Après 5 années d'absence, Jake Green est de retour à Jericho, sa ville natale, près de Denver dans le Colorado. Il espère récupérer l'héritage que lui a légué son grand-père. Seulement son père, également maire de la ville, refuse de lui confier l'argent. Il estime que son fils n'est pas assez responsable pour gérer cet argent comme il se doit. L'affrontement est inévitable et Jake s'apprête à repartir. Mais la ville va devoir faire face à un drame terrible...

Les habitants de Jericho découvrent qu'une explosion nucléaire a eu lieu à Denver. Il leur faut s'organiser avant que les radiations n'arrivent jusqu'à eux. La ville comporte deux abris anti-atomiques : un sous la mairie et un autre sous l'hôpital. Malheuresement, les lieux ne sont pas assez grands pour abriter toute la population...

La pluie s'abat sur Jericho ! Craignant la radioactivité, toute la population fait de son mieux pour s'abriter. Les uns à la clinique, les autres dans la mine, et certains chez eux. Jake et Emily ont trouvé refuge chez les Richmond. Bonnie est inquiète pour son frère. Et pour cause, celui-ci, n'étant pas informé du danger, a été exposé à la pluie... Ayant appris que des militaires circulent dans la région, Jake est impatient que la pluie cesse pour explorer les environs, espérant croiser des personnes susceptibles de donner des réponses sur la situation...

L'essence commence à manquer pour faire tourner le générateur de la clinique. La situation est problématique pour les patients dépendant d'appareils respiratoires. En ville, un inconnu est retrouvé dans un sale état ! La population s'inquiète. A-t-il été exposé aux radiations ? Est-il contagieux ?

Jericho est en pleine effervescente depuis que l'électricité a été rétablie. Les habitants tentent de joindre l'extérieur mais les moyens de communication téléphonique, internet et télévisuel sont bloqués... Mary presse Eric à rompre avec son épouse...

Après une bombe électro-magnétique, tous les circuits sont détruits. La ville sans électricité, les habitants doivent s'adapter aux nouvelles conditions de vie. Chacun cherche à protéger ses propres intérêts et les plaintes fusent... Jake voit une vieille connaissance ressurgir en ville... April tente de recoller les morceaux avec son époux... N'ayant plus d'argent pour se payer l'hôtel, Mimi propose un marché à Stanley...

Gray Anderson est de retour à Jericho avec de mauvaises nouvelles sur la situation à l'extérieur de la ville... Jake essaie de passer un marché avec Jonah Prowse. Tout le monde est d'avis que c'est de la folie de lui faire confiance...

L'état de Johnston a empiré. La poussée de fièvre pourrait bien lui être fatale. Jake et Eric se rendent à Rogue River pour se procurer des médicaments. La vie de leur père ne dépend que de la réussite de leur excursion. Mais la situation se révèle très dangereuse en dehors de Jericho... Gray et Jimmy rendent visite aux Hawkins afin d'en savoir plus sur eux. Certains pensent que des personnes sur place ont pu aider à organiser ces attaques. Et comme les Hawkings sont arrivés en ville récemment, ils sont sur la liste des suspects...

Les mercenaires de Ravenwood s'apprêtent à investir Jericho. Ils ont un compte à régler avec Eric après l'incident de Rogue River. Le maire toujours inconscient, Eric, Jake, Gray et Hawkins cherchent un moyen de les empêcher d'entrer dans la ville... Emily ne cesse de penser à Roger. Ils auraient dû se marier aujourd'hui...

Deux avions parachutent des vivres et un générateur sur Jericho. Le maire doit trouver un moyen de partager équitablement ces provisions sans que les habitants en viennent aux mains. Pas facile quand Gray n'a de cesse de le contredire et mettre en doute ses décisions. Jonah et ses hommes emploient la force pour s'emparer du générateur...

Gracie est retrouvée morte assassinée dans sa boutique. Les soupçons se portent aussitôt sur Jonas Prowse, à qui celle-ci s'était fermement opposée la veille. Alors que le maire veut faire les choses dans les règles, Gray Anderson crie vengeance ,veut retrouve le présumé coupable et lui régler son compte. Les deux hommes s'opposent, creusant encore plus profond le fossé qui les sépare à une semaine des élections. Piégé et traqué, Jonas trouve refuge chez sa fille, Emily...

36 heures avant les bombes, la petite communauté de Jericho ignore ce qui se prépare ! Jake peine à trouver du travail à San Diego. Son pote Freddie tente de le convaincre de se joindre à lui pour une nouvelle périlleuse mais fructueuse mission en Afghanistan... Robert, qui a intégré une cellule terroriste, est appelé pour le grand jour. Il est chargé, comme beaucoup d'autres, de conduire l'une des bombes à sa cible...

L'hiver surprend les habitants de Jericho, causant des morts ! La population réclame que les générateurs fonctionnent davantage. Le maire explique alors qu'ils doivent économiser l'essence. La solution alternative serait de faire marcher les éoliennes pour produire de l'énergie. Une équipe se constitue pour partir en expédition à l'extérieur afin de trouver les pièces manquantes pour faire fonctionner les éoliennes... Robert Hawkins voit débarquer une de ses ex-complices à Jericho...

L'hiver bat son plein. La population doit économiser le carburant et les réserves de nourriture se font rares. Jake, Stanley et Mimi partent à la chasse en dehors de Jericho. En route, ils rencontrent des problèmes... Hawkins réalise que par sa faute sa famille est en danger. Il ignore encore que Sarah le manipule...

Un bataillon de l'armée débarque à Jericho pour venir en aide à la population. Avec eux arrivent enfin des nouvelles de l'extérieur. Le pays était en guerre contre l'Iran et la Corée du nord, responsables des attaques subies sur le territoire américain. Le pays est en phase de reconstruction, et les terroristes qui ont participé au désastre sont activement recherchés. Les habitants reprennent espoir... Hawkins découvre que Sarah n'est pas de son côté...

Seule médecin en ville, April travaille sans relâche à l'hôpital. Mais ce rythme n'est pas l'idéal pour sa grossesse... L'éolienne arrive enfin de New Bern, sans Heather. Le nouveau maire de la ville négocie avec Johnston et Anderson le prix à payer... Sa femme partie avec les enfants, Hawkins se débarrasse du corps de Sarah lorsque Jimmy vient le harceler de questions au sujet de la jeune réfugiée...

La population apprend que le maire leur a caché que les militaires étaient des imposteurs. Pour ne rien arranger, celui-ci prend la décision d'évacuer les réfugiés de Jericho, la ville n'ayant plus les moyens de subvenir aux besoins de tout le monde. Très vite les choses s'enveniment... Pendant ce temps, Hawkins cherche à en savoir plus sur les contacts de Sarah...

Jimmy partage avec Jake ses doutes au sujet de Hawkins. Est-il réellement du FBI comme il le prétend ? Les deux hommes décident d'en avoir le coeur net et de fouiller la maison de ce dernier. Mais Robert n'est pas dupe...

Russell est de retour à Jericho avec les éoliennes et les hommes qui avaient été "empruntés". Eric et Heather manquent cependant à l'appel. Jake ne croit pas aux explications qu'on lui a présenté. Pressentant un danger, il décide de se rendre à New Bern pour voir de quoi il en retourne. Avant de partir, il demande à Hawkins de l'accompagner...

Alors que Gray tente de s'interposer, une fusillade éclate à la mine de sel... Les frères Green se retrouvent en prison. Pendant ce temps, Hawkins s'organise pour les sortir de là... Johnston apprend que son fils Eric est porté disparu depuis plusieurs jours. Il se rend à tour à New Bern...

Jericho est bombardée par les hommes de New Bern, qui leur envoient des mortiers. Gray reçoit un ultimatum de Phil Constantino, le shérif et maire de la ville, qui lui propose un marché. Il exige que lui soient cédées des fermes de Jericho. Face à cette terrible menace, Gray et Johnston s'opposent. Les deux hommes ne sont pas d'accord sur la conduite à adopter...

Les hommes de New Bern passent à l'attaque. Ils avancent sur Jericho et prennent la 1ère ferme. En ville, Johnston met au point un plan de bataille. Les habitants de Jericho n'ont plus le choix. Ils doivent se battre pour leur survie. Au risque d'être tracé par celui qui le traque depuis des mois, Hawkins établit une connexion satellite pour jouer les éclaireurs...

La population de Jericho pleure ses morts après le terrible affrontement avec ses voisins hostiles de New Bern. Le Major Beck et ses troupes, mandatés par le nouveau gouvernement pour rétablir l'ordre dans la région, reconnaissent la responsabilité de la ville ennemie mais prononce une amnistie afin de stopper les conflits. Jake ne peut s'y résoudre et veut abattre Constantino pour venger son père...

Alors que le président est en route vers Jericho, Hawkins et Chavez refusent d'attendre plus longtemps pour mettre leur plan à exécution, et tenter de récupérer des fichiers du PC central. Mais Chavez est appelé au dernier moment, obligeant Hawkins à faire diversion.

Un virus mortel sévit de l'autre côté du Mississipi. Dale se procure des vaccins au marché noir mais Jennings & Rall découvre son trafic et confisque les stocks.

Appauvrie par la politique de J&R, la population de Jericho cherche un moyen de survivre fasse à cette dictature, et s'arrange pour faire entrer de la contrebande dans la ville, ce qui n'échappe pas à Goetz, qui prends Dale sur le fait. Cheyenne recherchant toujours l'emplacement de la bombe, une inspection de la région de Jericho est effectuée.

Bonnie n'a pas survécu à la fusillade. Mimi est opérée d'urgence pendant que Jake et les rangers se barricadent dans la clinique afin d'empêcher Goetz et ses hommes de la tuer... mais ces derniers vont bénéficier de l'aide d'un infiltré. Par ailleurs, les hommes de New Bern veulent également en finir avec Goetz.

Pousser à bout, Beck décide de retrouver par n'importe quel moyen les coupables du meurtres de Goetz. De son côté, Jake décide néanmoins de se rendre pour sauver ses amis.

Après avoir perdu la bombe, Hawkins part d'urgence vers Cheyenne avec Jake, où il prend contact avec un ami. Son plan est simple : volez la bombe pendant son transport.