Un garçon possède le don de donner vie à ses dessins lorsqu'il dessine de la main gauche.

Une petite fille abandonnée par ses parents doit vivre dans un entrepôt dans le noir absolu, ne pouvant supporter la lumière. Le petit garçon qui s'en occupe finit par développer la même intolérance à la lumière.

Un garçon entend des voix incessamment, et des cornes poussent sur sa tête. Il s'épuise peu à peu, comme sa mère qui est morte d'épuisement.

Ginko a entendu une rumeur autour d'un homme qui a des rêves prophétiques de temps en temps. Il soupçonne que des mushis vivent dans ses rêves. Il donne à l'homme un médicament pour les garder sous contrôle. Quand Ginko revient, le village est déserté. L'homme lui raconte alors ce qui s'est passé pendant qu'il était absent.

Ginko rencontre dans la forêt une fille qui vit dans un marais voyageur.

L'ancienne amie d'un petit garçon est devenue l'idole d'une île : considérée comme la déesse de la vie, elle semble avoir le pouvoir de vieillir et de rajeunir tous les jours, et de guérir les maladies de chacun.

Ginko rencontre un homme qui poursuit les arcs-en-ciel pour les capturer, comme son père l'avait fait avant lui, mais au détriment de ses relations familiales.

Un jeune homme attend sur une plage que sa femme revienne depuis près de trois ans : son bateau s'est perdu dans le brouillard, mais aucune épave n'a jamais été retrouvée malgré les forts courants amenant vers la côte.

Ginko arrive dans un village où, étrangement, chaque catastrophe naturelle laissant désemparés les villages voisins mène à une récolte exceptionnelle. Parallèlement, un villageois meurt à chaque fois que cela arrive.

Des enfants tombent gravement malade lorsqu'ils dérobent une pierre à encre dans la collection d'Adashino.

Ginko rencontre le gardien d'une montagne, qu'il ne semble pas pouvoir quitter pour le bien du village vivant à son pied, qui la considère comme la montagne sacrée.

Un garçon vient de perdre sa mère en forêt, et est recueilli par Nui, une Mushishi à qui il manque un œil et qui a les cheveux blancs à cause des mushi vivant dans le lac avoisinant.

Une petite fille est tombée d'un pont il y a trois ans, et a chuté dans un précipice. Elle est revenue contre toute attente, mais ne dit rien et semble entièrement hors du monde.

Ginko croise un homme qui, avec sa famille, ne peuvent quitter la forêt. Lorsqu'ils essaient d'en sortir, ils se retrouvent à leur point de départ irrémédiablement, ainsi que ceux qui sont avec eux.

Un petit garçon disparaît tous les hivers pour aller dans un endroit où le printemps apparaît bien plus tôt. Il reste alors endormi jusqu'à ce que le printemps arrive dans son village.

La mère d'un petit garçon perd entièrement la mémoire, y compris des connaissances les plus élémentaires.

Les Uromatori créent des trous dans l'espace : c'est la base de la communication à distance des mushishi. Malheureusement, la sœur d'une petite fille s'est perdue dans l'un de ces trous.

Ginko tombe sur un manteau fait avec des matériaux de la montagne, et qui semble regorger de mushi : il se met en quête de son propriétaire.

Ginko retrouve une fille qui a été happée par le ciel lorsqu'elle a voulu attraper une étoile. Lorsqu'elle revient, elle devient chaque fois plus légère, et n'arrive plus à rester sur terre.

Ginko rencontre la grande copiste des mushishi, et se retrouve confronté à la malédiction de la famille des copistes.

Une femme nommée Aki a découvert une tache verte sur sa robe de mariée. Un an plus tard, elle a donné naissance à un garçon qui, devenu adulte, porte les mêmes marques sur son corps. Il s'avère qu'à l'origine, le garçon n'est pas né en tant qu'humain, mais sous la forme d'un blob vert informe, qui s'est ensuite transformé en humain. Son mari demande l'aide de Ginko, mais il est incapable de sauver son fils car c'est l'œuvre d'un "Watahaki".

Ginko arrive sur une île où il se renseigne sur des soi-disant "renaissances", mais sans succès. La nuit, il rencontre une femme qui est capable de voir une lumière étrange dans la mer. Elle lui explique ce que sont les "renaissances" : lorsqu'une personne est sur le point de mourir, elle peut être emmenée au plus profond du Ryuugu, où elle renaît.

Dans une région montagneuse et froide, Ginko se promène dans la plaine enneigée lorsqu'il entend un son résonner dans l'air froid et qu'il remarque de la rouille sur un arbre. Ginko entre dans une ville voisine et découvre que la rouille recouvre tout, y compris les gens. Le chef du village explique à Ginko qu'il s'agit d'une maladie qui affecte la ville depuis 14 ans, que les gens perdent peu à peu les mouvements de leurs membres et qu'on dit qu'une fille appelée Shige en est la cause.

Ginko rencontre un autre Mushishi, une jeune femme du nom de Yahagi. Dans le village où elle vit, une nouvelle variété de Mushi pousse dans les champs de la montagne. La situation devient si grave que les habitants du village sont en danger et, en dernier recours, ils envisagent de brûler toute la montagne, mais Ginko ne pense pas que ce soit la bonne solution.

Après avoir atteint une ville, Ginko tombe sur un "biwa hoshi" nommé Amane, qui chante des chansons sur les Mushi et elle est immédiatement capable de dire qu'il est un Mushishi. Elle le force donc à passer une nuit dans une auberge où elle lui révèle plus tard qu'elle a vu un "Ganpuku", un Mushi très rare qui permet à son hôte de voir de mieux en mieux jusqu'à ce qu'il meure.

Taku est un jeune garçon qui s'est toujours demandé qui étaient les gens qui passaient toujours dans les montagnes pendant la saison des pluies. Un jour, il rencontre un garçon nommé Isaza, alors qu'il pêche du poisson. Il semble que Taku ne soit pas le seul à pouvoir voir le Komiyaku dans les montagnes, mais Isaza semble en savoir beaucoup plus que lui sur la montagne.

La liqueur coruscante est un breuvage au goût exceptionnel et aux propriétés miraculeuses. Le père de Rokusuke, après s'être égaré en forêt et y avoir goûté, a longtemps tenté d'en reproduire le goût. Brasseur hors pair, son produit était pourtant loin de valoir celui dans lequel, raconte-t-il, il avait pu tremper les lèvres. Un jour, Rokusuke, devenu brasseur à son tour, muni de son dernier cru qu'il est pressé de faire goûter à son père, s'égare en forêt…

Les oiseaux-pagures sont des mushi se nourrissant des algues flottant au large qui, lorsqu'ils sentent l'imminence d'une catastrophe, se réfugient sur la côte, dans des coquillages. Leur chant, visant à rallier leurs congénères, peut temporairement amuïr celui qui l'entend de trop près. Lorsque Ginko arrive près d'un village pêcheur où les oiseaux-pagures ont élu domicile, les habitants devront mettre leurs rancœurs de côté pour faire face au désastre.

Sous la neige vivent de nombreux mushi. Certains effacent les traces de pas, d'autres parasitent un hôte jusqu'à le vider de toute chaleur… Ginko arrive dans un village accablé par un rude hiver dont un des habitants craint la chaleur et ne ressent plus le froid…

La liqueur coruscante, source de la vie, peut croupir et devenir une substance toxique appelée la liqueur putride. À la fois fascinante et répulsive, son contact avec un individu est très souvent létal. Cependant, certaines personnes y survivent et développent d'étranges facultés leur permettant d'exercer une fascination morbide chez les autres. Ginko, aux abords d'un sentier, croise un bien étrange chasseur…

Il existe un mushi que l'on appelle le miroir lacustre. Il suit ceux qui regardent leur reflet dans l'eau des étangs et absorbe leur énergie vitale. Les hôtes parasités finissent par disparaître, remplacés par une copie créée par ce mushi. Ginko, au cours de son voyage, croise une jeune fille au cœur brisé suivie par un étrange bruit d'eau…

Les esprits sylvestres sont des mushi qui vivent en symbiose avec l'arbre qu'ils habitent, lui octroyant longévité et magnificence. Cependant, s'ils investissent un animal, il y a des conséquences indésirables. Au cours de son voyage, Ginko fait un crochet pour admirer les fleurs d'un cerisier centenaire. Au pied de l'arbre, une jeune fille resplendissante semble avoir perdu l'usage de ses sens.

Si vous voyez un mirage de lac après une longue période de sécheresse, ne le pourchassez pas : au mieux, il restera hors d'atteinte, au pire… vous avez affaire à un faiseur de pluie. Ginko, au cours de son voyage, rencontre une jeune femme ayant la remarquable capacité à prédire l'arrivée de la pluie. Mais derrière ce talent se cache un sombre et triste secret…

La plage et la mer abritent d'étranges mushi. Certains d'entre eux, les oiseaux-zéphyrs, répondent au son particulier émis par des sifflets. Sifflets dans lesquels il ne faut surtout pas jouer une fois la nuit tombée. Voyageant en bateau, Ginko rencontre un matelot capable d'imiter remarquablement bien le son du sifflet…

Blessé et perdu dans le blizzard, tout semble perdu pour Ginko, et ses chances de survie semblent bien minces. Il se réveille, à sa grande surprise, sous un toit, sa blessure bandée. Vraisemblablement, ce n'étaient pas les éléments qui empêchaient l'homme qui l'a trouvé de travailler dans la tourmente. D'ailleurs, bien peu de choses semblent arrêter son sauveur… Ses rizières, luxuriantes et prospères, restent vertes malgré l'hiver. Intrigué, Ginko va se pencher sur les raisons derrière ce miracle.

Jeune, Ginko attirait déjà les mushi, et certains mushishi utilisaient cela afin d'escroquer les gens… mais les choses changent lorsqu'il rencontre Suguro, le mushishi établi sur une montagne au gardien vieillissant.

Parfois, quand on s'aventure dans un tunnel embaumant la fleur, on peut se retrouver dans des situations de déjà vu… Ginko, surpris par la pluie, est hébergé chez un homme du nom de Kaoru qui semble vivre ce genre de situation…

Il existe plusieurs mondes, et dans certaines circonstances, voyager entre eux est possible. Voyager… ou rester prisonnier. Une créature, appelée le crépuscule, capture parfois un humain. Celui-ci se manifeste alors à la tombée du jour sous la forme d'une ombre, et il faut prendre garde de ne pas marcher dessus… Ginko, de passage dans un village, fait la rencontre d'un vieux couple dont la femme ne se souvient pas de son enfance.

Le roulis de l'étale est un mushi qui permet aux humains de communiquer sans se parler directement… cependant, il faut éviter d'abuser de cette capacité, car ce n'est pas un pouvoir que l'on utilise forcément inconséquemment.

Gen est un petit garçon formidablement fort pour son âge. Cependant, à sa naissance, il était incroyablement faible. Un mushishi passant par là lui fit alors porter un étrange vêtement tissé de lumière. Est-ce là la raison de sa vitalité ?

Izumi aime jouer à cacher sa poupée avec la présence invisible de sa maison. Cela permet de briser la monotonie de son existence solitaire. Un jour, un étrange homme aux cheveux blancs vient perturber sa quiétude, mais il disparaît rapidement sans avoir trouvé Izumi…

Le cycle de l'eau entraîne certains mushi avec lui, mais le voyage de ces derniers n'est pas sans dangers. Pour s'en protéger, il leur arrive de parasiter certains êtres vivants. Au détour de son errance, Ginko croise Yûta, un jeune garçon froid comme un poisson…

Si la foudre frappe plusieurs fois au même endroit, ce n'est peut-être pas par hasard. Ginko enquête sur la cause d'un tel phénomène dans un village où un arbre mort semble attirer l'éclair.

Parfois, dans la boue poussent des herbes invisibles qui transmettent une malade engourdissant les jambes et couvrant ces dernières de verrues. Cette boue, cependant, ne provient pas de la décomposition de feuilles mortes. Ginko se retrouve forcé de soigner un village infecté et, en particulier, un villageois aux symptômes a priori impossibles…

Les arbres ont parfois une mémoire millénaire. Ginko, au cours de son errance, traverse un village dominé autrefois par un cèdre poussant sur une veine de lumière…