Une lumière illumine le ciel du Grand Japon. Une mystérieuse fille tombe du ciel et embrasse Muneakira Yagyû, un maître du sabre venu enseigner dans une école pour filles de guerriers. Un terrible pouvoir a été éveillé et il va changer le Grand Japon pour toujours...

Arrêtés par Sen Tokugawa, Muneakira, Yukimura et Matabei attendent leur punition. Pendant ce temps, Jûbei dort. Son réveil va surprendre tout le monde. Plus important encore, il va falloir vérifier si elle porte sur son corps la marque des Master Samurai...

Sen, Muneakira et les autres ne savent toujours pas quoi faire de Jûbei, cette fille tombée du ciel. Mais un baiser va précipiter les événements et faire découvrir aux autres une facette de Jûbei un peu moins sympathique...

Le pouvoir est à prendre. Yukimura est persuadée qu'il suffit d'embrasser Muneakira pour devenir un Master Samurai. Mais pour la jeune Yukimura, embrasser n'est pas une mince affaire, surtout avec Sen et Hanzô prêtes à tout pour l'en empêcher...

Le frère de Sen, Yoshihiko Tokugawa, commence à soupçonner que sa sœur héberge Yukimura. Il envoie donc une espionne pour découvrir le fin mot de l'histoire. Mais quand cette espionne arrive au dojo, il s'avère qu'elle connaît déjà Yukimura et qu'elle lui en veut depuis l'enfance...

Sen veut découvrir ce que trame son frère. Elle décide donc d'aller pirater le serveur informatique de la résidence secondaire familiale. Ce qui devait à l'origine être une expédition discrète se transforme en sortie de groupe à la plage. Mais l'espionne de Yoshihiko rôde toujours...

Hanzô doute. Sen est devenue un Master Samurai puissant qui n'a plus besoin de la protection de sa fidèle servante. L'arrivée d'un ennemi invisible va lui donner l'occasion d'éprouver la solidité des liens qui l'unissent à Sen...

Face aux dangers qui les menacent, Yukimura et Sen décident d'ordonner à Matabei et à Hanzô d'embrasser Muneakira pour que toutes deux deviennent des Master Samurai. Les deux jeunes filles hésitent quand une nouvelle jeune femme tombe du ciel, exactement de la même façon que Jûbei. Gisen, la nouvelle venue, a une vision très particulière des rapports que doivent avoir les généraux et leurs samouraïs...

Gisen parvient à piéger Muneakira et tandis que Sen et les autres se battent pour le sauver Yoshihiko arrive et interrompt le combat : le temps de révéler l'identité de l'ombre qui plane sur le Grand Japon est enfin arrivé...

Yoshihiko a capturé Muneakira et ses amies. Il compte utiliser les gênes de Jûbei pour produire en série de puissants Master Samurai. Ayant obtenu ce qu'il voulait, il ordonne à D'Artagnan de tuer Yukimura, Matabei, Hanzô et Kanetsugu. Mais elles parviennent à fuir et dans les combats qui s'ensuivent le vrai visage de Yoshihiko se révèle. De son côté, Muneakira est coincé dans la prison démoniaque de Gisen...

La relation entre Yoshihiko et Nia devient plus claire. Mais Gisen fait revenir Amakusa à la vie et plonge le laboratoire souterrain dans le chaos. Muneakira parvient à briser ses chaînes et se prépare pour le combat final, alors que Yoshihiko libère son armée de Master Samurai artificiels...

Le rituel de résurrection d'Amakusa se poursuit. Muneakira, Sen, Yukimura et les autres doivent unir leurs forces pour aider Jûbei à arrêter Gisen. Sortiront-ils indemnes de cette grande bataille ?

Muneakira retourne au Dojo Yagyu pour découvrir que le dojo a été transformé en Shinkage Maid Cafe (True Shadow Maid Cafe).

Un mystérieux voleur de sous-vêtements rôde dans le Café terrorisant les Demoiselles...

Kanetsugu introduit la bataille pour le titre de maid numéro un dans une tentative malveillante de se débarrasser de Sasuke.

Gisen visite le Café et tente de postuler pour un emploi.

Le Café est en difficulté lorsque de nouveaux Maiden Cafés ont ouvert dans la région volant la clientèle.

Avec le Maidens Café fermé et la dette du Dojo remboursée, les filles peuvent se concentrer sur leur entraînement de « qi ».

Keiji continue à former les filles aux arts du « qi ». Jubei est coincée en mode maître samouraï et son « qi » s’estompe rapidement. Sera-t-elle capable de contrôler son « qi » ?

Yukimura et Matabei sont agressés alors qu’ils reviennent de recherches sur la Bible des samouraïs par un assaillant inconnu qui est chassé par Inshun. Le lendemain, Hanzo et Matabei regrettent de ne pas pouvoir protéger leurs maîtres lors des conflits passés.

Mataemon attaque Kojiro sous influence extérieure alors que Yoshihiko regarde la réparation de la barrière protégeant la pierre de Chingo. Alors que Sen, Muneakira et Yukimura discutent de la situation, Jubei tente de défendre Inshun des soupçons qui la conduisent à s’enfuir.

Kojiro interroge le fantôme dans le cimetière sur la raison de la résurrection du Samouraï Noir; Matabei, Hanzo, Kanetsugu et Gisen attendent dans le dojo ; et Muneakira, Jubei, Jubei et Yukimura interrogent Sen sur la pierre de Chingo.

Alors que Musashi se rend au Dojo Yagyu pour la bataille, Kojiro et Mataemon attaquent la pierre de Chingo. Jubei provoque Musashi dans la bataille tandis qu’Inshun défend la pierre de Chingo.

Sen poursuit aveuglément l'esprit maudit qui arrive à l'Académie.