts dans le monde réel, ils doivent trouver un nom à utiliser à l'intérieur de la Ziggourat lorsqu'ils se battent. Après réflexion, le nouveau nom de Tazuna et Koyori devient « Single Gear ».

Koyori est séparée de Tazuna, et comme elle n'a pas de téléphone portable, elle n'a aucun moyen de le contacter. Heureusement, elle est retrouvée par la présidente Lily et son petit frère Masaru, qui l'emmènent jouer au nouveau jeu, Precious Memories. Koyori fait preuve d'un talent incroyable pour le jeu, mais les choses prennent une tournure soudaine lorsque Lily et Masaru se révèlent être également des Hand Shakers.

Lily et Masaru insistent pour combattre Single Gear, malgré les protestations de Tazuna. Tous deux utilisent des cartes : Lily, ses Tarots, et Masaru, son précieux jeu de souvenirs. Mais comme Masaru utilise la même stratégie que dans le jeu, Koyori sait comment le battre. Peut-elle partager cela avec Tazuna alors qu'elle ne peut pas parler ?

C'est l'heure du festival de l'école, et la classe de Tazuna est en grande difficulté ! Les machines sont cassées, les cuisiniers se sont cassé le bras et ils n'ont aucun moyen d'obtenir les ingrédients bon marché dont ils ont besoin pour leur stand de nourriture. Tazuna peut-il utiliser les relations qu'il a nouées jusqu'à présent pour tout arranger ? Et Koyori pourra-t-elle apprendre à cuisiner à temps ?

Tazuna et Koyori rencontrent leur prochain adversaire : Kodama, une puissante chanteuse d'idoles qui a vaincu de nombreux autres Hand Shakers. Elle et son producteur sont leur adversaire le plus coriace jusqu'à présent, et ensemble, ils écrasent Single Gear. Tazuna s'échappe de justesse dans l'eau sous un pont voisin.

Tazuna et Koyori affrontent Awaza Kodama une seconde fois, et elle est tout aussi puissante que la première fois. Tazuna et Single Gear ne peuvent espérer la vaincre. Leur seul choix est de s'appuyer sur la force invisible de Koyori.

Une fois les derniers ennemis vaincus et Koyori redevenue capable de parler, il est temps pour elle et Tazuna d'accepter un emploi à temps partiel au Cocktail Corn local. C'est l'occasion de réfléchir à ce qui s'est passé jusqu'à présent, de rencontrer de vieux amis et de préparer le couple pour l'avenir.

Makihara avait autrefois un partenaire et un patron. Ensemble, ils menaient des recherches sur la Ziggourat et le mystère des révélations de Babel. Mais lorsqu'une paire d'enfants Hand Shaker est née, leur vie a changé. Les enfants étaient constamment pris pour cible, et s'ils étaient vaincus, ils mouraient. Makihara et son partenaire ont fait de leur mieux pour défendre les enfants, mais des années de combat les ont épuisés et ils se sont brouillés. Aujourd'hui, son partenaire est de retour et il a une exigence : endormir Koyori pour toujours et la séparer de Tazuna.

Tazuna et Koyori affrontent la sœur de Koyori et l'ancien partenaire du docteur. La sœur de Koyori a été réduite à une muette sans émotion après des années de traitements difficiles et d'abus. Les deux hommes peuvent-ils supporter de blesser quelqu'un d'aussi proche de Koyori ? Et même si c'est le cas, peuvent-ils gagner contre des Mains-Mortes bien plus puissantes et déterminées ?