Une nouvelle guerre se prépare... Sept mages sont invoqués pour venir concourir, et le vainqueur remportera le Saint-Graal, la coupe capable d'accomplir des miracles.

Saber observe Irisviel et Kiritsugu, un tueur rencontre un esprit allié, et le dernier mage arrive à Fuyuki, le lieu où doit se tenir la nouvelle guerre du Saint-Graal.

Une fois Assassin mis hors d'état de nuire, les mages respirent un peu mieux. Alors qu'Iri et Saber se promènent dans Fuyuki, ils se font provoquer en duel.

Tandis que le combat épique de Saber et Lancer se déroule sous le regard des autres protagonistes, il est brutalement interrompu.

Ce qui avait commencé comme un duel entre Lancer et Saber se transforme en mêlée générale quand les artéfacts de plusieurs des combattants sont révélés.

Prétendant qu'elle a perdu la mémoire, Caster s'entête à appeler Saber "Jeanne", mais la jeune fille ne l'entend pas de cette oreille.

Le combat est temporairement arrêté pendant que le groupe décide du sort à réserver à Ryunosuke Uryu et son servant, Caster, qui ont kidnappé et sacrifié des enfants.

Alors que Saber et Lancer repoussent les différentes vagues d'attaques démoniaques de Caster, un ennemi puissant s'en prend à Iri qui s'enfuit du château avec Maiya.

Lancer trouve Kayneth en mauvaise posture. De son côté, Kiritsugu ignore le conseil de Saber à propos de Caster et préfère aller en finir avec Kayneth.

Alors que la vague de disparitions d'enfants continue à Fuyuki, Rin, la fille de Tokiomi, essaie de retrouver sa meilleure amie, qui ne répond pas à ses appels.

Les soupçons de Saber s'intensifient lorsque Rider arrive au château d'Einzbern pour discuter avec elle de sa royauté, en mode pacifique.

Kiritsugu étudie les mouvements de ses rivaux. Alors qu'Iri et Saber s'installent dans un nouveau camp de base, Saber trouve que sa compagne se comporte de façon étrange.

Caster et Uryu échangent leurs points de vue sur Dieu, et échafaudent une attaque horrible. Tout le monde va devoir liguer ses forces contre Caster.

Saber, Lancer et Rider combattent côte à côte pour unir leurs forces héroïques contre Caster, mais le monstre se régénère sans cesse à un rythme prodigieux.

Saber et Rider réévaluent leur stratégie d'attaque contre Caster, forçant Lancer à faire un choix difficile. Pendant ce temps, Kariya se bat contre Tokiomi.

Alors que les héros récupèrent de leur victoire contre Caster, deux chevaliers commencent à s'affronter, dans les règles de l'honneur et du respect.

Alors que les combattants sont éjectés les uns après les autres de la compétition, Saber reçoit une invitation à former une alliance, et Iri avoue un secret à Maiya.

Sur une île des Philippines, le jeune Kiritsugu découvre l'horrible vérité sur les expériences menées dans le laboratoire de son père.

Le jeune Kiritsugu se forme auprès de la mercenaire Natalia, laquelle voyage autour du monde pour répondre aux diverses missions qui lui sont confiées.

Iri s'affaiblit à mesure que la guerre approche de son apogée. Quand il apprend que Saber et Rider se préparent à se battre, Kiritsugu décide de tuer Tokiomi.

Saber et Kiritsugu essaient de suivre la piste du kidnappeur d'Iri. Une tragédie se déroule dans l'église où Kariya compte affronter Tokiomi.

Kirei interroge Iri sur Kiritsugu, pendant que Waver se résout à donner son pouvoir à Rider, invoqué à se battre en duel contre Archer.

Alors que les équipes se précipitent vers le champ de bataille, Berserker révèle son identité à Saber. Rider et Waver sont interceptés avant d'arriver sur les lieux.

Kiritsugu découvre un aspect inattendu du Saint-Graal qui le force à revoir ses motifs d'un autre œil. Il se trouve enfin face à Kirei.

Kiritsugu exige la destruction du Saint-Graal, mais les dommages vont plus loin que prévu et cette élimination fait resurgir un visage familier.