Lorsque Dieu perd foi en l'humanité et disparaît, une légion d'anges en colère menée par Gabriel déclenche une guerre contre la race humaine. Les survivants se réfugient alors dans des villes fortifiées. L'archange Michael a choisi de prendre parti pour l'humanité contre son frère Gabriel et de vivre parmi les humains dans la forteresse de Vega, en plein désert. Pendant 25 ans, les hommes trouvent la force de se battre en s'accrochant à l'espoir de l'arrivée d'un enfant élevé pour les guider hors des ténèbres. Seulement personne ne sait qui est l'Elu. Pas même lui...

Alex essaye d’échapper à ses responsabilités en quittant Vega, mais Michael lui évoque le sacrifice de ses parents pour le protéger. Pour protéger la cité, le général Riesen prend des mesures drastiques.

Un des sénateurs de Vega prend en otage Riesen et Whele dans les Tours Agricoles et menacer de les noyer, eux et les réserves de nourritures de la cité. Il exige la révélation de l’identité de l’Elu au public. Gabriel et Michael retrouvent leur soeur.

Alex commence son entrainement avec Michael, mais il a une vision qui le pousse à se rebeller.

Alex demande à Michael et Claire de l’aider à libérer les Billes Noires des anges qui les possèdent. David Whele est proche de découvrir l’identité des Acolytes Noirs dirigé par son fils. Il planifie également un coup d’état grâce à une nouvelle alliance.

Quand des Anges Supérieurs sont découverts morts à Véga, Michael demande à Alex de l'aider à protéger les autres, mais Gabriel révèle un secret qui menace de les séparer. William, lui, tente de rééduquer son père. Par ailleurs, une vieille attirance renait entre Alex et Noma...

Alex et Michael sont en froid après la révélation de l'identité d'un des Anges Supérieurs. Après le mariage de Claire et William, Riesen quitte Véga, conformément au voeu de sa fille. Arika accueille une délégation d'Héléna avec une cargaison inattendue...

Quand Dieu perd foi en l’Humanité et disparaît, une légion d’anges en colère menée par l’archange Gabriel déclenche une guerre contre la race humaine. Les Hommes s’accrochent à l’espoir de l’arrivé d’un Elu. Seulement personne ne sait qui il est...

Suite à une explosion, Alex, l'élu et Noma réussissent à s'enfuir du repaire de l'archange Gabriel et se dirigent vers la Nouvelle Delphes. L'archange Michael, qui a abandonné Vega, découvre quant à lui une ville mystérieuse et protégée de la guerre...

Avec Gabriel remi sur pied, Alex et Noma recherchent activement un allié à la Nouvelle Delphes pour sauver Vega. Claire, «Dame de la cité», a été attaquée par un ancien garde de Vega, mais elle suspecte fortement David Whele...

Alex entre dans une prison qui regorge de «billes noires» et d'humains pour récupérer une clé. Il fait alors une rencontre inattendue. En Alabama, Michael fait face à un sacrifice...

Alex a des doutes sur les réelles intentions de Julian et découvre une armée de Billes noires en sommeil. Pete est à nouveau transformé en Bille noire. Claire et Gates sont pris au piège par Janeck, un ange envoyé par Gabriel...

Michael et Gabriel lancent leur assaut contre la Nouvelle-Delphes tandis qu'Alex et Julian essayent de trouver un terrain d'entente pour affronter les deux archanges. Pendant ce temps, Claire, Arika et Gates tentent de retrouver Zoe...

Grâce à l'aide de David, Zoé parvient à diffuser un message de révolte. Gates part de l'autre côté de la tranchée pour hacker l'émetteur. Alex et Noma réussissent à s'échapper grâce à Mickaël...

Alex trouve un repère inattendu où il peut soigner la blessure de Noma. Pendant ce temps, Michael et Gabriel essaient d'échapper à leur captivité et le passé revient les hanter. Enfin, Claire met en place un plan stratégique pour protéger son titre à Vega...

Julian met la pression au général Riesen pour obtenir la location de l’amphore. Pendant ce temps, un affrontement militaire se termine en désastre, forçant Claire, Dame de la cité, à prendre une décision douloureuse.

La guerre civile à Vega continue de faire rage. Alors qu’Alex, Noma et Michael rencontrent un inattendu barrage durant leur voyage pour rentrer à Vega, Claire émet un jugement qui menace la sécurité de la cité.

Mickaël est prisonnier d’un rêve dans lequel il joue une partie de poker contre le prophète. Alex et Gates parviennent à récupérer la centrale nucléaire mais Gates se sacrifie pour sauver Véga.

Les ténèbres envahissent la cité et les habitants commencent à avoir d’horribles hallucinations et à s’entretuer. William Whele lutte pour connaitre la vérité et pense qu’il est l’élu. Arika devient quant à elle la victime de ses propres manipulations.

Tandis que Michael règle ses comptes avec Gabriel, le mystérieux passé de Noma est exploré. Pendant ce temps, Arika envisage son évasion et Claire rejoint la première ligne pour protéger la cité.

L’armée des billes noires franchit les murs de Vega, David fait alors un dernier sacrifice pour assurer sa survie. Gabriel oblige Michael à aller à Mallory où il découvre une surprise terrifiante et le secret de Noma nous est finalement révélé…