Shiki Ichinose, qui vit avec son père adoptif, se fait renvoyer de l'école.

Shiki se réveille ligoté sur une chaise, en présence de Naito Mudano. Celui-ci lui explique qu’il est, en réalité, un Oni et qu’il recherche ses congénères éveillés afin d’évaluer leur utilité pour une agence luttant contre les Momotarô. Par la force des choses, Shiki va être soumis à cet examen, mais la situation va grandement dégénérer…

Les nouveaux élèves de l’Académie Rakshasa se livrent à un jeu en guise de premier entraînement. Ils devront regagner l’école en moins d’une heure, sans se faire attraper par Mudano. Shiki et Jin se retrouvent dans la même équipe, et les rapports entre les deux garçons vont s’envenimer…

Shiki est parvenu à matérialiser son arme et en profite pour détruire le géant de sang. Mais vidé par cette débauche sanguine, il finit par s’écrouler. Mudano lui explique ce qui lui arrive, mais se fait sournoisement attaquer par Kôgasaki, bien décidé à lui ôter la vie…

Accompagnés par Mudano, Shiki et les autres élèves de l'Académie Rakshasa se rendent à Kyoto pour épauler l'unité de soutien locale. Ils font la connaissance de Kyôya Oiranzaka, un médecin quelque peu atypique qui dirige cette unité.

Tsubakiri est parvenu à faire entrer dans la base secrète des Oni des cadavres qu'il manipule et y lance un assaut. Shiki et ses camarades vont devoir combattre leurs semblables…

En sortant du crématorium, Kôgasaki et Oiranzaka sont attaqués par Tsubakiri et Yomogi. Le médecin charge Kôgasaki de prévenir les autres élèves du danger et se retrouve ainsi seul face aux deux Momotarô…

Kuina livre un combat contre un autre Ugly, mais se retrouve cette fois-ci en très mauvaise posture. Assistant à la scène, Rokuro se refuse à intervenir, tétanisé par la peur. Il se remémore alors son histoire avec Lulu, son premier amour…

Épaté par la puissance de Shiki, Tsubakiri décide d'utiliser le cadavre d'un Momotarô dont il peut exploiter les pouvoirs. De son côté, Mudano, rejoint par Byôbugaura, élabore un plan visant à éloigner les touristes du temple Iryûda avant de détruire les murs érigés par Yomogi.

Shiki apprend de la bouche de Tsubakiri qu'il est l'un des héritiers de Kishin, un Oni qui autrefois a failli anéantir l'Agence Momotarô. Si son pouvoir venait à s'éveiller, les Momotarô seraient alors en grand danger…

Mis à mal par une attaque surpuissante de Shiki, Tsubakiri se retrouve à terre et se remémore sa relation avec Manaka Momobe, le Momotarô dont la dépouille lui sert désormais de pantin.

Un orage surprend les garçons et ils doivent rester enfermés toute une nuit.

Les garçons ont le temps d'aller à un festival local et Shiki rencontre quelqu'un de mystérieux.

Le réseau de surveillance de Momotaro détecte ce qui s'est passé dans le centre-ville.

Pendant que Shinya propose à Tsukuyomi et Ôsuke d'affronter Mudano, Shiki souhaite partir à la recherche de Kôgasaki, mais se heurte au refus du commandant Masumi Yodogawa de faire appel à la section de combat. D’abord déterminé à partir délivrer Kôgasaki sans les élèves, le dirigeant finit par se raviser.

Accompagné par Shiki et Mudano, Kôgasaki fonce à l'hôpital pour secourir une fillette et s'aperçoit que l'établissement est en proie aux flammes. Il n'hésite toutefois pas à y pénétrer, suivi par Shiki.

Jin se remémore tout ce qu'il a vécu pendant son enfance.