Les Médicis demandent à Da Vinci de créer un spectacle de Pâques à Florence. Plus tard, il est engagé pour construire des machines de guerre, et rencontre un mystérieux homme Turc.

La quête de Leonardo pour le Livre des Feuilles continue. Il a failli à la tâche concernant ses dessins de guerres pour les Médicis et cela provoque une rupture entre eux. Un espion du pape, Riario, est vaincu par Leonardo et retourne à Rome.

Riario parle de sa défaite avec le Pape et un mystérieux prisonnier, tandis que Leonardo cherche une explication rationnelle à une épidémie de possessions démoniaques qui afflige les Médicis.

Bechhi est accusé d'espionnage au profit de Rome et est arrêté. Leonardo dévoile sa dernière arme. L'armée de Florence encercle Rome. Lors d'une fête en son honneur, Leonardo est arrêté pour sodomie.

Piero, père divorcé de Leonardo, est condamné à défendre son fils au tribunal. Plus tard, Leonardo retourne un juge corrompu en sa faveur lors d'une performance pour visiter la famille royale. Le Turc fait une apparition.

L'indice du Turc sur le Livre des Feuilles conduit Leonardo à rencontrer Vlad Dracula, tandis que Lorenzo et Piero rencontrent le duc d'Urbino. Plus tard, la recherche de l'espion des Médicis s'intensifie.

Leonardo se construit un "Wet Suit" et atteint le Vatican en se faufilant par les égouts. Il rencontre le pape et le mystérieux prisonnier. Giuliano révèle l'identité de l'espion à Rome.

Les Pazzi prévoient de renverser les Médicis à Pâques. Le Turc révèle à Leonardo l'emplacement du Livre des Feuilles. Plus tard, Lucrezia admet un secret surprenant, et Leonardo sauve les Médicis.

Léonard aide Lorenzo, blessé, a échapper aux Pazzi. Mais Lorenzo est mourant et perd trop de sang. Avec l'assistance de Verrochio, Léonard improvise une transfusion de sang, au cours de laquelle il a des visions. Alors que les deux hommes sont affaiblis, Riario et les Pazzi tentent de s'emparer de Florence. Clarisse et ses enfants s'enferment dans le palais des Médicis pendant que Zoroastre tente de prendre le large avec le «Basilic»...

Riario se débarrasse de Zoroastre et Lucrezia en les jetant à l'eau, mais ils survivent. Léonard aide Lorenzo à reprendre le contrôle de Florence. Il fabrique un amplificateur, qui permet à son ami de se faire entendre dans toute la ville. Il lance un appel au soulèvement qui s'achève par la fuite des Pazzi...

Se faisant passer pour le comte Riario, Léonard est sur le point de s'emparer d'un navire, mais il est démasqué au dernier moment par le prince Alfonso, qui connaît Riario personnellement. Si Léonard parvient à s'échapper, Alfonso prend le contrôle du navire, qui transporte des esclaves..

A bord de son navire, dont il a affranchi les esclaves de l'équipage, Léonard fait voile vers l'ouest. Mais les marins ont peur de tomber dans le vide en arrivant au bout de la mer, ce qui oblige Léonard à leur démontrer que la planète est ronde. Au cours de ses calculs, il comprend que la terre tourne autour du soleil. Il est cependant trop tard pour empêcher l'équipage de se mutiner...

Léonard et ses compagnons échouent sur un rivage inconnu, où ils découvrent l'épave du «Basilic». Amerigo décide de retourner sur le navire pour cartographier ce nouveau territoire. En explorant la région, Léonard est capturé par les habitants, qui le conduisent à Machu Picchu. Pendant ce temps, à Florence, Lorenzo et Piero soudoient un garde dans l'espoir d'obtenir une audience auprès du roi...

Léonard et Riario doivent affronter de nombreuses épreuves avant de pouvoir entrer dans le caveau tant convoité. Mordu par un serpent, Léonard a des visions alors qu'il est dans les bras d'Ima. Il fait alors l'amour avec elle et comprend qui le pourchasse. Pendant ce temps, Riario cherche un antidote. A Naples, Lorenzo est menacé de mort.

Léonard trouve enfin la solution aux trois énigmes du caveau. Mais Ima le trahit. Elle veut le sacrifier pour sauver son peuple. La voix de la mère de Léonard se fait entendre du tombeau. Sur la route de Constantinople, Lucrezia croise Al-Rahim qui lui fait contempler le fantôme de sa sœur disparue. A Florence, Clarisse et Vanessa sont agressées puis sauvées par Carlo.

Léonard et Riario sont sur le point d'être sacrifiés. Ozzo et Nico se préparent à finir en esclaves. Mais les quatre hommes parviennent à s'échapper. Ils mettent la main sur la clef du caveau. Léonard entre dans le tombeau, mais n'y trouve pas le livre qu'il recherchait. Il découvre une tête de bronze qui reproduit la voix de sa mère.

Lorsque Léonard revient à Florence, il trouve la ville occupée par le duc d'Urbino. Il rejoint Carlo, délivre Clarisse et entreprend de libérer la cité. Mais Carlo, qui est en réalité un agent du Labyrinthe, tue Verrocchio. Pendant ce temps, Lucrezia est interrogée par le devin du sultan. Épuisée et manipulée, elle lui explique malgré elle que l'objectif de son père est de provoquer une guerre entre la Chrétienté et l'Empire ottoman.

Al-Rahim soigne Léonard et lui suggère que le livre qu'il cherche se trouve à Constantinople. Vanessa met au monde l'héritier des Médicis. Elle se retrouve régente de la maison alors que Clarisse abandonne la cité. Riairio a été capturé par les hommes du Labyrinthe. Ces derniers le torturent afin de le pousser à changer d'allégeance. Lucrezia arrive à Florence en tant que porte-parole de l'Empire ottoman.

La cité de Naples est attaquée par les Turcs. Léonard tente de repousser l'offensive mais rencontre un gros problème, les turcs utilisent ses armes !

Leo imagine une évasion d'Otranto mais peut ne pas être capable de sauver ceux qui lui sont proches.

Leonardo enquête sur un meurtre horrible qui pourrait entraîner l'exposition du labyrinthe.

La tentative de Carlo de programmer Leonardo pour devenir «un» avec le labyrinthe le conduit à se glisser dans une réalité alternative qui pourrait s'avérer mortelle.

Un Leonardo paranoïaque se ferme à ses amis, tandis qu'une Lucrezia en voie de disparition cherche un moyen de réparer les péchés passés.

Le monstre d'Italie est capturé mais tous ne sont pas en sécurité car le danger se cache toujours et constitue une menace pour le prochain Festival de la Croisade.

Une ancienne Némésis revient à Florence et s'oppose aux efforts de la Croisade. Vanessa et Nico réfléchissent à leur avenir; Leo tente de déchiffrer l'armure turque.

Nico et Zoroastre se tournent vers un vieil ennemi pour gagner le soutien de la Croisade. Léo est pris en embuscade par le Labyrinthe.

Léo et Sophia luttent pour contrôler le dispositif mystérieux qu'ils ont construit. De retour à Florence, Riario attend son jugement tandis que Lorenzo et Vanessa passent à l'étape suivante.

Leo doit mettre sa foi en ses amis et en lui-même pour avoir une chance de vaincre les Turcs.