Danko et ses hommes sont parachutés en Yougoslavie. Leur mission : anéantir une mine de titane supervisée par le Major Von Reuman. La mine, qui fonctionne grâce au travail d'otages des pays occupés, est vitale aux matériaux de guerre allemands. Le Général Worth prévient cependant Danko que le Major Allemand ne devra être tué sous aucun prétexte, car il s'agit d'une «taupe» travaillant pour le compte des alliés. Danko et les douze salopards s'allient à un groupe d'adolescents yougoslaves rencontrés sur leur chemin. Ces derniers n'étant pas au courant du rôle qu'interprète le Major Von Reuman, le groupe frôle plusieurs fois l'incident diplomatique.

La mission des douze salopards consiste à éliminer un groupe de «douze salopards» allemands, un commando bien entraîné qui a pour mission de se faire passer pour des soldats américains - ils ont déjà infiltré les hauts rangs des officiers alliés et réalisé des sabotages dévastateurs à tous les niveaux. Comme personne ne sait qui ils sont, un jeu de chat et de souris mortel commence. Cette chasse-poursuite prend place dans un château en Italie, dont chaque employé ou visiteur peut potentiellement être un assassin nazi.

La mission des douze est de détruire un barrage et d'inonder une vallée italienne utilisée par l'armée allemande. Pour accomplir cette mission, Danka engage un expert en explosif Helmut Pendl mais celui-ci est un espion.

Les douze salopards demandent au Général Worth des vacances bien méritées. Le seul endroit où ils pourront être en sécurité, est MacKenzie, une petite île écossaise. Ils pensaient pêcher et chasser en toute tranquillité mais c'était sans compter que la chasse inclurait un jeu nazi. La petite île vient en effet d'être envahie par des centaines de commandos allemands en mission. Les nazis ayant été informés que le Général Eisenhower allait venir y séjourner pour une escapade romantique - et donc démuni de son arsenal de sécurité - l'attendent de pied ferme pour le kidnapper et l'interroger. Tout moyen de communication ayant été coupé dans l'île, Danko et les douze salopards vont tout faire pour stopper le plan des Allemands.

En Turquie, Danko sauve Marina Varsonova, la magnifique meneuse des agents fascistes yougoslaves. Il l'emmène à Londres, où le Général Worth décide de la renvoyer chez elle pour aider Danko et les douze salopards à assassiner le Commandant Général Karl Von Kleist. Celui-ci, gardé dans un château, est sur le point de prendre le commandement en Italie.

L'élite des politiciens et militaires allemands doit se réunir autour d'un banquet pour célébrer l'anniversaire de la Nuit des longs couteaux. Il s'agit d'une opportunité de taille pour porter un coup sévère au Reich. Cependant, le banquet se déroulant dans un lieu fortifié, son accès se révèle quasi impossible. Il s'agit pourtant de la mission des douze salopards. Une troupe de cirque prévue au programme des divertissements de la soirée leur donne une occasion inespérée d'infiltrer le lieu et de mener à bien leur mission...

Le général Worth demande à Danko et ses hommes de se rendre dans la France occupée pour tuer un héros hitlérien, le colonel Steinmetz. Ce dernier est sur le point d'être envoyé en Espagne pour inciter Franco et son pays à se battre, ce qui aurait des conséquences désastreuses pour les alliés. Cependant, Michelle Lenormand, dont Danko est tombé amoureux trois ans plus tôt, travaille également à Saint-Luc. Ne lui ayant pas donné de nouvelles depuis quelques temps, Danko est surpris d'appendre que Michelle est maintenant un agent allié qui doit les aider à tuer Steinmetz et qui, pour accomplir cette tâche, n'a rien trouvé de mieux que de devenir sa maîtresse...

25 ans, sophistiqué et malin, Trevor Embry a des nerfs d'acier. Il va participer à la nouvelle mission. La conquête du Danemark par Hitler l'a gratifié, en sus, d'un cadeau en or : l'usine locale d'hydrogène électrolyse, qui est la base de la fabrication d'armement de premier ordre. Danko et ses hommes sont envoyés au Danemark en sous-marin pour collaborer avec une unité danoise clandestine, dont quelques hommes ont travaillé dans l'usine et en connaissent le système de défense complexe. Danko découvre la faille du système et s'en sert pour tenter d'anéantir l'usine tout en libérant les travailleurs prisonniers...

L'intelligentsia américaine apprend que les Allemands ont élaboré un plan pour inonder l'économie américaine d'argent contrefait. Les distributeurs en seront la mafia américaine. Danko et ses hommes interceptent la vraie mafia à Lisbonne. Se faisant passer pour leur connexion Américaine, les douze salopards prétendent que les contrefaçons ne sont pas à la hauteur et demandent à visiter leur usine. Ils sont alors conduits à Munich où ils se retrouvent nez à nez avec une vraie mafia Italienne. Les Italiens doutant de leur statut mafieux, Danko leur révèle la vérité et les menace des pires traitements s'ils décidaient de les vendre.

A Paris, en 1943. Les douze hommes du groupe de Danko repartent en mission. Cette fois, ils doivent sauver un homme accusé de faire passer des messages secrets aux alliés dans une émission radiophonique. Arrêté par la Gestapo, celui-ci est soumis à un chantage cruel : diffuser de la propagande nazie en échange de la vie du bébé de sa fille...