Tout juste arrêtés, Chiharu et Makina sont condamnées à nettoyer le Milky☆Subway. C'était censé être une mission facile, mais...

Dans le cadre de leur programme de travaux d'intérêt général, Chiharu et Makina montent à bord du train pour effectuer des tâches de nettoyage. Elles sont rejoints par quatre marginaux récidivistes qui ne se sont clairement pas prêt pour ce qui va arriver.

Le Milky☆Subway démarre soudainement avec nos six détenus à bord. Flashback : pendant l'interrogatoire, des tensions commencent à apparaître entre Chiharu et Makina et l'officier Ryoko commence à percevoir les problèmes de leur amitié.

Chiharu et Makina se dirigent vers la locomotive pour arrêter le train en fuite et font la rencontre du duo de motards Akane et Kanata. Contraints de faire équipe (tant bien que mal), ils entrent dans ce qui semble être un wagon-restaurant ?

Maintenant rejoint par Akane et Kanata, le groupe poursuit son avancée. Mais un robot de sécurité étrange leur barre la route et il n'est pas d'humeur à négocier.

Encore un flashback : quelques heures avant l'incident du train, les cyborgs Kurt et Max sont interrogés par l'officier Ryoko.

Le groupe a du mal à passer le robot de sécurité hostile. Leur seul espoir ? Kurt et Max. Dommage que ces deux-là soient profondément allergiques au travail d’équipe.

Après avoir vaincu le robot de sécurité, Kurt et Max se joignent au groupe en direction de la locomotive, mais sont stoppés net par une pause toilettes impromptue.

Un dysfonctionnement du train piège tout le monde dans les toilettes. Chiharu reste coincé dans la porte des toilettes pour femmes, tandis que dans les toilettes pour homme, Kanata, Kurt et Max lancent un plan d'évasion audacieux.

Toujours coincé dans les toilettes du train, le sort du groupe repose entre les mains de Kanata. Arrivera-t-il à sauver les autres ? Arrivera-t-il à gagner la confiance d'Akane, qui le qualifie de «queue de crevette tempura» ?

La vérité éclate au grand jour : le train a été détourné par OTAM, le conducteur IA. Pourquoi essaie-t-il de retourner les détenus les uns contre les autres ? Et quelle est sa relation avec Makina ?

OTAM pirate une armée de robots policiers pour éliminer nos six marginaux. N'ayant plus nulle part où aller, il est l'heure de la confrontation finale afin d’arrêter le train fou.