Helen et ses enfants, les jumeaux fraternels de 15 ans Jared et Simon et leur sœur Mallory déménagent dans leur maison ancestrale, Spiderwick. Jared découvre un épouvantard et réalise que les créatures magiques existent ! La seule à le croire est sa grand-tante Lucinda qui implore Jared de trouver les pages du guide de terrain de son père sur les créatures magiques et de les protéger de l'ogre meurtrier, Mulgarath.

Lorsque la tante Lucinda disparaît, Helen mène les recherches, laissant Mallory en charge de ses frères à Spiderwick. Jared est obsédé par la recherche de la créature magique qu'il a vue dans le grenier, et demande l'aide de tout le monde pour tendre un piège.

Jared devient paranoïaque à l'idée que des forces maléfiques complotent pour récupérer le guide de terrain de Spiderwick. Prenant à cœur l'avertissement de Lucinda, Jared veut retrouver les pages avec Simon seul, mais Emiko, Hatcher et Calliope ne peuvent s'empêcher de se joindre à l'aventure.

Le fossé entre les jumelles s'élargit alors qu'elles se séparent d'Emiko et Hatcher pour trouver plus de pages. Calliope essaie de se rapprocher de Simon. Bree essaie une approche différente de l'escrime, forçant Mallory à sortir de sa tête et à organiser une fête.

Simon va demander de l'aide à son père tandis que Calliope emmène Simon chez un ami qui s'avère peu sympathique. Helen trouve un soutien inattendu auprès du Dr Brauer lorsqu'ils découvrent que leurs enfants ont disparu. Jared doit trouver la page du dragon avant Mulgarath.

L'épée vorpale est la seule chose qui puisse tuer un ogre, mais Mallory devra faire confiance à Jared pour l'acquérir. Ils risquent tout en suivant une sorcière au marché des gobelins. Thimbletack est chargé de défendre Spiderwick.

Retenu captif à Meskwaki, Jared tient tête à l'ogre tandis que Mulgarath fait pression sur lui pour obtenir la page du dragon. Mulgarath partage son histoire d'origine avec Jared, essayant de montrer qu'ils se ressemblent plus qu'il ne le pense.

Les plans de Mulgarath se concrétisent alors que les habitants succombent à la maladie du sommeil ou deviennent les serviteurs de l'ogre. Le gang lance un raid audacieux dans la prison pour sauver Jared. La famille Grace doit se réunir pour vaincre Mulgarath.