Le jeune Shun Asanaga a une passion : les cristaux de roche. Un soir, il découvre dans le bureau de son père une mystérieuse pierre, qui l’aspire en elle. Dans le monde étrange où il atterrit, il rencontre Emilio, un autre adolescent, qui vient d’être mis au cachot.

Aspiré dans un monde inconnu, le jeune Shun Asanaga se découvre la capacité de faire apparaître une épée prodigieuse, grâce à laquelle il aide un garçon de son âge à s’évader du palais royal. Après une longue marche dans la forêt, les deux fugitifs, accompagnés d'une certaine Alicia et de son minuscule dragon, arrivent chez Pascal, un vieux savant qui vit dans un véritable capharnaüm.

Pascal a embarqué Shun, Emilio et Alicia à bord de son engin. Après un atterrissage mouvementé, il guide ses jeunes compagnons vers leur première cachette, aménagée au fin fond d’une grotte. Le soir venu, il explique à Emilio, lors d’une conversation à la belle étoile, qu’Endora ne doit surtout pas interférer avec la surface...

Capturé avec Shun par les rebelles d’Ignaz, Emilio leur affirme, sans vraiment les convaincre, qu’il venait solliciter leur aide pour tuer son père, le roi Delzaine. Pendant ce temps, en ville, Pascal rend visite à un boulanger qui semble étonnamment bien informé sur ce qui se passe au laboratoire royal.

Au camp d’Ignaz, le leader Demetrio expose sa stratégie : pour faire le poids face à l’armée royale, il compte obtenir le ralliement des Zû. Connaissant la brutalité des membres de cette race, Emilio et Shun demeurent sceptiques, mais Louise leur révèle que les Endoriens et les Zû ont jadis coexisté en paix.

Emilio et Shun échappent aux Truculents grâce à un flash ultra-lumineux lancé par Pascal, qui a retrouvé leur trace. Alicia, qui accompagne le vieux savant, reproche vertement au prince d’être parti sans la prévenir. Les rebelles décident de passer la nuit dans un village voisin, pour préparer la suite des opérations.

Sur la route de Babylone, les voyageurs font halte dans la cité portuaire d’Amitius, située au bord de l’immense « canal ». En vue du départ en bateau prévu pour le lendemain, Shun, Emilio et Alicia partent faire des achats en ville. Après qu'ils ont tous trois goûté aux spécialités locales, Emilio est victime d'un jeune voleur.

Dans le port d’Amitius, Demetrio et son équipe découvrent l’embarcation qu’on leur a fournie pour rallier l’île : un vieux rafiot dont l’état alarme Shun. Arrivés à destination dans des conditions dantesques, les voyageurs reçoivent un accueil pour le moins rude de la part des Zû locaux.

Demetrio et ses compagnons quittent l’île des Zû à bord d’un nouveau bateau. Arrivés sur le continent nord, ils plaident auprès de leurs partisans pour que la révolution se fasse sans une goutte de sang. Pour atteindre Babylone, le groupe va devoir franchir des montagnes enneigées. Une perspective qui effraie Shun, le plus frileux de la bande...

Déposés par les dragons à une certaine distance de Babylone, Demetrio et ses compagnons établissent leur camp pour la nuit. Après une brève perte de connaissance, Eljiua prédit qu’un terrible évènement va s’abattre sur Endora. De leur côté, les Truculents se présentent au camp du roi Delzaine, qui les réprimande pour avoir attaqué Emilio.

Demetrio et ses compagnons arrivent devant la cité antique de Babylone. À l’aide d’un vieux plan, Eljuia trouve l’entrée de la citadelle souterraine. Mais pour accéder au dispositif Babel, les visiteurs vont devoir franchir un véritable parcours du combattant. Et des traces de pas encore fraîches semblent indiquer que le roi Delzaine les a devancés.

Au niveau le plus bas de Babylone, alors que Delzaine s’apprête à gagner la surface grâce à Babel, Emilio surgit devant lui, bien décidé à venger enfin son père. Plus haut, Demetrio invite Louise, dont il avait deviné la déloyauté, à chercher au sein d’Ignaz une voie qui ne la forcerait pas à réprimer ses propres sentiments.

Dans les sous-sols de Babylone, Imelda disparaît avec fracas dans la colonne lumineuse émise par Babel. Avec la mort du roi Delzaine, la révolution semble achevée, mais Demetrio explique qu’il reste beaucoup de choses à accomplir avant de crier au succès. À l’écart du reste de l’équipe, Emilio avoue à Shun que, curieusement, il n'a pas le sentiment d'être vengé après la disparition du souverain.

Après la mort du roi Delzaine, le pays est en proie à des troubles croissants. À Babylone, Shun tente de remonter le moral d’Emilio, qui garde un goût amer de sa vengeance inassouvie. D’après l’intuition de Joseph, le vieux savant, le dysfonctionnement de Babel se trouve du côté de la surface.

Depuis la mort du roi Delzaine, Endora est en proie aux troubles et aux émeutes. Alors qu’ils font route en direction de la cité royale, les membres d’Ignaz parviennent à chasser les troupes du baron local, qui étaient en train de piller un village. Le lendemain, Emilio décide de rendre visite à ce seigneur pour le convaincre de cesser ses exactions. Mais, dans le château étrangement désert, une terrible surprise les attend.

En ville, des prédicateurs affirment aux foules que le roi s'est enfui pour échapper à la fin du monde. La baisse du taux de torso-particules inquiète également les membres d'Ignaz mais, dans l'immédiat, ils doivent libérer l'île des Zû de la menace des bâtiments de guerre.

Après un long périple, le groupe d'Ignaz atteint enfin la capitale, qui est en pleine agitation. Au palais royal, il ne reste qu'une petite moitié du personnel et des soldats. Le prince Emilio saura-t-il faire accepter la présence de ses singuliers compagnons de voyage ?

Accompagnés de gardes royaux, Gradido, Alicia, Felix et Misha partent à la poursuite d'Ibelda. Peu après, alors qu'Emilio et Shun avancent dans les sous-sols du palais, à la recherche d'une éventuelle issue vers la surface, ils sont interpellés par une voix caverneuse.

Enfin revenu à la surface de la Terre, Shun retrouve chez lui sa mère, et lui présente Emilio, qui l’accompagné sans savoir comment. Au menu du dîner de fête improvisé : des sushis, un mets auquel le prince d’Endora n’avait jamais goûté. Le lendemain, le « revenant » fait découvrir la grande métropole à son compagnon de voyage, avant de rendre visite à son père qui, accaparé par des recherches, ne quitte plus son bureau.

Lorsque Kazunobu Asanaga, le père de Shun, menace d’abattre Emilio, les deux adolescents s’enfuient de son bureau. Bien des années plus tôt, l’infatigable chercheur avait fièrement annoncé à son épouse que sa dernière découverte allait transformer leur vie, et celle de leur enfant qui devait bientôt naître.

À la surface, Emilio convainc Shun d’écouter son père avant de porter un jugement sur lui. Pendant ce temps, à Endora, Pascal et Joseph expliquent aux membres d’Ignaz qu’ils ont découvert comment on pouvait voyager entre les deux mondes. Eljuia, de son côté, accomplit une sorte de méditation destinée à aiguiser ses sens.

Après leur séjour à la surface, Shun et Emilio rentrent subitement à Endora en tombant du ciel au beau milieu d’une bataille entre Ibelda et leurs compagnons d’Ignaz. Au cours d’un éprouvant recueillement, Eljuia parvient à visualiser mentalement une mystérieuse construction, dont Joseph, le savant, a déjà connaissance.

Après avoir fait sauter une sorte de bombe destinée à en finir avec Ibelda, Pascal est porté disparu dans la forêt. Joseph confie à Demetrio une autre bombe, puis part à la recherche de son maître en compagnie de Ralph. Pendant que les membres d’Ignaz affrontent Ibelda qui a survécu à l’explosion, Falarion transporte Shun et Emilio en direction de Tir na nOg, le lieu où les torso-particules seraient aspirées.

Au sommet de Tir na nOg, Emilio explique à son adversaire, le professeur Asanaga, comment la volonté de protéger ses compagnons et Endora l’a rendu plus fort. Pendant ce temps, Joseph et Ralph retrouvent Pascal vivant, dans la forêt. Au palais, tout le monde attend fébrilement le retour de Shun et d’Emilio.