Après que la Terre a été rendue inhabitable, les androïdes Mère et Père créent une nouvelle colonie en utilisant des embryons humains sur la planète Kepler -22b. Douze ans plus tard, seul un enfant, Campion, a survécu, et l'arrivée d'un vaisseau peuplé de survivants humains, les Mithraïques , force Mère à affronter la menace que les hommes représentent.

Après une confrontation avec Marcus, Mère découvre et emporte 5 enfants Mithraïques (Hunter, Tempest, Paul, Holly et Vita) jusqu'à sa colonie. Pendant que Mère, Père et Campion s'adaptent au nouveau groupe d'enfants, Marcus lutte pour survivre, seul sur Kepler-22b.

Campion pense que les enfants Mithraïques sont malades à cause de Mère, qui les aurait empoisonnés. Il compte s'enfuir. Pendant que Mère et Père tentent de prouver leur innocence, Marcus et Sue, qui veulent désespérément récupérer leur fils Paul, cherchent à convaincre les autres Mithraïques survivants de lancer une opération de sauvetage des enfants.

Père tente d'apprendre aux enfants comment chasser les bêtes mystérieuses de Kepler-22b pour se nourrir. Pendant ce temps, les Mithraïques font une importante découverte qui pourrait être liée à une de leurs prophéties, et le débat qui s'ensuit enclenche un conflit entre Marcus et le leader mithraïque, Ambrose.

Marcus a élaboré un plan pour sauver les enfants, mais il doit d'abord les trouver. De retour à la colonie, Campion et Paul se rapprochent alors qu'il chassent en compagnie de Père, pendant que Mère tente d'en apprendre plus sur ses origines.

Après avoir ravivé son lien avec son créateur, mère se retrouve distraite par des sentiments intenses qu’elle ne savait pas qu’elle était capable d’avoir, ignorant que Marcus, Sue et les Mithraic se rapprochent de la colonie.

Les décisions de Marcus soulignent sa relation avec sa famille alors qu’il lutte pour maintenir son influence en tant que chef du Mithraic. Mère est capable de voir Marcus pour qui il est vraiment, ce qui menace son pouvoir et met mère dans une situation précaire, elle pourrait ne pas se remettre. Pendant ce temps, Campion est confronté à un choix qui pourrait avoir des conséquences désastreuses.

Comme Marcus continue d’embrasser sa dévotion mithraic, Sue s’inquiète qu’il ne peut plus avoir elle et les meilleurs intérêts de Paul à cœur. Pendant ce temps, Mère éprouve ce qu’elle croit être des dysfonctionnements, et Hunter travaille sur un projet secret avec père.

Sue est déterminée à garder les enfants en sécurité, et ce faisant, se bat avec si oui ou non elle peut faire confiance à mère. Pendant ce temps, une nouvelle menace se pose et un Marcus de plus en plus erratique provoque les Mithraic à interroger leur chef.

Paul commence à afficher un comportement troublant pas comme celui de Marcus, conduisant à une découverte choquante. Le père se débat avec des émotions humaines. Mère et Père découvrent un secret surprenant sur la planète sur laquelle ils sont, tout comme une nouvelle menace arrive sur Kepler-22b.

Alors que Mère, Père et les enfants font face à l'hostilité de leur nouveau collectif athée, Marcus entreprend de remplir les murs d'une ancienne église avec les adorateurs de Sol.

Campion est blessé en rencontrant le serpent. Le Juste charge le collectif de traquer Sept. Mère doit réconcilier ses sentiments. Convaincu que le serpent le conduira à l'Arbre de la Connaissance...

Mère et Père traquent le serpent pour le détruire. Père tombe sur Marcus, qui le neutralise et recueille ses prisonniers mithriaques. Mère retrouve le serpent et s'aperçoit qu'il est végétarien et inoffensif. Elle le ramène à la colonie.

Le Juste manipule Paul afin d'éliminer Marcus. Quand Mère découvre le pot aux roses, elle devient folle de rage. Père essaye de redonner vie au mystérieux androïde qu'il a réassemblé.

Paul est entre la vie et la mort à cause de la bio-bombe du Juste. Sue est prête à tout pour le sauver et dans son désespoir, se tourne vers la prière. Les Mithriaques explorent un ancien temple - Marcus tombe nez à nez avec une créature humanoïde.

Marcus, capturé par Père et Lucius, est emprisonné dans la Tarentule. Mère et Campion rencontrent Grand-Mère, l'androïde que Père a ramené à la vie. Campion parvient à l'activer mais Mère, méfiante, la désactive aussitôt.

L'Arbre que Sue a fait pousser révèle des propriétés hostiles chez le serpent, qui s'échappe du campement et tente de détruire la planète. Mère échoue à le neutraliser, son programme maternel l'empêchant de nuire à son enfant.

Mère emprunte le voile de Grand-Mère afin de ne plus ressentir d'amour pour Numéro Sept. Sans ses émotions, elle sera enfin en capacité de tuer le serpent. Marcus retourne au puits mais se fait piéger par Lucius.