Ryōta Sakamoto est le numéro 10 mondial de Btooom, un jeu en ligne où les joueurs s'entretuent à l'aide de bombes. Un jour, après une partie, il se réveille mystérieusement dans une version réelle du jeu.

Une lycéenne ordinaire, trahie par ses voisins, une joueuse forcée dans le jeu de Btooom ! trahie par le groupe avec lequel elle a fait équipe. Tous les hommes sont des salauds.

Alors qu'il poursuit la mystérieuse jeune fille, Ryota rencontre Taira Kiyoshi qui l'aide à combler les trous de sa mémoire.

Kira Kosuke est un enfant perturbé, mais lorsqu'il se trouve sur l'île, sa vraie nature peut enfin s'exprimer, sans entrave. Jusqu'à ce qu'il affronte le meilleur joueur de Btooom ! du Japon.

Un cadavre sans pantalon flotte près de Taira et Sakamoto alors qu'ils sont en train de déjeuner. Lorsque Sakamoto part enquêter, il découvre une scène macabre et une silhouette familière.

Au moment du danger, des problèmes de confiance commencent à apparaître entre Taira et Sakamoto. Sakamoto veut sauver tout le monde, en particulier la fille qui vient d'essayer de le tuer.

Miyamoto, le mercenaire, a retrouvé Sakamoto et son équipe. Ce joueur dangereux est prêt à tout pour gagner.

Alors que Sakamoto et Himiko tentent de se reposer pour la nuit, Himiko se débat avec l'idée de dire à Sakamoto sa véritable identité, mais avant qu'elle ne puisse faire quoi que ce soit, elle reçoit la visite d'un "fantôme".

Un nouveau joueur a rejoint l'équipe de Sakamoto, mais il est porteur d'un sombre secret. Avant que l'équipe ne puisse plonger plus profondément dans le passé du nouveau joueur, un largage de nourriture au-dessus de la tête fait sortir de nombreux joueurs de leur cachette.

Il semble que les acteurs de l'île soient interconnectés à plus d'un titre. Tandis que Sakamoto réfléchit à ces nouvelles informations, le bon docteur entame sa dernière ligne droite.

Avec Ryouta hors du chemin, Himiko sera une cible facile pour Date, mais Shiki a d'autres plans pour le docteur.

Taira a perdu la tête et s'en prend à ses amis. Ryouta ne veut pas se battre, mais cette fois-ci, il n'aura peut-être pas le choix.