Mary est une jeune célibataire, enceinte de John Alden à Salem, une ville puritaine. Croyant que l'homme qu'elle aime, John, est mort à la guerre, face aux jugement puritain elle donne son fils au diable et se marrie à l'homme le plus riche et le plus influent de la ville, George Sibley, elle se déclare bientôt, tutrice et porte parole de son mari malade qu'elle transforme en esclave. Le révérant Cotton Mather essaye de stopper la main mise des sorcières en Amérique en les tuant. John rentre de guerre et assiste à une chasse aux sorcières, c'est un plan de Mary, qui veut utiliser les procès pour que les puritains s’entre tuent afin qu'elle puisse diriger Salem.

La peur d'être envoûtés pas les sorcières monte à Salem, alors John cherche ce qu'il se passe réellement. Mary quant à elle, exécute ses plans.

Mary décide de jeter une malédiction après avoir découvert qui a été témoin de la cérémonie des sorcières dans les bois.

Alden s'inquiète qu'un vieil ennemi à lui qui est de retour à Salem, ne révèle des secrets qui pourraient le détruire. Mary perd le contrôle sur Mercy.

La taulière de la maison de tolérance se rend dans la forêt. Là, elle retrouve des anciennes qui présentent au magistrat leurs craintes concernant l'influence de John Alden sur Mary. Elles lui disent qu'il doit se débarrasser de lui en utilisant son secret contre lui. Pour parvenir à ses fins, il doit demander à Tituba d'utiliser ses pouvoirs de nécromancie...

Finalement, John et Cotton sont parvenus à capturer Rose. Tous deux espèrent bien profiter de l'alignement exceptionnel des planètes avec saturne pour lui soutirer des informations relatives au Grand Rite. Mary, de son côté, assiste Mercy à travers le cérémonial complexe et intimidant qui fera d'elle une sorcière accomplie. Elle lui sert également de guide au cours de ses premiers pas dans la ruche...

Le désir augmente entre Mary et John, tandis que Cotton a affaire à une accusation unique lors du procès. Pendant ce temps, un puissant chasseur de sorcières débarque à Salem.

L'arrivée du père de Cotton secoue la ville de Salem. Le pouvoir que Mary a sur George s'en voit compromis.

Mercy n'a pas peur d'utiliser son nouveau pouvoir. Mary ne semble pas retrouver l'emprise qu'elle avait sur George.

A force d'enquêter partout en ville, Increase commence à se forger une idée de ce qui se trame à Salem. Il torture impitoyablement Tituba dans la «Maison du mal» qu'il vient juste de faire construire. Pendant ce temps, Anne a entrepris d'élucider un mystère. Mais ce faisant, elle se retrouve dans une situation périlleuse, nécessitant l'aide urgente d'Alden. Elle a en effet manipulé un artéfact magique de son père et se retrouve envoyée magiquement bien loin de chez elle. Mary, de son côté, affronte les conséquences de la trahison de Mercy...

Avec l'aide d'Isaac Walton, Mary élabore soigneusement un plan qu'elle espère capable de la débarrasser, définitivement et en même temps, de Mercy et Inc. John, de son côté, est trompeusement accusé de sorcellerie. Il attend le début de son procès avec la peur au ventre, incertain du sort qui va lui être réservé, pendant qu'Anne apprend un sombre secret à propos de l'héritage qui lui a légué de son père...

Le procès en sorcellerie de John Alden se prépare, testant les alliances et les loyautés des uns et des autres. Increase, qui tient le rôle de l'accusateur affronte un défenseur des plus inattendus Des secrets soigneusement enfouis refont peu à peu surface, obligeant Mary à prendre une décision difficile...

Alors que le Grand Rite approche, Alden découvre le secret le mieux gardé de Mary, et Tituba fait une annonce des plus inattendues.

Le Grand Rite est accompli, Salem est dévastée par la variole sans que personne n'en comprenne la cause. Mary qui a retrouvé son fils commence à nouer des liens parentaux. Cependant, la disparition de John la tourmente, elle décide donc de rendre visite à Petrus afin de connaître la triste vérité. John, de son côté, est soigné par les Indiens qui lui demandent de quitter ces terres où seule la Mort l'attend. Mais il refuse, souhaitant purger Salem de toutes les sorcières. Il se voit donc offrir des armes par le chef de la tribu qui le met en garde. L'utilisation prolongée de ces "armes-esprits" l'éloignera des monde des Vivants.

En réponse à la déclaration de guerre de Mercy, Mary, entourée de quelques hommes de Salem se rend aux Fosses pour obtenir vengeance. John, remis de ses blessures, décide de purger Salem de toutes les sorcières. Le Chaman l'avertit du grand péril qui l'attend et lui propose de renoncer et d'accompagner la Tribu vers des terres plus éloignées. John s'obstine et se voit offrir par les Indiens des armes et potions qui lui permettront d'approcher les sorcières sans être vu pour les tuer.

La Comtesse met en place un plan qui lui permettra d'obtenir davantage d'informations sur Mary Sibley. Pour ce faire elle attire une petite fille dans un puits et l’ensorcelle afin que celle-ci contamine les réserves d'eau des Sibley.

Mary ignore les mises en garde de Tituba et donne des cours à Anne Hale, Mercy prépare sa vengeance contre Mary et Cotton rencontre le Dr Wainwright à son retour à Salem.

Mary affronte enfin son ennemie jurée, la Comtesse Marburg, pendant que Hathorne menace Anne et essaie d'arracher le contrôle de Salem à Mary.

La Comtesse Marburg arrive à Salem avec son fils, Sebastian. Alden est envahi par les émotions, Anne profite de ses pouvoirs et Cotton fait une confession.

Alors que Mary et la Comtesse Marburg continuent à lutter pour le pouvoir, Cotton fait une proposition et le Dr Wainwright se rapproche de la vérité sur le fléau.

Les habitants de Salem veulent être informés, Anne en apprend plus sur son père, Tituba essaie de convaincre Alden et Mary découvre l'histoire de la Comtesse Marburg.

Mary fait un sacrifice pour protéger son fils de la Comtesse Marburg, les plans de Tituba tournent mal, Anne continue ses études obscures et une querelle brutale éclate.

La Comtesse Marburg attend la comète qui concrétisera son triomphe, mais Mary met des obstacles sur sa route. Anne prend une décision fatidique et Cotton risque la mort.

Alors que Sebastian ne sait plus à qui se fier, Mary est dénoncée en public, et Cotton et Alden unissent leurs forces pour ébranler la Comtesse Marburg.

La vie d'Alden est menacée alors que le Messager des étoiles approche. Anne apprend une nouvelle choquante et Isaac se retrouve dans une situation délicate.

Alors que la Comtesse semble triompher, Mary prépare un dernier acte de défiance, Anne savoure son propre pouvoir et Mercy est menacée par un avenir incertain.

Mary a sacrifié sa vie pour sauver John, mais le seul espoir d'empêcher le règne du Seigneur noir est que Tituba la fasse revenir d'entre les morts.

Confinée à Salem pour toujours, Mary s'arrache des bras de John pour s'infiltrer auprès de son fils maléfique, mais elle est vite repérée par la Sentinelle.

Mary paie cher sa trahison contre le Seigneur noir, Cotton s'auto-exorcise et John s'intéresse de près à un village incendié.

Mary doit affronter son passé, le Seigneur noir torture Anne, Cotton rencontre un couple puritain qui cache un secret et John continue son enquête.

Mary et Tituba renouent des liens, Sebastian s'occupe de sa mère, John découvre la vérité sur Billy et les disciples du Seigneur noir sont démasqués.

Sebastian manipule Mary pour briser son histoire d'amour torturée avec John, Tituba persuade John de combattre la Sentinelle et Anne organise un cambriolage.

Le Seigneur noir semble condamné, mais la Sentinelle continue à préparer le Dimanche noir. Mary feint d'aimer Sebastian passionnément tandis qu'Isaac devient un leader.

Tituba essaie de soigner les blessures de Seigneur noir, la Sentinelle boit un verre avant d'affronter John et Sebastian lit dans les pensées de Mary.

À l'approche du Dimanche noir, Anne et Sebastian plongent entièrement dans les ténèbres, Mary est seule face au mal absolu et Cotton est jeté dans un monde miroir.

Soudain possédée par l'esprit de la Comtesse Marburg, Mary ne peut empêcher la chute de Salem, poussant Cotton à faire un choix fatal en enfer.