Mike Warren vient de devenir agent du FBI, en sortant premier de sa promotion. Il pense obtenir son affectation à Washington DC. Cependant, le directeur adjoint Sam Campbell l'assigne dans le sud de la Californie à Graceland. Il s'agit d'une maison saisi à un baron de la drogue, où vivent des agents infiltrés appartenant au FBI, à la DEA et à l'ICE (les douanes). Sur place, Mike est accueilli par l'agent du FBI Joe "Johnny" Tuturro, qui est un ancien Navy Seals expert en explosifs. Il l'informe qu'il sera former par l'agent senior du groupe : l'agent du FBI Paul Briggs. Ce dernier fait partie des meilleurs agents du FBI. Mike rencontre les autres agents : Catherine "Charlie" DeMarco du FBI, Dale "DJ" Jakes de l'ICE, et Paige Arkin, Lauren Kincaid, Donnie Banks de la DEA. Tous ces agents font parties des meilleurs de leurs agences respectives en matière d'infiltration du crime organisé. Ils sont encadrés par l'agent Gerry Silvo du FBI. Néanmoins, Donnie est blessé lors d'un deal entre la mafia russe et un gang mexicain, et est placé sous protection. Pendant ce temps, Briggs monte une opération simple pour les débuts de Mike en infiltration, afin de récolter des infos sur les mafieux qui ont tiré sur Donnie. Toutefois, les choses s’accélèrent et Mike se retrouve en mauvaise posture quand les russes exigent qu'il tue quelqu'un...

Mike commence sa formation d'agent infiltré sous la tutelle de Briggs. Il se rend vite compte que cela implique de ne pas toujours suivre le manuel de conduite du FBI ou même la loi. Plus tard, il rencontre son psy, qui est en réalité son agent traitant, Juan Badillo, concernant son enquête sur Briggs. En effet, Mike a été envoyé à Graceland pour enquêter sur les agissements de Briggs. Badillo veut qu'il se rapproche de Briggs en intégrant une de ces affaires. Cependant, Briggs pense que c'est trop tôt. Jakes coince des trafiquants d'animaux exotiques et tombent sur une cargaison de balles tueuses de flics. Quant à Laurel, elle cherche toujours à coincer le russe qui veut la mort de Donnie, mais Briggs l'informe que son équipier a été transféré à Miami de façon permanente. Mike et Charlie vont sous couverture voir Paige. Celle-ci est infiltré auprès de Choi, un contrebandier chinois. Mike propose à Briggs d'utiliser les balles tueuses de flics pour appâter l'une de ces cibles, Bello, un chef de gang. Briggs accepte et Mike part sous couverture avec lui voir Freddie, un des lieutenants de Bello, pour lui vendre les balles.

La rencontre avec le trafiquant d'armes Bello ne se passe pas comme prévu, et Briggs doit improviser en pointant son arme sur Mike. Ce-dernier joue le jeu, et il gagne la confiance de Bello. Mike rapporte cela à Badillo, et lui demande de quoi est suspecter Briggs. Badillo lui dit que Briggs est suspecter de voler de l'argent. De son côté, Charlie met en place une opération afin d'arrêter un important trafiquant de drogue, à partir des informations d'un indic pas tellement fiable, au vue de son problème de drogue. Quant à Laurel, son obsession pour arrêter Kusmanov dans le but de faire revenir Donnie conduit à mettre en danger la vie de Johnny et Jakes lors d'une descente dans un entrepôt du russe. Comprenant qu'elle met Graceland en danger par son attitude, Briggs décide de prendre les choses en main à sa manière...

Mike et Briggs continuent leur opération d'infiltration auprès de Bello. Cependant, Mike se retrouve livrer à lui-même, quand Bello demande à traiter directement avec lui, évinçant du même coup Briggs qui jouait le rôle d'intermédiaire. Pensant que Mike est militaire, Bello lui demande de former ses hommes aux armes à feux. Paige veut arrêter une ferme vendant de la marijuana dans la rue, mais elle ne peut les approcher directement. Elle demande l'aide Johnny et Jakes, surtout que ce-dernier connait la meneuse de la bande. Parallèlement, la situation de Mike se complique quand le lieutenant de Bello, Eddie, le soupçonne de ne pas être ce qu'il prétend, et tente de le tuer...

Charlie et Briggs travaillent sous couverture pour approcher un gros dealer, mais celui-ci est paranoïaque et cela rend les choses difficiles. Ils se font passer pour un couple de drogué, et il est révélé qu'ils ont eu une brève liaison d'un soir. En conséquence, Paige et Johnny font le pari qu'ils coucheront encore ensemble ou pas. Pendant ce temps, Mike continue son infiltration auprès de Bello en formant ces hommes aux armes à feu. Il réussit peu à peu à gagner sa confiance, et devient donc son garde du corps. Parallèlement, Mike se rapproche également d'Abby, une fille qu'il a rencontré dans un bar, mais qui ignore qu'il est un agent du FBI. La situation de Briggs et Charlie se compliquent quand, Whistler, un ancien indic de Charlie, débarque lors d'une entrevue entre eux et les dealers...

Après que Charlie ait pris de la drogue sous couverture, Briggs laisse tomber l'opération en cours pour la soigner dans un endroit discret sans le dire à quiconque. Néanmoins, Johnny se doute de quelque chose. Au cours d'une opération de la DEA, Paige et une équipe d'intervention interceptent un sous-marin du cartel Caza, mais ne trouve aucune drogue à l'intérieur. Mike apprend que cette cargaison de drogue était destiné à Bello, le trafiquant dont il a infiltré le gang. Bello révèle à Mike que la cargaison est en faite transporté dans une torpille et que le sous-marin l'a largué pour éviter que les fédéraux la saisisse. Mike lui suggère de la retrouver pour son compte sans passer par le cartel. Parallèlement, la relation de Mike avec Abby devient de plus en plus sérieux, mais Paige conseille à Mike de garder ses distances à cause de leur travail.

Lorsque Mike le découvre à une réunion de drogué anonyme, Briggs lui explique comment il est devenu toxicomane. Il y a deux ans, il était infiltré dans le cartel de Caza au Mexique, mais il s'est fait prendre et ils lui ont injecté de force de l'héroïne pendant deux semaines. Briggs n'a pas révélé cette histoire au FBI, par crainte que toutes ces enquêtes soient ré-ouvertes. Charlie s'est remis de sa dose d'héroïne, et reprend son enquête sur le trafiquant de drogue Odin Rossi, mais n'arrive pas à l'approcher. Elle décide également de révéler aux autres agents ce qui lui est arrivé, contre l'avis de Briggs. Johnny et Paige constatent que la relation d'Abby et Mike devient sérieux, et conseille à ce dernier d'y mettre un terme avant qu'elle ne se rend compte qu'il lui ment sur son identité. Pendant ce temps, Jake essaye de prendre des nouvelles de son fils de 7 ans qu'il n'a jamais vu. Mike est toujours infiltré auprès de Bello. Ce-dernier tente de répondre à la demande, mais il a des difficultés depuis la perte de la drogue contenu dans la torpille. Briggs voit une occasion à saisir, en jouant les intermédiaire afin de mettre en affaire Bello et Rossi, afin de les arrêter tous les deux.

Briggs a caché au reste de l'équipe, qu'il a dit à Bello être Odin Rossi. Il va même jusqu'à fournir de la drogue qu'il a saisi illégalement, afin de maintenir le marché qu'il a passé avec Bello. Néanmoins, Charlie a des doutes et commence à se poser des questions sur les derniers agissements de Briggs. Elle le suspecte d'avoir un lien avec Odin Rossi. Pendant ce temps, Mike joue toujours le garde du corps auprès de Bello. Il maintient sa couverture quand des assassins du cartel de Caza tentent de les tuer parce que Bello ne fait plus affaire avec eux. La situation devenant intenable, Mike prend une décision qui risque de dévoiler le jeu de Briggs. Parallèlement, Mike fait croire au reste de l'équipe qu'il a rompu avec Abby. D'ailleurs, il prend le risque de l'amener dans à Graceland, mais se font surprendre par Paige, arme à la main...

In extremis, Briggs a pu maintenir sa couverture secrète d'Odin Rossi aux autres membres de Graceland. Toutefois, ses prises de risques pour déclencher une guerre entre Bello et le cartel de Caza fonctionnent, et attire sa cible, Jangles. Ce tueur à gages du cartel est l'homme responsable de sa toxicomanie. Jangles s'en prend aux dealers de Bello pour annoncer son arrivée. Pendant ce temps, Mike découvre que le responsable de l'enquête sur Briggs, Juan Badillo, a des griefs personnels envers Briggs. En effet, Briggs était dans une maison similaire à Graceland, appelé Estate, mais celle-ci a brulé avec les agents à l'intérieur. Seul Briggs n'était pas présent, d'où la raison des soupçons du FBI envers lui. Charlie est toujours déterminé à mettre sous les verrous Odin Rossi. Elle rencontre un federale mexicain, Rafael Cortes, qui lui propose son aide pour capturer Odin Rossi et Jangles. Parallèlement, Briggs et Johnny apprennent que Jangles sait où se planque Bello, et donc Mike puisqu'il joue son garde du corps. Mais Jangles est déjà sur place...

Briggs pense avoir tué Jangles en état d'ivresse, ce qui lui couterait son job d'agent du FBI. Il décide donc de se débarrasser du corps. Il ignore en faite qu'il a tué l'agent Juan Badillo, qui s'était déguisé en Jangles. Badillo pensait faire avouer Briggs sur ses agissements avec ce stratagème, et il portait donc un micro. Son meurtre est donc sur un enregistrement. Mike revient à Graceland, mais il est toujours affaibli par la blessure que Jangles lui a infligé. Néanmoins, Bello a été arrêté. Il est aussi inquiet, depuis qu'il a avoué à Paige qu'il enquêtait sur Briggs. Celle-ci n'a rien dit aux autres, mais elle n'est pas ravi de la situation. Johnny essaie d'organiser un fête pour l'anniversaire de Jakes, contre l'avis de ce dernier, qui pense de plus en plus à revenir vivre avec son fils. L'obsession de Charlie pour Odin Rossi monte d'un cran, quand elle demande à Mike de retourner sous couverture auprès de Bello en prison, afin de lui soutirer des informations.

Désormais, Briggs sait qu'il a tué un agent du FBI et non Jangles, lorsque Mike lui a révélé qu'il enquêtait sur lui. Une enquête est ouverte sur la disparition de l'agent Badillo, et Mike suspecte Briggs d'être impliqué. Tous deux savent que pour atteindre leur but respectif, ils doivent trouver l'enregistrement présent dans la voiture de Badillo, avant l'autre. Mike requiert l'aide de Paige, qui accepte pour savoir la vérité au sujet de Briggs. Ce-dernier demande à Jakes, qui a une dette envers lui. Les deux groupes découvrent rapidement que la voiture a été volé. Pendant ce temps, Johnny s'inquiète pour Charlie et son obsession d'Odin Rossi. Il découvre qu'elle travaille avec le fédérale Rafael Cortes, et lui dit qu'elle ne devrait pas faire confiance à un étranger. Parallèlement, les tandems Mike-Paige et Briggs-Jakes réussissent à trouver le gang qui a volé la voiture de Badillo. Chacun de leur côté, ils approchent les membres du gang, au point où Briggs et Mike se tombent nez à nez dessus, lors d'une rencontre avec les membres du gang...

Mike a retrouvé la voiture de Badillo, mais l'enregistrement n'y est pas. Toutefois, sachant que Briggs n'est pas au courant, il décide de lancer un avis de recherche sur lui. Briggs a pris les devants et décide fuir, avec l'aide de Jakes. Ce dernier, en tant qu'agent des douanes, lui indique un cargo pour quitter le pays. De retour à Graceland, Mike annonce à Jakes que le FBI est saisi du dossier et qu'il ferait mieux de coopérer, mais celui-ci ne cède pas. Lors de l'investigation, l'enquête de Mike sur Briggs est révélé au grand jour, ce qui choque le reste de l'équipe. Tant que la disparition de Briggs n'est pas résolu, l'activité de Graceland est suspendu. Pendant ce temps, Briggs n'a pas pris le bateau comme il le fait croire à tout le monde. Il est resté pour poursuivre Jangles, qu'il identifie finalement comme étant Rafael Cortes, le fédérale avec qui Charlie travaille...

Mike est contraint de mettre son nouveau poste en attente et retourne à Graceland. Briggs lui apprend que le cartel de Caza a un contrat sur lui...

Après avoir découvert que ce n'est pas le cartel de Caza qui en avait après lui, Mike réalise que les hommes qui l'ont torturé étaient intéressés par son enquête sur les lignes de bus touristiques. Avec l'aide de l'agent du FBI Jessica Foster, il prend la direction de Graceland, ce qui ne ravit pas tout le monde...

Mike sait désormais que c'est le cartel Solano qui a tenté de le tuer. Il met toute l'équipe dessus. Cependant, Jakes retourne à Graceland, après que la mère de son enfant lui ait refusé son droit de visite. Durant une opération d'approche du cartel Solano, Charlie doute d'elle-même et abandonne, laissant Johnny tenter sa chance, sans l'accord de Mike...

Mike a décidé de garder Jakes à Graceland, à la place de Zelanski. Il attend de l'agent des douanes qu'il infiltre le garage où le bus transportant de la contrebande stationne mais Jakes sombre dans l'alcool lorsque le droit de visite de son fils lui est retiré définitivement. Mike est fou de rage lorsqu'il se rend compte de la situation. La première approche de Jakes pour se faire embaucher comme mécanicien échoue, à cause de son état. Mais Briggs conseille Jakes, et celui-ci réussi in extremis. Briggs en profite pour dire à Mike qu'il devrait soutenir l'équipe au lieu de sans cesse les rabaisser à la moindre erreur...

Grâce au travail sous couverture de Jakes, Mike a enfin la preuve que le cartel Solano importe de la drogue en utilisant des bus touristiques. Mais l'assistante du directeur adjoint du FBI lui annonce que l'opération sera annulée dans une semaine, faute de moyen. Mike met alors la pression à Jakes et Johnny pour accélérer leur travail. Parallèlement à cela, l'équipe d'intervention mise à la disposition de Paige pour suivre la piste des trafiquants sexuels lui est retirée. Cette nouvelle la contrarie car elle est convaincue qu'une nouvelle fille sera vendue si elle ne fait rien...

Après l'échec de l'opération visant à arrêter Carlito Solano en flagrant délit, Mike a acquis la certitude que le cartel a une taupe dans l'un des services fédéraux ou de police impliqués dans l'opération. Malheureusement, la direction du FBI clos l'enquête considérant que le démantèlement de la contrebande via les bus est un résultat satisfaisant. Néanmoins, Mike décide de rester à Graceland et de trouver la taupe. Il va même jusqu'à kidnapper le responsable en charge des bus de contrebande, mais découvre que le trafique d'êtres humains sur lequel enquête Paige est lié à Carlito...

Mike est certain que Sid Markham, le lieutenant de police en charge des forces anti-gang, est la taupe à la solde de Carlito Solano. Il envoie Briggs sous couverture, en tant que flic d'El Paso tout juste transféré dans l'unité de Markham. Pendant ce temps, Mike et Charlie essaient de trouver des traces de l'argent véreux de Markham. Une piste les mènent à une banque où l'argent serait stocké...

Après avoir survécu à une prise d'otage, Johnny décide de cacher Lucia chez sa mère. Ses sentiments pour elle deviennent plus réels qu'ils ne le devraient. Pendant ce temps, Mike et Jakes essayent de mettre au point un système de transport de drogue, afin de le proposer au Solano et de les prendre en flagrant délit de trafique de drogue...

Charlie est toujours sous couverture, se faisant passer pour une braqueuse de banque lorsque Amber lui annonce avoir trouvé un chauffeur pour pouvoir s'enfuir. Cependant, Charlie le connait et risque d'être grillé. Elle appelle Briggs pour lui demander d'arrêter le chauffeur, mais ne lui annonce pas qu'elle porte son enfant...

Mike continue de cacher la mort de Lina, l'ami de Paige victime du trafic d'être humains. Cette dernière ne croit d'ailleurs pas à cette version, et suspecte Mike d'avoir camouflé sa mort. Au Mexique, Johnny et Jakes rencontrent des difficultés pour convaincre Carlos Solano de faire transiter la drogue via leur avion...

Au Mexique, Johnny et Dale sont sur le départ après avoir réussi à vendre leur projet de transport de drogues par avion à Carlos Solano. Mike est furieux contre Paige et Briggs d'avoir stoppé le trafic d'êtres humains sans son aval. Et sa situation se complique un peu plus lorsqu'il frappe Markham devant son supérieur...

Charlie a révélé à Briggs qu'elle a en sa possession l'enregistrement de la mort de Juan Badillo. Elle ne veut plus avoir à faire à lui. Elle décide de se concentrer sur l'arrestation d'Amber. De son côté, Paige reçoit une nouvelle déconcertante : la douane aurait arrêté Lina à l'aéroport, la fille ukrainienne qu'elle a tenté de sauver du trafic d'être d'humains. Néanmoins, elle réalise qu'il s'agit de sa soeur. Elle dit qu'elle a reçu une lettre de sa part, mais Paige découvre que Mike en est l'auteur...

Rien ne va plus pour les agents de Graceland. Charlie est kidnappé par Amber et se fait interroger par ses associés. Briggs est en route pour le Mexique en compagnie de Markham, mais il ne se doute pas que ce dernier est au courant qu'il est un agent infiltré. Lucia a volé l'argent de son père destiné à Markham pensant s'enfuir avec Johnny. Celui-ci est obligé de lui révéler qu'il est un agent du FBI...

Les agents se chargent de fermer leurs affaires en cours et de réparer les relations brisées. Briggs, quant à lui, est contraint de participer à une opération d'infiltration à haut risque au sein de la mafia arménienne...

Briggs tente de garder le contrôle d'Ari Adamian et Charlie ne sait pas quoi faire au sujet de sa grossesse...

La dépendance de Mike aux médicaments impacte sa capacité sur le terrain et Briggs cajole un ancien agent du FBI à la retraite afin qu'il l'aide à stopper Ari...

Briggs aide Ari à reconstituer les morceaux de sa nuit oubliée...

Johnny cherche l'aide de Briggs pour trouver un accord avec Carlito afin de sauver Lucia. Pendant ce temps, Mike rencontre un escroc avec un terrible secret...

Mike élabore un plan pour en apprendre davantage sur le contenu du coffre de Gusti et Briggs aide Paige à infiltrer la compagnie maritime de la mafia arménienne...

Charlie tente de ramener Amber à Los Angeles. Paige se prépare à arrêter l'organisation Sarkissian. Mais rien ne se passe comme prévu...

Charlie et Jakes se rapprochent de Germaine. La toxicomanie de Mike le met, ainsi que Gusti, dans une situation dangereuse...

Mike s'interroge sur les réelles motivations de Briggs dans l'affaire Sarkissian. Charlie met sur pied un nouveau plan pour arrêter Germaine...

Ari porte dorénavant les tatouages qui marquent son rang dans le clan Sarkissian. De leur côté, Paige et ses colocataires effacent les traces de sang dans leur salon et maquillent la scène de crime pour faire croire au suicide de Toro...

Après le décès de Tevan Adamian, Briggs prévient Martun que les obsèques du patriarche pourraient servir de cible au clan de Soto Street s'il ne parvient pas à faire baisser la tension entre les deux familles...

La guerre larvée entre la famille Sarkissian et le gang de Soto Street s'intensifie. Mike est persuadé que le gang s'apprête à répandre du gaz sarin sur les personnes présentes aux obsèques...

Après l'arrestation de Martun, la guerre des gangs prend fin. Briggs rédige son rapport, en arrangeant un peu les faits afin de détourner les soupçons de lui...