Jin Kanzaki est pauvre, mais il vit heureux avec son grand-père. Avec ses amis Kouga et Konoha, il aide les gens contre rémunération. Pendant ce temps, la police est à la recherche d'un tueur en série vicieux.

Quelques années se sont écoulées depuis la disparition de Jin. Kouga, qui rêve toujours de devenir un vrai héros, est déterminé à arrêter un pyromane en série qui rôde dans les rues.

Lorsque Jin se réveille, il voit un monstre tenir le corps sans vie de sa mère adoptive, Akemi. Un vieil homme nommé Mitsugai tente de réveiller ZET en Jin. Mitsugai réussit et ZET se réveille...

Deux années se sont écoulées. Les joueurs font des ravages dans la société, mais les humains ignorent toujours leur existence. Les gens vivent dans la peur et Mitsugai est incapable de produire un autre ZET.

Kouga tente de devenir un super-héros en créant un Alphas de la vie réelle. Un homme mystérieux lui propose de passer un test pour savoir s'il est apte à devenir un super-héros.

Konoha est pris en otage et Jin est incapable de faire quoi que ce soit. Contrairement à ce qui s'est passé auparavant, il ne peut pas devenir ZET en se blessant et ne peut pas s'activer.

ZET devient enfin rouge et déploie des pouvoirs inédits. Avec une force écrasante, ZET domine le combat contre un joueur. Pendant ce temps, Kouga a du mal à repousser un joueur lors de son premier combat en tant qu'Alphas.

Kouga apprend que Jin s'est battu seul sous le nom de ZET. Enthousiasmé par la rencontre d'un véritable héros, Kouga l'appelle "ZETMAN" et déclare qu'il se battra à ses côtés. Jin et Kouga se rendent au laboratoire pour découvrir pourquoi Red ZET est devenu blanc.

La clé pour compléter le ZET est le pendentif que Konoha a en sa possession. Haitani et ses hommes s'infiltrent facilement dans la résidence des Amagi. Konoha se réveille et trouve Jin devant elle. Elle lui remet le pendentif, sans savoir qu'il s'agit en fait d'un clone.

Konoha disparaît. Kouga reçoit un appel de l'homme qui lui a fait passer le premier test où il devait choisir entre la vie de sa sœur et celle de trois lycéennes qu'il ne connaissait pas. Kouga choisit Konoha et les filles sont tuées.

Haitani détourne un signal de diffusion à Middletown pour déclarer la guerre à l'humanité. Sous sa direction, des Players régressés commencent à faire des ravages, mais Jin apparaît en tant que ZET pour protéger les gens et se bat comme un seul homme.

Dans la Tour Amagi, ZET est gravement blessé par Haitani et ne peut plus conserver sa forme. Doit-il devenir complet pour vaincre Haitani ? Pourquoi Haitani veut-il si désespérément que ZET devienne complet ?

Jin marche sur un chemin sanglant dans la solitude en tant que ZET - Alphas a réalisé son rêve de devenir un héros et se bat selon son idée de la justice - Après tant de sang versé et de larmes, qu'est-ce qu'ils souhaitaient atteindre à la fin ?