Claus et Lavie, deux messagers pilotant un vanship, acceptent une mission apparemment simple qui consiste à délivrer une lettre au comte David Mad-Thane.

L'attaque surprise de la Flotte de Dithis désorganise complètement la flotte de Mad-Thane. Bien qu'illégale selon les règles, la Guilde ne réagit pas pour y mettre un terme comme elle devrait le faire. Le Duc renvoie Claus et Lavie à leur vanship afin qu'ils quittent le vaisseau et pouvoir mener à bien son attaque. Cependant, les deux pilotes n'ont pas fini leur mission et doivent toujours remettre le message de la fille du Duc à son père. Faute de pouvoir le faire, Lavie s'empare d'un micro et commence à lire la lettre, que tout le monde peut entendre...

C'est le jour de la "Norkia Cup" à laquelle Claus et Lavie participent régulièrement. Faute d'avoir pu participer aux essais, ils partent de la dernière place mais remontent petit à petit leurs adversaires. Mais ils sont heurtés en plein vol par un vanship sur le point de s'écraser. Lavie, furieuse, veut continuer la course tandis que Claus décide de se porter au secours des pilotes. Ils découvrent alors que le vanship était en mission et devait livrer un colis, qui s'avère être une petite fille. Le pilote, toujours vivant, demande à Claus d'achever la mission lorsqu'ils sont attaqués par un étrange vaisseau en forme d'étoile...

Claus a accepté de terminer la mission de Ralph Wednesday qui consiste à "livrer" Alvis au Silverna, un mystérieux vaisseau. A peine rentrer chez eux, ils subissent une nouvelle attaque de l'étoile et doivent fuir en catastrophe. Ils parviennent tout juste à se mettre en sécurité. Arrivés au point de rendez-vous fixé pour la livraison, l'étoile revient à la charge pour s'emparer d'Alvis sans que Claus et Lavie ne puissent rien faire. Mais ils sont sauvés in extremis par l'intervention d'Alex Row, commandant du Silverna...

Claus, outré par l'attitude d'Alex Row qui a littéralement pris possession d'Alvis en les ignorant, fait quelques réparations de fortune sur son vanship et se lance à la poursuite du Silverna. Lorsqu'il parvient enfin à le rattraper, le vaisseau lui tire dessus. Échappant de justesse à l'attaque, il n'a d'autre choix que de se poser en catastrophe sur le pont du Silverna où il fait connaissance avec les mécanos de bord...

Dio Eraclea et Lucciola, son "protecteur", enquêtent sur le vaisseau-étoile abattu. Pendant ce temps, Tatiana et Alistair partent livrer un message à l'Empereur d'Anatoray et Alex Row questionne Claus sur ses intentions. Le Silverna est alors attaqué par des vaisseaux-étoiles de la Guilde qui réussissent à s'infiltrer à bord...

Claus et Lavie prennent l'un des vanships de combat du Silverna et réussissent à sortir un vaisseau-étoile du Hangar. La bataille fait rage à bord comme dans le ciel pour défendre le vaisseau et protéger Alvis. Claus parvient à maîtriser son nouvel appareil mais se retrouve pris en chasse par Dio Eraclea...

Le Silverna fait escale dans un port afin de réparer les dégâts subits lors de l'attaque de la Guilde. Dans le casino de la Station, Lavie tombe sur Mullin Shetland, le militaire qui les a aidé lors de leur mission sur le Claimh Solaris, qui est à la recherche d'un nouveau bâtiment sur lequel s'embarquer...

Claus et Lavie vont participer à la course de vanship la plus convoitée du circuit. Mais la compétition s'annonce difficile avec Dio secondé par Lucciola et Tatiana avec Alister dans les rangs.

La course se poursuit. Claus et Lavie sont bien placés mais harcelés par Dio et Lucciola. Tatiana et Alistair poursuivent la mission confiée par Alex pendant que ce dernier participe aux enchères mettant en vente un objet lié à l'Exile.

Vincent Alzey réussit à retrouver le Silverna. Il ordonne à Alex de se rendre et de lui remettre Alvis. Pendant ce temps, Dio, qui se trouve à bord, se retrouve seul avec la petite fille et lui murmure une étrange phrase.

Le combat entre le Silverna et l'Urbanus est inévitable lorsqu'Alex refuse d'obéir aux ordres de l'Empereur et de remettre Alvis à Vincent. Tous les vanships sont envoyés au combat. Pour se venger d'Alister, Tatiana choisit Claus comme navigateur...

Claus et Tatiana se sont écrasés au milieu du désert. Le vanship est gravement endommagé mais Claus s'attaque malgré tout à sa réparation afin de pouvoir redécoller et partir à la recherche du Silverna bien qu'ils ignorent si le vaisseau a survécu ou non à la bataille.

Lavie se souvient du jour où son père et celui de Claus partirent pour affronter le "grand courant" et n'en revinrent jamais.

Tout le monde est à nouveau à bord du Silverna. Sophia reçoit une missive qui la bouleverse. Claus, perturbé, cherche des réponses auprès d'Alex, en vain. Quant à Dio, il trouve une photo des pères de Claus et Lavie qui fait resurgir des souvenirs.

Sophia se rend dans la Cité impériale et se fait arrêter par l'Empereur qui a déclaré la guerre à Dithis.

Suite à un mystérieux message, Alex ordonne au Silverna de changer de cap pour Horizon Cave où Claus et Lavie retrouvent certains de leur compatriotes avec lesquels ils participaient aux courses de vanships.

Sophia devient impératrice d'Anatoray après la mort de son prédécesseur. Alors qu'Alex débarque, il se met à pleuvoir des pétales de roses rouge qui vont remonter de douloureux souvenirs pour le capitaine du Silverna.

La Guilde, avec Maestro Delphine à sa tête, a déclaré la guerre à l'alliance Anatoray-Dithis. Le Silverna fait route vers les Crocs du Dragon où se trouve également l'Urbanus avant de prendre la direction du Grand Courant.

Le Silverna et l'Urbanus entre dans le Grand Courant à la recherche de l'Exile. Maestro Delphine décide qu'il est grand temps de récupérer Dio et Lucciola, toujours à bord du Silverna.

Claus et Lavie sont de retour sur le Silverna alors que Maestro Delphine l'attaque pour récupérer Dio afin de le préparer pour son rite de passage.

Dio affronte le jugement d'Agoon comme le prévoit le rite de passage. Claus et Alvis assistent à l'épreuve, impuissants. Delphine soumet Alex à un interrogatoire pour récupérer tous les mystères. Malheureusement, le capitaine ne connaît le dernier...

Lucciola décide d'aider Claus et Alvis à s'enfuir mais aussi de libérer Dio pour qu'ils emmènent. Mais pour cela, il va lui falloir affronter Delphine. Pendant ce temps, la bataille pour prendre le contrôle des unités Claudia des mains de la Guilde fait rage.

Claus, Dio et Alvis ont réussi à s'échapper et se sont réfugier à Norkia. Ce qui reste des flottes de Dithis et d'Anatoray se rassemble pour affronter la Guilde.

Claus et Alvis font route pour rejoindre le Silverna. Sur le chemin, ils retrouvent Lavie et le vanship de leurs pères qu'elle a réparé. Ensemble, ils partent affronter le grand courant afin d'atteindre le champ de bataille où s'opposent l'alliance Anatoray-Dithis et la Guilde. L'Exile se met à attaquer les deux camps, sans distinction.

Alors que Delphine, le Silverna et l'Urbanus s'affrontent près de l'EXILE, Dio, pas tout à fait sain d'esprit, poursuit Claus et son équipage vers le Grand Courant.

Dans le ciel au-dessus du Grand Lac, la Fédération des Ades déclare la guerre au royaume de Turan. Juste au moment où la destruction du vaisseau amiral Turan semble inévitable, un pirate du ciel nommé Fam déclare avec audace : « J'ai pris ma décision ! Je vais voler ce vaisseau !

La princesse Liliana est envoyée en Iglasia avec des instructions pour défendre la ville royale contre l’assaut de la Fédération. Pendant ce temps, la princesse Millia prépare sa propre attaque surprise, mais elle est loin de se douter que Luscinia a aussi plus d’un tour dans son sac...

Maintenant que son royaume est sous le contrôle de la Fédération, la princesse Millia commence enfin à comprendre ce que signifie être un pirate du ciel. Fam révèle également des détails sur son passé et son rêve pour l’avenir.

Pour aider Millia à reconstruire Turan, Fam décide de voler un vaisseau fantôme légendaire connu sous le nom de Sylvius la Faucheuse, un vaisseau qui aurait détruit à lui seul une flotte entière de la Fédération des Ades. Avec si peu de détails à travailler, cependant, ce ne sera pas facile.

Fam et Giselle entament leur dangereuse quête de capture de quinze vaisseaux de la Fédération. Pendant ce temps, la princesse Millia trouve un moyen inattendu de rétablir le royaume de Turan.

Dans l’espoir de capturer leur prochain cuirassé, Fam et sa compagnie visitent Eldorado, un centre d’attractions où se déroulent des courses souterraines de Vanships.

Alors qu’il ne reste plus qu’un seul navire jusqu’à ce que leur accord avec Tatiana soit rempli, Fam et sa compagnie ont pour objectif de capturer une flotte de huit navires transportés depuis le nord.

Le Silvius se retrouve face à face avec la 1ère flotte de la Fédération des Adès, qui suivait silencieusement Fam et Giselle.

La cible finale était l'Anshar, le vaisseau amiral de la 1ère flotte de la Fédération des Ades. Maintenant que leur accord avec Tatiana a été rempli, Giselle se prépare à quitter le Silvius... mais sans Fam.

À la grande joie de Fam et de ses amis, Turan et Anatoray forment une alliance avec Millia et Vincent agissant en tant que délégués. Soudain, l’Impetus, un vaisseau amiral de la Fédération des Ades, apparaît... ainsi que Luscinia et Liliana.

Il y a dix ans, la première Grande Course a eu lieu. Les jeunes Fam et Giselle encouragent Atamora alors qu’il participe à la course de championnat.

Lorsque Fam et ses amis atterrissent d'urgence dans la nation septentrionale de Glacies, ils sont accueillis par une fille nommée Dyan.

Les Prêtresses ailées, dirigées par Dyan, engagent l’armada de la Fédération Adès dans la bataille alors qu’elle commence à envahir Glacies.

Fam et ses amis reviennent à Kartoffel après une longue absence. La joie de voir tout le monde sain et sauf se transforme en choc lorsque Fam voit ce qui est arrivé à la ville.

Millia et ses amis ont une audience avec Augusta Sārā dans la capitale de Morvarid.

Les 3e et 4e flottes de la Fédération des Ades avancent sur le territoire stratégique clé de Borée. S’ensuit une bataille décisive entre plusieurs flottes pour Augusta Sārā. Millia prend le commandement de sa flotte, tandis que Fam et les Pirates du Ciel s’envolent dans des Vespa armées.

Dio et Alvis rencontrent les forces conjointes à Boreas et leur donnent un grand coup de main. Mais leur joie est interrompue lorsque le groupe de Fam aperçoit la 1ère flotte d'Ades lors d'une patrouille.

En entendant le souhait de Sārā, l'amiral Sadri accepte la paix. Une rencontre a lieu entre Luscinia, Liliana, Sārā, Millia, Vasant et d’autres.

La trêve s’est effondrée. Avant de partir, Luscinia dit à Fam : « Sois là pour soutenir la princesse Millia. »

Après avoir enlevé Augusta Sārā, Luscinia active le Grand Exilé.

Fam et Giselle atteignent les profondeurs les plus reculées du Grand Exil. Là, ils trouvent Luscinia, tenant un Sārā endormi.