Yato, dieu errant oublié par les humains, se retrouve dans une mauvaise passe quand sa shinki, Tomone, décide de démissionner. Désarmé, il se consacre donc à des missions sans danger, comme retrouver un chat perdu. Seulement, alors qu'il poursuit l'animal en fuite, une collégienne lui sauve la vie en se jetant devant un bus qu'il n'avait pas vu.

Hiyori découvre les avantages de sa nouvelle condition de demi-fantôme - une agilité et une force surhumaine - mais aussi ses inconvénients. Quand elle quitte son corps, elle s'endort de manière totalement incontrôlable et sa vie scolaire devient difficile à gérer.

Yukine a du mal à se faire à sa vie de shinki, surtout au service d'un dieu errant comme Yato ! Fouiller les poubelles pour s'habiller et dormir dans des temples inoccupés tout en étant complètement ignoré par les mortels ne plait guère au jeune garçon. Sa première mission arrive bientôt quand Tenjin, le dieu des études, demande à Yato de s'occuper d'un affaire de suicides causés par un fantôme.

Yato décide de présenter Yukine et Hiyori à Kofuku Ebisu, une déesse qu'il présente comme étant sa petite amie. Celle-ci est accompagnée par Daikoku, son shinki. La rencontre est cependant interrompue quand Yato reçoit l'appel d'un salary-man sur le point de se suicider du haut d'un immeuble.

Yato enseigne à Yukine une technique réservée aux shinki, la frontière qui lui permet de dresser une barrière entre lui et les fantômes. Le jeune garçon se révèle étonnamment talentueux.

De plus en plus instable et mal à l'aise avec son statut de shinki, Yukine vole un skateboard dans un magasin. Alors que Hiyori essaie de couvrir son crime pour éviter que Yato ne le punisse, une déesse montée sur un lion, Bishamon, attaque le dieu errant sans somation, réclamant vengeance contre le meurtrier de ses shinkis.

Kazuma, un des shinki de Bishamon, découvre la nature de demi-fantôme de Hiyori et son lien avec le monde surnaturel. Il la prévient du grave danger que court Yato : si Yukine continue à mal se comporter et qu'il n'est pas puni, son dieu finira par mourir.

Yato et Yukine sont appelés par Ogiwara Manabu, un élève martyrisé du collège de Hiyori. Pour Yukine, se retrouver au milieu d'enfants de son âge bien vivants est plus qu'il ne peut supporter.

Pour sauver Yato, Yukine doit endurer un rituel de punition et de purification qui nécessite la participation de trois shinki. Seulement, ce procédé est dangereux pour les officiants et malgré la participation volontaire de Mayu, Daikoku a du mal à trouver un troisième shinki volontaire.

Yukine décide de reprendre sa vie en main : il occupe un petit boulot chez Kofuku et Daikoku pour rembourser ses vols et il demande à Hiyori de lui prêter ses livres de cours afin de continuer à apprendre.

Lors d'une attaque surprise, Nora révèle à Yato et Yukine qu'elle a volé les souvenirs de Hiyori pour le compte de Rabô, un dieu des calamités tout comme l'était Yato dans le passé. Elle les restituera si Yato parvient à vaincre Rabô.

Yato et Yukine se rendent au temple de Rabō pour le combattre et emmènent Hiyori avec eux par erreur. Le combat tourne mal pour Yato qui est largement surpassé par son adversaire malgré le soutien de Hiyori.

La déesse Bishamon, ennemie de Yato, se réveille après un cauchemar dans lequel Yato tue ses shinki. Alors que Yato, Yukine et Hiyori s'occupent d'un nourrisson bruyant, un ayakashi en forme de peluche apparaît

Yukine retrouve son ami Suzuha, qui lui apprend qu'à cause de la grande famille de shinki qu'a formée Bishamon, celle-ci ne peut pas tous les voir, et qu'il n'a plus été appelé depuis des années.

Une shinki de Bishamon, Aiha, fait soigner un trouble par Kugaha. Hiyori réitère sa promesse de ne jamais oublier Yato. Kazuma consulte Kugaha au sujet du trouble de Bishamon, et ce-dernier lui apprend le décès de Suzuha.

Hiyori et Kazuma sont enfermés ensemble, mais Hiyori peut mourir si elle reste trop longtemps sous sa forme spectrale.

Alors qu'Hiyori s'affaiblit petit à petit, Yato et Yukine affrontent Bishamon. Yukine est tranché en deux par Bishamon, mais ressuscite sous la forme de deux lames.

Kugaha explique à Bishamon qu'il souhaite la faire renaître afin de l'empêcher d’accueillir tant de shinki faibles, et l'incite à se laisser mourir.

Une fois rentrés de chez Bishamon, Tenjin demande à Yato de tenir sa promesse, à savoir couper ses liens avec elle afin de la protéger, ce qu'il ne fait pas à la demande d'Hiyori.

Ebisu nomme un ayakashi à l'aide d'un masque. Pendant ce temps, Yato a fait officiellement reconnaître son sanctuaire, ce qui lui confère le titre de dieu ainsi qu'un terrain dans les plaines célestes, lieu de résidence des divinités.

Nora et Yato se rendent aux enfers. Pendant ce temps, Hiyori décide d'aller avec 2 amies à un parc d'attractions, Capypaland, où elle avait promis à Yato d'y aller avec lui et Yukine.

Hiyori part à la recherche de Yato, qui essaie de fuir les enfers. Yato décide alors de retenir Izanami et ses serviteurs pour permettre à Ebisu de fuir.

Bishamon et Kazuma veulent protéger Ebisu des Cieux. Hiyori et Yukine cherchent Yato, et croisent Kugaha qui les attaque, mais Yukine parvient à le vaincre.

Bishamon affronte Izanami mais est en grande difficulté. Ebisu explique à Hiyori et Yukine que pour faire revenir quelqu'un des enfers, il faut l'appeler par son nom, mais il se trouve que Yato n'est pas son vrai nom.

Ebisu, tué par les Cieux, s'est réincarné en enfant. Yato l'emmène dans un restaurant, où l'ancien Ebisu lui avait dit vouloir aller.