Au collège Kunugigaoka, les élèves de la classe 3E ont beau s'appliquer pour assassiner leur professeur, il leur donne du fil à retordre.

Sugino essaie de profiter de son passé de joueur de baseball pour se débarrasser de Koro-sensei, mais ce dernier n'est pas si facile à berner.

Karma Akabane, un nouvel élève, intègre la classe E après avoir été renvoyé pour violence. Fidèle à sa haine des professeurs, il s'en prend immédiatement à Koro-sensei.

L’école embauche une nouvelle enseignante de langue étrangère, mais les élèves de 3E comprennent vite qu'Irina Jelavic vient en fait éliminer Koro-sensei.

Quand la discrète Manami Okuda tente d'empoisonner Koro-sensei et échoue, le professeur lui propose de s’améliorer. Puis l’assemblée mensuelle du collège arrive...

À l'approche des partiels, le différend qui oppose le proviseur et Koro-sensei sur la gestion des études met la pression sur les élèves, prêts à faire leurs preuves.

Lors d'un voyage à Kyoto, une aide inattendue offre aux élèves l'occasion rêvée d'assassiner Koro-sensei. Mais c’était sans compter l'intervention de petits voyous.

Pendant le voyage à Kyoto, un tireur d'élite doit se poster dans des lieux choisis pour éliminer Koro-sensei, mais la tâche n'est pas si simple.

Une nouvelle élève appelée L'Artillerie à pensée autonome arrive de Norvège et n'arrête pas de tirer avec ses armes en classe.

Irina essaie de prouver à son ancien mentor qu'elle est capable de tuer Koro-sensei. Karma et Nagisa partent à Hawaï avec leur professeur.

Un deuxième élève prétendant être le frère de Koro-sensei est transféré. Les deux s'affrontent au cours d'un duel virulent.

La classe 3E se mesure à l'équipe de baseball du collège lors d'un match amical. Sugino est déterminé à battre ses anciens coéquipiers. Koro-sensei propose son aide.

Un soldat de prime abord accommodant reprend la classe d'éducation physique de Karasuma, mais les élèves découvrent peu à peu sa vraie nature.

Terasaka, le tyran du collège, élabore un complot avec Shiro et Itona pour tuer Koro-sensei dans la nouvelle piscine de la classe.

Koro-sensei annonce aux élèves que celui qui aura la meilleure note aux examens à venir aura le droit de lui tirer sur un tentacule.

Koro-sensei tente de motiver les élèves de la classe 3E qui se distingueront lors des examens, mais les "Cinq Prodiges" de la classe A décident de s'en prennent à eux.

Lovro forme les élèves à des techniques d'assassinat, puis ils partent en vacances d'été.

Les élèves de la classe 3E décident d'embarrasser Koro-sensei en diffusant une vidéo, tandis que leur projet d'assassinat rivalise avec une autre menace.

Des élèves s'infiltrent dans l'hôtel, où ils se mesurent à des assassins professionnels pour venir en aide à leurs camarades infectés.

Les filles et Nagisa tentent de passer à l'étage suivant alors que Karma utilise une tactique intelligente pour se débarrasser d'un homme de main.

Aidés de Koro-sensei, les élèves se rendent tout en haut du bâtiment, où ils apprennent l'identité du cerveau.

Nagisa s'inspire des leçons de Lovro et reçoit un sage conseil de la part de Terasaka pendant le duel. Les élèves apprennent une nouvelle surprenante.

Le voyage d'été de la classe 3E dans l'île touche à sa fin et Koro-sensei organise un test de courage pour tenter de créer quelques couples parmi ses élèves.

Quand Kaede imagine un plan pour tuer Koro-sensei avec un énorme pudding explosif, toute la classe l'aide à le fabriquer.

Itona attaque de nouveau Koro-sensei, mais celui-ci le repousse facilement et ses implants de tentacules échouent. Quand Shiro l'abandonne, Itona pique une grosse colère.

Grâce à son talent en électronique, Itona construit un gadget téléguidé pour attaquer Koro-sensei, mais les autres garçons veulent l'utiliser à des fins plus légères.

Asano découvre que le président de la classe 3E travaille à temps partiel et accepte de ne pas le dénoncer à une condition : les 3E doivent gagner un match contre les 3A.

Quand un raccourci mal négocié emmène un vieil enseignant à l’hôpital, Koro-sensei donne aux élèves à réfléchir sur leurs actes en gérant les petits écoliers du blessé.

Jouant les Cupidon, les élèves se débrouillent pour que Karasuma offre des fleurs à Irina. Mais celui-ci insulte Irina, et elle ne vient plus à l'école.

Karasuma et Koro-sensei tentent de sauver les élèves, mais quand le professeur est capturé par le Dieu de la mort, Karasuma et Irina font face à un choix difficile.

C'est le moment de faire des projets de carrière. Alors que sa mère veut le retirer de la classe 3E, Nagisa se demande s'il désire vraiment être un assassin.

Lors de la fête du collège Kunugigaoka, un concours permet de lever des fonds. 3E sert des plats cuisinés avec des ingrédients de montagne, mais 3A ne recule devant rien.

Les examens finaux arrivent rapidement et tandis que les 3A subissent un vrai lavage de cerveau pour haïr les 3E, Gakushu demande aux 3E de faire mieux que les 3A.

Lors de l'examen final, Karma et Gakushu rivalisent pour résoudre un difficile problème de maths. Et maintenant, c'est l'heure des résultats...

Koro-sensei déjoue le plan majeur conçu par Asano pour l'assassiner, laissant à celui-ci le dernier manuel scolaire et ses réflexions sur sa propre carrière d'enseignant.

Alors qu'ils nettoient le cabanon, Kaede attaque Koro-sensei, révélant un lien surprenant avec l'ancien professeur de la classe E, Aguri Yukimura.

La furie de Kaede va la tuer si Koro-sensei et les autres élèves n'interviennent pas immédiatement. Surprenant ses camarades, Nagisa tente le tout pour le tout.

Leur captivité dans le laboratoire de Yanagisawa a rapproché émotionnellement le Dieu de la mort et Aguri Yukimura. Mais l'une des souris de Yanagisawa fait tout déraper.

Nagisa veut sauver Koro-sensei, mais la classe ne parvient pas à un consensus. Koro-sensei suggère de résoudre le conflit dans un match de paintball.

Au terme du match de paintball, Karma et Nagisa restent seuls sur le terrain. Karma défie alors Nagisa en un duel ultime.

Aidés par leur classe, Nagisa, Karma et Ritsu se faufilent dans la fusée pour la Station spatiale internationale afin de trouver les données requises par Koro-sensei.

Les examens d'entrée au lycée et la Saint-Valentin approchent. Après avoir parlé avec Sakura, Nagisa envisage de faire carrière dans l'enseignement.

Koro-sensei décide de réaliser un album de fin d'année en utilisant ses propres photos. Alors que le temps presse, Nagisa évoque son projet d'enseignement avec lui.

Il ne reste plus que trois heures avant le chargement complet du laser. Les élèves lancent une ultime mission d'infiltration pour sauver Koro-sensei.

Le Dieu de la mort continue d'attaquer Koro-sensei avec Yanagisawa qui s'en prend maintenant aux élèves. Karasuma tente alors d'intervenir.

Si Kaede a survécu, Koro-sensei est très affaibli. Quand il exprime une dernière requête, les élèves de la classe 3E doivent décider d'honorer sa volonté ou pas.

La classe 3E assiste à la cérémonie de départ de Kunugigaoka. Avant la dispersion générale, Nagisa apprend que Koro-sensei lui a fait une dernière faveur.