Lassé par les combats, les lycéens Onizuka Eikichi et Danma Ryuji décident de quitter leur lycée Kyokuto afin d'intégrer un nouveau lycée, lycée mixte Tsujido, afin de changer de vie et surtout, perdre leur virginité. Avant la rentrée, ils décident de travailler dans une station balnéaire afin d'y rencontrer des femmes sur place...

Malgré leur aspiration à une nouvelle vie, le passé de racailles rattrape vite Eikichi et Ryuji dans leur nouvelle école. Reconnu par leurs pairs comme le légendaire "Onibaku Combi", ils sont vite approchés par deux garçons de leur classe, Hashiri Makoto et Tsuyoshi Tsukai, qui leur proposent de les rejoindre contre des billets pour une certaine fête...

Ryuji se rapproche de plus en plus de son professeur principal, Murakoshi Ayumi, l'intérêt semblant être réciproque. Pendant ce temps, les racailles les plus violentes de Tsujido, Toshiyuki Saejima et Kamata Jun, sont de retour au lycée après leur suspension temporaire. Ils souhaitent en découdre avec l'Onibaku afin de voir qui sont les plus forts !

Un nouvel élève, Abe Hiroshi, vient d'intégrer la classe d'Eikichi. Ryuji souhaite très vite en découdre avec ce jeune insolent mais ce n'est pas le cas de son compère de l'Onibaku, très intéressé par les talents de drague d'Abe... Pendant ce temps, un gang de racailles composé de motards commencent à faire parler de lui à Shonan.

Suite à l'hospitalisation de Jun, Ayumi révèle finalement qui est la personne qui se cache derrière le casque de moto à Eikichi et Ryuji : il s'agit de Shindôji Fumiya, le petit frère de son fiancé décédé. Ce dernier en veut toujours à la professeur d'avoir rompu sa promesse. Contrarié par l'Onibaku, il s'en prend alors à leurs proches...

Une nouvelle année commence pour l'Onibaku ! Excités de rentrer enfin en 1ère, les deux lycéens vont très vite déchanter en apprenant leur redoublement. Leur frustration sera d'autant plus grande qu'ils passeront encore leur année dans une classe remplie de racailles, notamment des secondes belliqueux et une ancienne connaissance d'Eikichi...

Intrigué par l'auto-collant des Midnight Angels collé sur sa moto, Ryuji retourne voir Nagase Nagisa afin de l'interroger, en vain. Très vite, il s'attache à elle. Pendant ce temps, le gang des Midnight Angels commencent de nouveau à semer la terreur dans les rues de Shonan tandis qu'Eikichi est intrigué par le comportement de son nouveau professeur...

Amoureux, Ryuji veut protéger Nagisa, aussi bien du leader de la 2ème génération des Midnight Angels Akutsu Junya que de sa deuxième personnalité, Yasha. Mais la réalité les rattrape vite... Pendant ce temps, la Shonan War est sur le point de commencer une nouvelle fois, la veste et la moto de Masaki Kyosuke étant encore et toujours convoitées !