Un groupe de jeunes médecins (Aizawa Kōsaku, Megumi Shiraishi, Mihoko Hiyama, Kazuo Fujikawa) rejoint le centre de secours d’urgence de l’hôpital universitaire de Shōhoku pour devenir des médecins de vol. Dès leur arrivée, ils sont confrontés à la dure réalité du métier lorsque l'hélicoptère médical ramène un patient en urgence.

Aizawa participe à sa première mission en hélicoptère avec Morimoto. Pendant ce temps, au centre de secours, une femme âgée souffrant de douleurs dentaires s’effondre dans les toilettes et entre en arrêt cardiaque. Aizawa est sous le choc lorsqu’il réalise que c’est une patiente qu’il avait examinée plus tôt et qu’il avait renvoyée chez elle.

Aizawa part en mission où un homme, sous l’effet de drogues, a sauté du balcon mais qui a survecu miraculeusement. L’hôpital est en effervescence avec plusieurs cas : Shiraishi s'occupe d'une femme ayant chutée dans les escaliers, Hiyama d'une avocate souffrant d’une torsion ovarienne et Fujikawa d'une patiente victime d'un stalker.

Aizawa est chargé des admissions et des sorties des patients. Shiraishi examine un patient, Miyamoto, qui souffre de graves problèmes de santé, découvrant des cicatrices chirurgicales sur son ventre. Pendant ce temps, Fujikawa fait un arrêt cardiaque dans la salle d'urgence et Hiyama effectue son premier vol en compagnie du Dr Mitsui.

Un homme accuse le Dr Mitsui d’avoir causé la mort de sa femme et de son fils. Pendant ce temps, Shiraishi et Aizawa doivent convaincre une famille que l'opération d’un patient âgé ne prolongera sa vie que de quelques mois et qu'il perdra sa conscience . Un appel les envoie ensuite sur un chantier de construction, où 3 personnes sont blessées.

L’hôpital reçoit une patiente particulière : la grand-mère d’Aizawa, qui s’est fracturé le fémur. Cependant, le jeune médecin continue de donner la priorité à ses patients, malgré son inquiétude. Pendant ce temps, Hiyama prend en charge un patient, qui a chuté du toit et Fujikawa examine un patient qui souffre de fièvre et de douleurs abdominales.

La grand-mère d’Aizawa développe des signes de démence après son hospitalisation, ce qui inquiète profondément le jeune médecin. Pendant ce temps, Shiraishi prend en charge un patient ayant subi une chirurgie de réassignation de genre, tandis que l’infirmière Saejima est troublée par la visite inattendue d’un ancien amour gravement malade.

Aizawa, Mitsui et Saejima transportent un patient, Fukushima Tatsu, blessé par un éclat de bois dans l'abdomen. Tandis que Shiraishi, Hiyama et Fujikawa attendent d'autres blessés, Aizawa et Kuroda opèrent pour retirer l'éclat. La situation se complique lorsque la famille de Tatsu, également admis à cause de l'accident, se montre difficile à gérer.

Lors d’une explosion sur un chantier, le médecin-chef Kuroda est gravement blessé. Aizawa prend une décision radicale en amputant son bras pour le sauver. À l’hôpital, une enquête est menée sur ces événements et les jeunes médecins sont durement jugés. La perte de Kuroda en tant que chirurgien marque un tournant dans leur formation.

Aizawa et son équipe transportent un ouvrier tombé de 10 mètres. Sur place, il montre des signes d'hésitation inhabituels, tandis que Shiraishi manque un diagnostic vital. Pendant ce temps, le Dr Saijo opère le fils de Kuroda, Kenichi, dont la tumeur est proche du centre du langage. Toujours destabilisée, Shiraishi remet sa démission à Tadokoro.

Un accident survient dans un tunnel, causant de nombreuses victimes. Aizawa et Saejima trient les blessés et portent secours, tandis que Shiraishi et Hiyama soignent une femme dont la famille est coincée à l’intérieur. Kuroda coordonne les secours avec Morimoto et Fujikawa, qui préparent l’accueil des patients à l’hôpital.

Un an et trois mois après l'accident ferroviaire, Aizawa, Shiraishi, Hiyama et Fujikawa approchent de la fin de leur formation. Ils se trouvent à un carrefour décisif pour leur avenir. Aizawa est tiraillé entre son devoir et la sante de sa grand-mère, tandis que Shiraishi est hantée par la culpabilité liée à l'accident de Kuroda. Chacun cherche sa voie.

Aizawa remarque qu'un visiteur mystérieux, Yamada, rend visite à sa grand-mère hospitalisée. Shiraishi s’inquiète pour Hiyama et organise une consultation, mais Hiyama refuse son aide. Pendant ce temps, Saejima fait face au refus de prolongation de vie de son petit ami, Tazawa. Les urgences se succèdent, avec plusieurs cas complexes à gérer.

Aizawa se préoccupe du mystérieux visiteur Yamada, qui rend visite à sa grand-mère mais cette dernière refuse de lui en parler. De son côté, Hiyama apprend qu’elle doit subir une opération cardiaque délicate,. Elle hésite à signer le consentement pour la procédure. Peu après, un appel d'urgence arrive concernant un accident à la gare.

Aizawa continue de chercher des réponses concernant son passé, notamment concernant l'homme apparu devant sa grand-mère. Parallèlement, Hiyama, qui vient de subir une opération cardiaque, commence à s'en remettre tandis que Shiraishi est épuisée par son travail et Saejima préoccupée par lle comportement de son petit ami, Tazawa Satoshi.

Aizawa cherche des réponses sur la mort de sa mère, mais sa grand-mère reste silencieuse. L’état de Tazawa se dégrade, mais Saejima continue de travailler comme si de rien n’était. Tandis qu'Aizawa s’occupe de Mirai, une fillette en fuite, Shiraishi et Tachibana informent les parents de Tazawa de son refus d’acharnement thérapeutique.

Aizawa rend visite à son père pour découvrir la vérité sur la mort de sa mère. À l’hôpital, un enfant de trois ans en état de mort cérébrale oblige Hiyama à annoncer la nouvelle à sa mère. Tandis que Shiraishi, Hiyama et Fujikawa réfléchissent à leur avenir, une femme atteinte d’un cancer en phase terminale est transportée en hélicoptère.

Les internes affrontent chacun leurs tourments : Aizawa cherche encore la vérité sur sa mère, Shiraishi souffre en apprenant la maladie de son père, Saejima peine à surmonter la mort de son fiancé et Fujikawa ne sait comment la réconforter. Un appel d’urgence mobilise l’équipe, mais Hiyama, accusée d’une faute médicale, doit rester avec Tachibana.

Alors que la fatigue et les tensions montent parmi les internes, une urgence médicale frappe l'hôpital : un groupe de lycéens est victime de vomissements et d'autres symptômes préoccupants. L'équipe médicale se retrouve débordée, et même le directeur Tadokoro doit se joindre aux efforts pour gérer la situation de crise.

Aizawa trouve un certain apaisement après avoir appris la vérité sur la mort de sa mère. Hiyama lutte encore avec la peur de l'échec après l'accusation de faute médicale. Un appel pour un accident de ski survient et mobilise toute l'équipe médicale, tandis que Shiraishi s'occupe d'un patient dont les blessures risquent de provoquer une paralysie.

Alors que la fin de leur formation approche, les internes continuent de travailler sans répit. Dans le même temps, le père de Shiraishi rend visite à Tadokoro avant son opération. Hiyama, toujours marquée par ses précédents déboires, peine à se reconnecter avec ses patients tandis que le sort du directeur se trouve entre les mains du Dr Saijo.

Aizawa et les internes interviennent après un accident d'avion, où sont présents de nombreux blessés. Shiraishi retrouve son père, blessé à la cuisse, qui insiste pour aider malgré ses blessures. Hiyama lutte contre sa peur en soignant un enfant gravement blessé, tandis que Fujikawa traite un secouriste gravement blessé.

Aizawa est désormais un neurochirurgien expérimenté, Shiraishi dirige l'équipe des médecins volants, Hiyama poursuit sa carrière en obstétrique et Fukuoka, spécialiste en orthopédie, continue de travailler aux urgences. Suite à plusieurs évènements, les anciens internes retravaillent ensemble après plusieurs années, avec de nouveaux internes.

Aizawa revient aux urgences en tant qu'instructeur des internes, Haitani Shunpei, Natori Soma et Yokomine Akari. Mais ses méthodes causent des frictions avec Shiraishi. En parallèle, Fujikawa découvre que Haruka est enceinte, mais elle ne veut pas en parler tandis qu'Hiyama s'occupe d'une jeune femme de 17 ans enceinte.

Aizawa doit choisir entre sauver une vie ou préserver ce qui est cher. Kanade, pianiste de 14 ans, a une tumeur cérébrale. L’opération pourrait la sauver, mais elle risquerait de ne plus jouer. Ses parents veulent l'opération mais pas Kanade. Un autre patient, Ogata, chef cuisinier, arrive après une chute, souffrant d’une blessure à la colonne vertébrale.

Aizawa reçoit un rapport alarmant de Shinkai sur Kanade, qui a eu une crise et refuse toujours l’opération. Aizawa va essayer de la convaincre. Au même moment, Tachibana reçoit un appel concernant son fils, Yusuke, dont l'état se détériore. Il laisse Aizawa prendre en charge l'accident d'une famille emmenée et se précipite auprès de son fils.

Aizawa est épuisé après une nuit de chirurgie. Fujikawa apporte des tomates pour Saejima, enceinte. Hiyama consulte Shiraishi sur sasituation amoureuse, mais se fait réprimander. Une urgence survient lorsque des ouvriers sont emportés par les eaux et un secouriste blessé. Shiraishi, Natori et Yukimura prennent en charge la mission.

Aizawa et Shinkai ont réussi l'opération de Kanade, mais Kanade n'a pas retrouvé toutes ses capacités. Pendant ce temps, un garçon de 17 ans est déclaré en état de mort cérébrale, offrant à Yusuke, une chance de recevoir une greffe de cœur. Un accident dans un entrepôt frigorifique nécessite une l'intervention d'Aizawa, Fujikawa et Yukimura.

Aizawa annonce au Dr Saijo qu'il retire sa candidature pour étudier à l'Université de Toronto. En rencontrant Shiraishi, il la rejette lorsqu'elle exprime ses préoccupations. Hiyama aide Ogata dans sa rééducation, ce qui suscite des taquineries de la part de Natori. De son côté, Fujikawa gère une urgence avec Yokomine.

Alors qu'Haitani effectue son retour, un appel d'urgence survient pour un homme qui s'est effondré à l'aéroport. Hiyama, Natori et Yukimura se rendent sur place. Lors de l'installation d'une perfusion, le patient se réveille et devient agité, blessant Hiyama. Transporté à l'hôpital et décédé peu de temps après, Hiyama est alors placé en isolement.

Trois patients arrivent en urgence à l'hôpital : un joueur de rugby en fauteuil roulant, un patient brûlé et un autre victime d'une chute. Aizawa et l'équipe médicale agissent rapidement. Pendant ce temps, le père de Natori souhaite son retour dans son hôpital tandis que la situation de Yusuke, en attente d'une greffe, devient de plus en plus critique.

Un effondrement se produit lors de l'inauguration d'une station de métro. L'équipe médicale, dirigée par Shiraishi, se précipite sur place. Les victimes sont nombreuses, 300 personnes étant venues pour cet évènement. Shiraishi prend en charge la gestion des blessés, envoyant Aizawa et Fujikawa dans la zone effondrée pour traiter les cas graves.