Dans une colonie pénitentiaire appartenant à la Compagnie des Indes Orientales, Nemo prépare une évasion à bord du sous-marin qu'il a contribué à concevoir avec un ingénieur français. Mais lorsque le directeur Crawley exige que le Nautilus soit déplacé plus tôt que prévu, Nemo doit partir sur-le-champ, avec pour seul équipage les quelques prisonniers se trouvant à bord. Sur leur route, ils percutent un navire et décident de recueillir femmes et enfants, dont la pétillante Humility, qui est fascinée par l'ingénierie depuis toute petite et qui n'a pas l'intention de rester prisonnière du bateau sans rien faire...

Lorsque certains membres de l'équipage tentent de quitter le Nautilus et de nager vers le rivage, ils sont repérés par les soldats de la compagnie et forcés de retourner au sous-marin. La Compagnie étant alertée de leur emplacement, Nemo doit unifier son équipage s'il veut avoir une chance de rejoindre le large avant d'être intercepté par leur redoutable navire, le Dreadnought.

Après avoir survécu aux assauts du Dreadnought et s'être libéré de l'emprise d'un calmar géant, le Nautilus fait escale sur une île pour prendre de l'eau et des provisions. L'équipage y rencontre alors l'excentrique Rajah Blanc, qui les accueille avec un enthousiasme un peu trop débordant pour être honnête...

Après leur fuite de Karajan, Nemo s'attire les faveurs de l'équipage en les sauvant courageusement du Dreadnought. Affamés et assoiffés, ils s'aventurent sur une île tropicale a priori déserte et leur curiosité se voit récompensée par d'abondants arbres fruitiers. Mais leur soulagement est de courte durée : Blaster disparaît et ils découvrent des traces d'activité humaine peu engageantes...

L'anguille électrique géante attire inexorablement le Nautilus vers la Ceinture de feu. Humility tente de déloger l'anguille mais ses efforts se retournent contre le sous-marin, provoquant une panne du moteur. Pire encore, chacun à leur tour, les membres de l'équipage sont pris d'hallucinations provoquées par de mystérieuses spores rapportées de l'île visitée auparavant.

Nemo sauve Humility juste à temps. Revenue à elle, elle se souvient de quelque chose qu'elle a vu dans l'eau, et Benoit pense que cela pourrait être l'Atlantide ! Il supplie Nemo de plonger et une petite équipe part à l’aventure.

Le Dreadnought coupe court au voyage du Nautilus et les deux vaisseaux se retrouvent piégés dans les glaces de l'Arctique. Les conditions climatiques ne leur présagent qu'une mort glaciale et la survie des uns dépend de celle des autres, les forcant donc à conclure une trêve.

Alors que le Nautilus parcourt les eaux glaciales sous la glace arctique, l’imprudence de Nemo met l’équipage à l’épreuve, jusqu’au point de rupture conduisant à une mutinerie. Nemo est fait prisonnier, mais le navire atteint le nord magnétique et tous ses systèmes électriques tombent en panne, le laissant enseveli dans une potentielle tombe glacée.

Le Nautilus atteint les mythiques piliers de Halvar, mais l'équipage découvre que le trésor est loin d'avoir été oublié. Il est protégé par de terrifiantes guerrières Walkyries, qui capturent l'équipage lors d'une attaque sous-marine furtive. Nemo doit compter sur le témoignage de ses compagnons de route pour éviter la peine de mort.

L'équipage du Nautilus a répandu des rumeurs selon lesquelles la Companie des Indes Orientales était en faillite. Lorsque le cours de l'action chute, une assemblée des actionnaires est convoquée. Nemo et l'équipage ont trois heures pour récupérer des actions afin d'y participer et tenter de dissoudre la Compagnie pour toujours.